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HG03471	hp1	a0001	c0001	t0001	g0001	AFR	MSL	SPRR2A_chr1_153051120_153062512	SPRR2A	chr1	153051120	153062512
HG03471	hp2	a0001	c0001	t0001	g0005	AFR	MSL	SPRR2A_chr1_153051120_153062512	SPRR2A	chr1	153051120	153062512
NA20300	hp1	a0001	c0001	t0001	g0005	AFR	USA	SPRR2A_chr1_153051120_153062512	SPRR2A	chr1	153051120	153062512
NA20300	hp2	a0001	c0001	t0001	g0001	AFR	USA	SPRR2A_chr1_153051120_153062512	SPRR2A	chr1	153051120	153062512
NA21309	hp1	a0002	c0003	t0004	g0006	AFR	LWK	SPRR2A_chr1_153051120_153062512	SPRR2A	chr1	153051120	153062512
NA21309	hp2	a0001	c0001	t0001	g0001	AFR	LWK	SPRR2A_chr1_153051120_153062512	SPRR2A	chr1	153051120	153062512
homoSapiens_chm13v2	hp1	a0001	c0002	t0001	g0002	REF	REF	SPRR2A_chr1_153051120_153062512	SPRR2A	chr1	153051120	153062512
homoSapiens_grch38	hp1	a0001	c0001	t0001	g0001	REF	REF	SPRR2A_chr1_153051120_153062512	SPRR2A	chr1	153051120	153062512

chr:pos	ref	alt	# # of ahapid:amino-acid(protein) level	ahapids	# # of haplotypeids	haplotypeids	annotation	impact	hgvs_c	hgvs_p	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	cdna cdna pos length	cds cds pos length	aa aa pos length	chr	pos
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chr1:153056677	G G	T T	1	a0002 a0002	8	HG02257.hp2 HG02922.hp2 HG02970.hp1 others(5): Show HG02257.hp2 HG02922.hp2 HG02970.hp1 HG03209.hp1 HG03225.hp2 NA19030.hp1 NA19043.hp2 NA21309.hp1	missense_variant	MODERATE	c.59C>A c.59C>A	p.Thr20Lys p.Thr20Lys	SPRR2A	ENSG00000241794.2	transcript	ENST00000392653.3	protein_coding	2/2	120/677	59/219	20/72	chr1	153056677
chr1:153056678	T T	C C	1	a0003 a0003	1	HG02683.hp1 HG02683.hp1	missense_variant	MODERATE	c.58A>G c.58A>G	p.Thr20Ala p.Thr20Ala	SPRR2A	ENSG00000241794.2	transcript	ENST00000392653.3	protein_coding	2/2	119/677	58/219	20/72	chr1	153056678
chr1:153056752	G G	A A	1	a0002 a0002	8	HG02257.hp2 HG02922.hp2 HG02970.hp1 others(5): Show HG02257.hp2 HG02922.hp2 HG02970.hp1 HG03209.hp1 HG03225.hp2 NA19030.hp1 NA19043.hp2 NA21309.hp1	splice_region_variant	LOW	c.-17C>T c.-17C>T		SPRR2A	ENSG00000241794.2	transcript	ENST00000392653.3	protein_coding	2/2				chr1	153056752

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chr1:153056661	C C	T T	2	a0001c0002 a0004c0004 a0001c0002 a0004c0004	83	HG00099.hp2 HG00280.hp1 HG00423.hp2 others(80): Show HG00099.hp2 HG00280.hp1 HG00423.hp2 HG00558.hp2 HG00609.hp1 HG00609.hp2 HG00639.hp2 HG00735.hp1 HG00741.hp2 HG01074.hp2 HG01081.hp1 HG01099.hp1 HG01106.hp1 HG01123.hp2 HG01168.hp2 HG01175.hp2 HG01192.hp1 HG01243.hp1 HG01243.hp2 HG01255.hp2 HG01261.hp2 HG01358.hp2 HG01515.hp1 HG01516.hp2 HG01891.hp1 HG01934.hp1 HG02004.hp1 HG02004.hp2 HG02109.hp2 HG02132.hp2 HG02300.hp2 HG02486.hp2 HG02559.hp2 HG02698.hp1 HG02809.hp1 HG02922.hp1 HG02970.hp2 HG02976.hp2 HG03017.hp1 HG03017.hp2 HG03139.hp1 HG03486.hp1 HG03491.hp1 HG03540.hp2 HG03654.hp2 HG03669.hp2 HG03688.hp2 HG03710.hp1 HG03834.hp1 HG03942.hp2 HG04115.hp1 HG04115.hp2 HG04184.hp2 NA18941.hp2 NA18943.hp1 NA18951.hp1 NA18953.hp2 NA18957.hp1 NA18963.hp1 NA18970.hp1 NA18978.hp1 NA18980.hp2 NA18982.hp1 NA18983.hp1 NA18986.hp1 NA18993.hp2 NA18994.hp2 NA18998.hp2 NA19030.hp2 NA19063.hp1 NA19067.hp1 NA19070.hp2 NA19072.hp1 NA19075.hp2 NA19076.hp2 NA19079.hp1 NA19083.hp1 NA19085.hp2 NA19087.hp2 NA20129.hp2 NA20752.hp2 NA20905.hp2 homoSapiens_chm13v2.hp1	synonymous_variant	LOW	c.75G>A c.75G>A	p.Glu25Glu p.Glu25Glu	SPRR2A	ENSG00000241794.2	transcript	ENST00000392653.3	protein_coding	2/2	136/677	75/219	25/72			chr1	153056661

chr:pos	ref	alt	# # of thapid:transcript level	thapids	# # of haplotypeids	haplotypeids	annotation	impact	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	distance	chr	pos
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chr1:153056314	T T	A A	1	a0002c0003t0004 a0002c0003t0004	7	HG02257.hp2 HG02970.hp1 HG03209.hp1 others(4): Show HG02257.hp2 HG02970.hp1 HG03209.hp1 HG03225.hp2 NA19030.hp1 NA19043.hp2 NA21309.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.203A>T c.203A>T	SPRR2A	ENSG00000241794.2	transcript	ENST00000392653.3	protein_coding	2/2	203	chr1	153056314
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chr1:153056747	C C	T T	2	a0002c0003t0004 a0002c0003t0007 a0002c0003t0004 a0002c0003t0007	8	HG02257.hp2 HG02922.hp2 HG02970.hp1 others(5): Show HG02257.hp2 HG02922.hp2 HG02970.hp1 HG03209.hp1 HG03225.hp2 NA19030.hp1 NA19043.hp2 NA21309.hp1	5_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.-12G>A c.-12G>A	SPRR2A	ENSG00000241794.2	transcript	ENST00000392653.3	protein_coding	2/2	12	chr1	153056747
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🧬 JoGo Online Haplotype Explorer SPRR2A_chr1_153051120_153062512

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ACTG-Haplotype Mutation Positions 3D Viewer

🧬 Gene Summary

AAmino acid(protein) Level Haplotype Info (Total: 4)

CCoding Level Haplotype Info (Total: 5)

TTranscript Level Haplotype Info (Total: 7)

GGenebody Level Haplotype Info (Total: 13)

A C AC Level (Amino Acid + Coding) Haplotype Info (Total: 5)

A C T ACT Level (Amino Acid + Coding + Transcript) Haplotype Info (Total: 10)

A C T G ACTG Level (Amino Acid + Coding + Transcript + Genebody) Haplotype Info (Total: 13)

Haplotype Details by Sample (Haploid Level) (Total: 442)

AAmino acid(protein) Level Haplotype Related Variants (Effect to Protein Coding Variants) (Total: 4)

CCoding Level Variants (Synonymous Mutations) (Total: 1)

TTranscript Level Haplotype Variants (5'UTR+3'UTR) (Total: 6)

GGenebody Level Haplotype Variants (Intron) (Total: 5)

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Annotation (Repeats)

Annotation (SNP Array)