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chr10:92011337	T T	A A	1	a0004 a0004	1	HG02280.hp1 HG02280.hp1	missense_variant	MODERATE	c.4233T>A c.4233T>A	p.Asn1411Lys p.Asn1411Lys	BTAF1	ENSG00000095564.15	transcript	ENST00000265990.12	protein_coding	30/38	4540/8361	4233/5550	1411/1849		chr10	92011337
chr10:92011338	G G	T T	1	a0004 a0004	1	HG02280.hp1 HG02280.hp1	stop_gained	HIGH	c.4234G>T c.4234G>T	p.Gly1412* p.Gly1412*	BTAF1	ENSG00000095564.15	transcript	ENST00000265990.12	protein_coding	30/38	4541/8361	4234/5550	1412/1849		chr10	92011338
chr10:92018895	A A	G G	1	a0005 a0005	1	NA20805.hp1 NA20805.hp1	missense_variant	MODERATE	c.4823A>G c.4823A>G	p.His1608Arg p.His1608Arg	BTAF1	ENSG00000095564.15	transcript	ENST00000265990.12	protein_coding	34/38	5130/8361	4823/5550	1608/1849		chr10	92018895

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chr10:91960040	C C	T T	1	a0001c0004 a0001c0004	3	HG02615.hp1 HG02896.hp1 HG03225.hp1 HG02615.hp1 HG02896.hp1 HG03225.hp1	synonymous_variant	LOW	c.1149C>T c.1149C>T	p.Asn383Asn p.Asn383Asn	BTAF1	ENSG00000095564.15	transcript	ENST00000265990.12	protein_coding	11/38	1456/8361	1149/5550	383/1849	chr10	91960040
chr10:91989291	A A	G G	1	a0001c0013 a0001c0013	1	HG00609.hp2 HG00609.hp2	synonymous_variant	LOW	c.2565A>G c.2565A>G	p.Arg855Arg p.Arg855Arg	BTAF1	ENSG00000095564.15	transcript	ENST00000265990.12	protein_coding	20/38	2872/8361	2565/5550	855/1849	chr10	91989291
chr10:91989346	T T	C C	1	a0001c0003 a0001c0003	3	HG02809.hp2 HG03139.hp1 HG03225.hp2 HG02809.hp2 HG03139.hp1 HG03225.hp2	synonymous_variant	LOW	c.2620T>C c.2620T>C	p.Leu874Leu p.Leu874Leu	BTAF1	ENSG00000095564.15	transcript	ENST00000265990.12	protein_coding	20/38	2927/8361	2620/5550	874/1849	chr10	91989346
chr10:91992186	C C	T T	1	a0001c0012 a0001c0012	1	HG01175.hp1 HG01175.hp1	synonymous_variant	LOW	c.2922C>T c.2922C>T	p.Tyr974Tyr p.Tyr974Tyr	BTAF1	ENSG00000095564.15	transcript	ENST00000265990.12	protein_coding	21/38	3229/8361	2922/5550	974/1849	chr10	91992186
chr10:92008134	A A	G G	1	a0001c0002 a0001c0002	4	HG02615.hp2 HG02976.hp1 NA18906.hp1 others(1): Show HG02615.hp2 HG02976.hp1 NA18906.hp1 NA20300.hp1	synonymous_variant	LOW	c.3672A>G c.3672A>G	p.Pro1224Pro p.Pro1224Pro	BTAF1	ENSG00000095564.15	transcript	ENST00000265990.12	protein_coding	26/38	3979/8361	3672/5550	1224/1849	chr10	92008134
chr10:92016453	C C	G G	1	a0001c0010 a0001c0010	1	NA18994.hp2 NA18994.hp2	synonymous_variant	LOW	c.4698C>G c.4698C>G	p.Gly1566Gly p.Gly1566Gly	BTAF1	ENSG00000095564.15	transcript	ENST00000265990.12	protein_coding	33/38	5005/8361	4698/5550	1566/1849	chr10	92016453
chr10:92018794	C C	T T	1	a0001c0006 a0001c0006	2	HG03491.hp2 HG03492.hp2 HG03491.hp2 HG03492.hp2	synonymous_variant	LOW	c.4722C>T c.4722C>T	p.Tyr1574Tyr p.Tyr1574Tyr	BTAF1	ENSG00000095564.15	transcript	ENST00000265990.12	protein_coding	34/38	5029/8361	4722/5550	1574/1849	chr10	92018794

chr:pos	ref	alt	# # of thapid:transcript level	thapids	# # of haplotypeids	haplotypeids	annotation	impact	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	distance	status	chr	pos
chr10:91923815	G G	A A	1	a0001c0001t0009 a0001c0001t0009	1	NA18971.hp2 NA18971.hp2	5_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.-262G>A c.-262G>A	BTAF1	ENSG00000095564.15	transcript	ENST00000265990.12	protein_coding	1/38	262		chr10	91923815
chr10:91923840	C C	G G	1	a0001c0001t0007 a0001c0001t0007	3	HG02717.hp1 HG03209.hp1 NA18522.hp2 HG02717.hp1 HG03209.hp1 NA18522.hp2	5_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.-237C>G c.-237C>G	BTAF1	ENSG00000095564.15	transcript	ENST00000265990.12	protein_coding	1/38	237		chr10	91923840
chr10:91923841	G G	A A	1	a0001c0001t0008 a0001c0001t0008	2	NA18974.hp2 NA19065.hp2 NA18974.hp2 NA19065.hp2	5_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.-236G>A c.-236G>A	BTAF1	ENSG00000095564.15	transcript	ENST00000265990.12	protein_coding	1/38	236		chr10	91923841
chr10:91923857	C C	A A	1	a0001c0001t0010 a0001c0001t0010	1	HG03927.hp1 HG03927.hp1	5_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.-220C>A c.-220C>A	BTAF1	ENSG00000095564.15	transcript	ENST00000265990.12	protein_coding	1/38	220		chr10	91923857
chr10:92029010	G G	A A	1	a0001c0001t0011 a0001c0001t0011	1	HG01261.hp1 HG01261.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.77G>A c.77G>A	BTAF1	ENSG00000095564.15	transcript	ENST00000265990.12	protein_coding	38/38	77		chr10	92029010
chr10:92029510	T T	C C	6	a0001c0001t0003 a0001c0001t0006 a0001c0001t0010 others(3): Show a0001c0001t0003 a0001c0001t0006 a0001c0001t0010 a0002c0005t0003 a0005c0009t0003 a0007c0015t0003	64	HG00140.hp2 HG00423.hp1 HG00544.hp2 others(61): Show HG00140.hp2 HG00423.hp1 HG00544.hp2 HG00642.hp2 HG00673.hp2 HG01069.hp2 HG01070.hp1 HG01109.hp1 HG01123.hp2 HG01169.hp1 HG01175.hp2 HG01192.hp1 HG01255.hp2 HG01261.hp2 HG01496.hp2 HG01516.hp2 HG01517.hp1 HG01943.hp1 HG02027.hp2 HG02040.hp2 HG02055.hp2 HG02074.hp2 HG02083.hp1 HG02132.hp1 HG02300.hp2 HG02451.hp1 HG02523.hp2 HG02602.hp2 HG02683.hp1 HG03239.hp2 HG03831.hp2 HG03927.hp1 HG04199.hp2 NA18522.hp1 NA18950.hp2 NA18952.hp1 NA18954.hp1 NA18962.hp1 NA18963.hp2 NA18964.hp1 NA18966.hp1 NA18968.hp1 NA18971.hp1 NA18974.hp1 NA18975.hp2 NA18979.hp2 NA18981.hp2 NA18988.hp2 NA18992.hp1 NA18994.hp1 NA18998.hp1 NA18999.hp1 NA19001.hp2 NA19003.hp2 NA19007.hp1 NA19054.hp1 NA19065.hp1 NA19074.hp2 NA19077.hp2 NA19086.hp1 NA19090.hp2 NA20805.hp1 NA20805.hp2 NA20905.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.577T>C c.577T>C	BTAF1	ENSG00000095564.15	transcript	ENST00000265990.12	protein_coding	38/38	577		chr10	92029510
chr10:92029679	C C	CAT CAT	2	a0001c0001t0004 a0001c0001t0007 a0001c0001t0004 a0001c0001t0007	11	HG01081.hp2 HG02055.hp1 HG02486.hp1 others(8): Show HG01081.hp2 HG02055.hp1 HG02486.hp1 HG02622.hp1 HG02647.hp1 HG02717.hp1 HG02970.hp1 HG03098.hp2 HG03209.hp1 HG03453.hp2 NA18522.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.754_755dupTA c.754_755dupTA	BTAF1	ENSG00000095564.15	transcript	ENST00000265990.12	protein_coding	38/38	756	INFO_REALIGN_3_PRIME	chr10	92029679
chr10:92029797	G G	A A	1	a0001c0001t0004 a0001c0001t0004	8	HG01081.hp2 HG02055.hp1 HG02486.hp1 others(5): Show HG01081.hp2 HG02055.hp1 HG02486.hp1 HG02622.hp1 HG02647.hp1 HG02970.hp1 HG03098.hp2 HG03453.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.864G>A c.864G>A	BTAF1	ENSG00000095564.15	transcript	ENST00000265990.12	protein_coding	38/38	864		chr10	92029797
chr10:92029879	A A	T T	1	a0001c0001t0013 a0001c0001t0013	1	HG02886.hp2 HG02886.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.946A>T c.946A>T	BTAF1	ENSG00000095564.15	transcript	ENST00000265990.12	protein_coding	38/38	946		chr10	92029879
chr10:92029936	CA CA	C C	1	a0001c0001t0006 a0001c0001t0006	3	NA18962.hp1 NA18992.hp1 NA18999.hp1 NA18962.hp1 NA18992.hp1 NA18999.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.1004delA c.1004delA	BTAF1	ENSG00000095564.15	transcript	ENST00000265990.12	protein_coding	38/38	1004		chr10	92029936
chr10:92030649	A A	AAGTC AAGTC	6	a0001c0001t0003 a0001c0001t0006 a0001c0001t0010 others(3): Show a0001c0001t0003 a0001c0001t0006 a0001c0001t0010 a0002c0005t0003 a0005c0009t0003 a0007c0015t0003	64	HG00140.hp2 HG00423.hp1 HG00544.hp2 others(61): Show HG00140.hp2 HG00423.hp1 HG00544.hp2 HG00642.hp2 HG00673.hp2 HG01069.hp2 HG01070.hp1 HG01109.hp1 HG01123.hp2 HG01169.hp1 HG01175.hp2 HG01192.hp1 HG01255.hp2 HG01261.hp2 HG01496.hp2 HG01516.hp2 HG01517.hp1 HG01943.hp1 HG02027.hp2 HG02040.hp2 HG02055.hp2 HG02074.hp2 HG02083.hp1 HG02132.hp1 HG02300.hp2 HG02451.hp1 HG02523.hp2 HG02602.hp2 HG02683.hp1 HG03239.hp2 HG03831.hp2 HG03927.hp1 HG04199.hp2 NA18522.hp1 NA18950.hp2 NA18952.hp1 NA18954.hp1 NA18962.hp1 NA18963.hp2 NA18964.hp1 NA18966.hp1 NA18968.hp1 NA18971.hp1 NA18974.hp1 NA18975.hp2 NA18979.hp2 NA18981.hp2 NA18988.hp2 NA18992.hp1 NA18994.hp1 NA18998.hp1 NA18999.hp1 NA19001.hp2 NA19003.hp2 NA19007.hp1 NA19054.hp1 NA19065.hp1 NA19074.hp2 NA19077.hp2 NA19086.hp1 NA19090.hp2 NA20805.hp1 NA20805.hp2 NA20905.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.1719_1722dupTCAG c.1719_1722dupTCAG	BTAF1	ENSG00000095564.15	transcript	ENST00000265990.12	protein_coding	38/38	1723	INFO_REALIGN_3_PRIME	chr10	92030649
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🧬 JoGo Online Haplotype Explorer BTAF1_chr10_91918770_92036437

JoGo Local Haplotype Explorer (on iGV) BTAF1_chr10_91918770_92036437

Translation Multiple Alignment View

🧬 Gene Summary

AAmino acid(protein) Level Haplotype Info (Total: 8)

CCoding Level Haplotype Info (Total: 15)

TTranscript Level Haplotype Info (Total: 13)

GGenebody Level Haplotype Info (Total: 329)

A C AC Level (Amino Acid + Coding) Haplotype Info (Total: 15)

A C T ACT Level (Amino Acid + Coding + Transcript) Haplotype Info (Total: 27)

A C T G ACTG Level (Amino Acid + Coding + Transcript + Genebody) Haplotype Info (Total: 329)

Haplotype Details by Sample (Haploid Level) (Total: 330)

AAmino acid(protein) Level Haplotype Related Variants (Effect to Protein Coding Variants) (Total: 8)

CCoding Level Variants (Synonymous Mutations) (Total: 7)

TTranscript Level Haplotype Variants (5'UTR+3'UTR) (Total: 15)

GGenebody Level Haplotype Variants (Intron) (Total: 1241)

External Link

Annotation (Repeats)

Annotation (SNP Array)