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chr1:31434120	G G	A A	1	a0008 a0008	1	HG02976.hp1 HG02976.hp1	missense_variant	MODERATE	c.1289G>A c.1289G>A	p.Cys430Tyr p.Cys430Tyr	SERINC2	ENSG00000168528.12	transcript	ENST00000373709.8	protein_coding	10/10	1342/1900	1289/1368	430/455		chr1	31434120
chr1:31434180	G G	A A	1	a0007 a0007	1	HG03453.hp1 HG03453.hp1	missense_variant	MODERATE	c.1349G>A c.1349G>A	p.Arg450His p.Arg450His	SERINC2	ENSG00000168528.12	transcript	ENST00000373709.8	protein_coding	10/10	1402/1900	1349/1368	450/455		chr1	31434180

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chr1:31423761	C C	T T	1	a0002c0011 a0002c0011	4	HG00323.hp2 HG01346.hp2 HG03491.hp1 others(1): Show HG00323.hp2 HG01346.hp2 HG03491.hp1 HG03492.hp1	synonymous_variant	LOW	c.108C>T c.108C>T	p.Thr36Thr p.Thr36Thr	SERINC2	ENSG00000168528.12	transcript	ENST00000373709.8	protein_coding	2/10	161/1900	108/1368	36/455	chr1	31423761
chr1:31424709	C C	T T	1	a0001c0026 a0001c0026	1	NA20905.hp2 NA20905.hp2	synonymous_variant	LOW	c.228C>T c.228C>T	p.Ala76Ala p.Ala76Ala	SERINC2	ENSG00000168528.12	transcript	ENST00000373709.8	protein_coding	3/10	281/1900	228/1368	76/455	chr1	31424709
chr1:31424796	G G	A A	3	a0001c0004 a0001c0014 a0002c0006 a0001c0004 a0001c0014 a0002c0006	76	HG00544.hp1 HG00544.hp2 HG00597.hp1 others(73): Show HG00544.hp1 HG00544.hp2 HG00597.hp1 HG00621.hp1 HG00642.hp1 HG00673.hp1 HG00673.hp2 HG01069.hp2 HG01243.hp1 HG01257.hp1 HG01433.hp1 HG01928.hp2 HG01952.hp2 HG02015.hp1 HG02015.hp2 HG02040.hp2 HG02056.hp2 HG02071.hp2 HG02074.hp2 HG02080.hp2 HG02083.hp2 HG02135.hp2 HG02257.hp1 HG02300.hp1 HG02572.hp1 HG02602.hp2 HG02630.hp1 HG02698.hp1 HG02723.hp1 HG02735.hp1 HG02895.hp2 HG03017.hp2 HG03130.hp1 HG03225.hp1 HG03239.hp1 HG03486.hp2 HG03490.hp2 HG03540.hp2 HG03654.hp1 HG03669.hp1 HG03669.hp2 HG03688.hp1 HG03831.hp1 HG03831.hp2 HG04115.hp1 HG04228.hp1 NA18940.hp1 NA18945.hp2 NA18947.hp2 NA18952.hp2 NA18959.hp2 NA18962.hp2 NA18970.hp2 NA18984.hp2 NA18991.hp2 NA18995.hp1 NA18995.hp2 NA18997.hp1 NA18999.hp1 NA19000.hp1 NA19003.hp2 NA19010.hp2 NA19012.hp2 NA19060.hp2 NA19064.hp2 NA19066.hp2 NA19067.hp2 NA19068.hp1 NA19074.hp1 NA19077.hp1 NA19079.hp1 NA19084.hp1 NA19085.hp2 NA19090.hp1 NA20805.hp1 NA20905.hp1	synonymous_variant	LOW	c.315G>A c.315G>A	p.Ala105Ala p.Ala105Ala	SERINC2	ENSG00000168528.12	transcript	ENST00000373709.8	protein_coding	3/10	368/1900	315/1368	105/455	chr1	31424796
chr1:31425387	T T	C C	14	a0001c0003 a0001c0005 a0001c0010 others(11): Show a0001c0003 a0001c0005 a0001c0010 a0001c0016 a0002c0008 a0002c0017 a0002c0021 a0005c0012 a0006c0020 a0007c0018 a0009c0019 a0011c0015 a0012c0025 a0013c0013	111	HG00099.hp1 HG00323.hp1 HG00408.hp2 others(108): Show HG00099.hp1 HG00323.hp1 HG00408.hp2 HG00423.hp2 HG00597.hp2 HG00609.hp1 HG00735.hp2 HG00738.hp1 HG00738.hp2 HG00741.hp1 HG01074.hp1 HG01081.hp2 HG01106.hp1 HG01123.hp1 HG01123.hp2 HG01168.hp1 HG01169.hp2 HG01175.hp2 HG01192.hp1 HG01192.hp2 HG01255.hp1 HG01257.hp2 HG01261.hp1 HG01358.hp1 HG01358.hp2 HG01361.hp1 HG01496.hp2 HG01884.hp2 HG01891.hp2 HG01928.hp1 HG01943.hp2 HG01952.hp1 HG01981.hp1 HG02004.hp2 HG02040.hp1 HG02071.hp1 HG02080.hp1 HG02109.hp2 HG02129.hp2 HG02135.hp1 HG02148.hp2 HG02258.hp2 HG02273.hp1 HG02451.hp1 HG02559.hp2 HG02622.hp2 HG02735.hp2 HG02738.hp1 HG02738.hp2 HG02809.hp2 HG02818.hp1 HG02922.hp2 HG03239.hp2 HG03453.hp1 HG03579.hp2 HG03834.hp1 HG04184.hp1 HG04199.hp2 HG04204.hp1 HG04204.hp2 NA18612.hp1 NA18939.hp2 NA18940.hp2 NA18943.hp2 NA18946.hp2 NA18947.hp1 NA18948.hp1 NA18952.hp1 NA18953.hp1 NA18961.hp2 NA18962.hp1 NA18963.hp2 NA18966.hp1 NA18970.hp1 NA18971.hp1 NA18971.hp2 NA18979.hp1 NA18981.hp1 NA18983.hp2 NA18984.hp1 NA18986.hp1 NA18990.hp2 NA18994.hp1 NA18994.hp2 NA18998.hp2 NA19000.hp2 NA19003.hp1 NA19004.hp2 NA19007.hp2 NA19010.hp1 NA19011.hp2 NA19030.hp2 NA19057.hp1 NA19057.hp2 NA19060.hp1 NA19063.hp2 NA19067.hp1 NA19068.hp2 NA19070.hp1 NA19076.hp2 NA19081.hp2 NA19087.hp1 NA19089.hp1 NA19089.hp2 NA19090.hp2 NA19091.hp1 NA19091.hp2 NA20752.hp1 NA20752.hp2 NA20805.hp2 NA21309.hp1	synonymous_variant	LOW	c.450T>C c.450T>C	p.Ile150Ile p.Ile150Ile	SERINC2	ENSG00000168528.12	transcript	ENST00000373709.8	protein_coding	4/10	503/1900	450/1368	150/455	chr1	31425387
chr1:31425792	C C	T T	2	a0001c0010 a0012c0025 a0001c0010 a0012c0025	5	HG01123.hp1 HG01261.hp1 HG01358.hp1 others(2): Show HG01123.hp1 HG01261.hp1 HG01358.hp1 HG01981.hp1 NA20752.hp2	synonymous_variant	LOW	c.489C>T c.489C>T	p.Gly163Gly p.Gly163Gly	SERINC2	ENSG00000168528.12	transcript	ENST00000373709.8	protein_coding	5/10	542/1900	489/1368	163/455	chr1	31425792
chr1:31425840	C C	T T	3	a0001c0005 a0002c0021 a0011c0015 a0001c0005 a0002c0021 a0011c0015	21	HG00597.hp2 HG00738.hp2 HG00741.hp1 others(18): Show HG00597.hp2 HG00738.hp2 HG00741.hp1 HG01358.hp2 HG01928.hp1 HG01943.hp2 HG01952.hp1 HG02040.hp1 HG02148.hp2 HG02738.hp2 HG04199.hp2 HG04204.hp2 NA18612.hp1 NA18943.hp2 NA18946.hp2 NA18953.hp1 NA18979.hp1 NA19060.hp1 NA19081.hp2 NA19089.hp1 NA19091.hp1	synonymous_variant	LOW	c.537C>T c.537C>T	p.Ile179Ile p.Ile179Ile	SERINC2	ENSG00000168528.12	transcript	ENST00000373709.8	protein_coding	5/10	590/1900	537/1368	179/455	chr1	31425840
chr1:31429013	G G	A A	2	a0001c0016 a0002c0017 a0001c0016 a0002c0017	2	HG03239.hp2 HG04204.hp1 HG03239.hp2 HG04204.hp1	synonymous_variant	LOW	c.816G>A c.816G>A	p.Ser272Ser p.Ser272Ser	SERINC2	ENSG00000168528.12	transcript	ENST00000373709.8	protein_coding	7/10	869/1900	816/1368	272/455	chr1	31429013
chr1:31433099	C C	T T	1	a0001c0014 a0001c0014	1	HG03225.hp1 HG03225.hp1	synonymous_variant	LOW	c.1146C>T c.1146C>T	p.Asp382Asp p.Asp382Asp	SERINC2	ENSG00000168528.12	transcript	ENST00000373709.8	protein_coding	9/10	1199/1900	1146/1368	382/455	chr1	31433099
chr1:31433168	G G	A A	1	a0001c0023 a0001c0023	1	HG03209.hp1 HG03209.hp1	synonymous_variant	LOW	c.1215G>A c.1215G>A	p.Thr405Thr p.Thr405Thr	SERINC2	ENSG00000168528.12	transcript	ENST00000373709.8	protein_coding	9/10	1268/1900	1215/1368	405/455	chr1	31433168

chr:pos	ref	alt	# # of thapid:transcript level	thapids	# # of haplotypeids	haplotypeids	annotation	impact	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	distance	status	chr	pos
chr1:31413231	C C	G G	1	a0002c0002t0025 a0002c0002t0025	1	NA19063.hp1 NA19063.hp1	5_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.-35C>G c.-35C>G	SERINC2	ENSG00000168528.12	transcript	ENST00000373709.8	protein_coding	1/10	35		chr1	31413231
chr1:31413235	C C	T T	1	a0011c0015t0024 a0011c0015t0024	1	NA19060.hp1 NA19060.hp1	5_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.-31C>T c.-31C>T	SERINC2	ENSG00000168528.12	transcript	ENST00000373709.8	protein_coding	1/10	31		chr1	31413235
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GGATAGGATGGTTAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGTTAGGGTGGATA GGATGGTTAGGGTGGACAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTG GATAGGGTGGTTAGGGTGGTTAGGGTGGTTAGGGTGGATAGGGTGGTTAG GGTGGAGAGGGTGGATAGGGTGGAGAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGG TTAGGGTGGATAGGATGGTTAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGAGAGG GTGGATAGGGTGGTTAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGT TAGGGTGGAGAGGGTGGAGAGGGTGGAG	1	a0002c0006t0003g0207 a0002c0006t0003g0207	1	HG01243.hp1 HG01243.hp1	intron_variant	MODIFIER	c.1014-1020_1014-101 others(12631): Show c.1014-1020_1014-1019insATAGGGTGGATAGGGTGGGTAGGGTG GACAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAG GGTGGAGAGGGTGGTTAGGGTGGATAGGATGGTTAGGGTGGACAGGGTGG ATAGGGTGGAGAGGGTGGATAGGATGGTTAGGGTGGATAGGGTGGATAGG GTGGATAGGGTGGAGAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGT TAGGGTGGTTAGGGTGGAGAGGGTGGATAGGGTGGGTAGGGTGGACAGGG TGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGTTAGGGTGGAT AGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGATGGTTAGGGT GGATAGGGTGGTTAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATA GGGTGGTTAGGGTGGATAGGATGGTTAGGGTGGATAGGGTGGTTAGGGTG 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GGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGATGGTTAGGGTGGATA GGGTGGTTAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGTTAGGGTG GATAGGATGGTTAGGGTGGATAGGGTGGTTAGGGTGGAGAGGGTGGATAG GGTGGAGAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGTTAGGGTGGATAGGGTGG ATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGTTAGGGTGGATAGGATGGTTAGG GTGGATAGGGTGGTTAGGGTGGAGAGGGTGGATAGGGTGGAGAGGGTGGA TAGGGTGGATAGGGTGGTTAGGGTGGATAGGATGGTTAGGGTGGATAGGG TGGATAGGGTGGAGAGGGTGGATAGGGTGGAGAGGGTGGATAGGGTGGTT AGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGAGAGGGTGGATAGGGT GGATAGGGTGGATAGGATGGTTAGGGTGGATAGGGTGGATAGGATGGTTA GGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGAGAGGGTGGATAGGGTGGTTAGGGTG GATAGGGTGGATAGGGTGGAGAGGGTGGATAGGGTGGAGAGGGTGGATAG GGTGGTTAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGAGAGGGTGG ATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGATGGTTAGGGTGGATAGGGTGGATAGG ATGGTTAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGAGAGGGTGGATAGGGTGGT TAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGAGAGGGTGGATAGGGTGGATAGGG TGGATAGGGTGGTTAGGGTGGATAGGGTGGATAGGATGGTTAGGGTGGAT AGGATGGTTAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGTTAGGGT GGATAGGATGGTTAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGAGA 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TAGGGTGGATAGGGTGGACAGGGTGGACAGGGTGGACAGGGTGGACAGGG TGGACAGGGTGGATAGGGTGGTTAGGGTGGATAGGGTGGACAGGGTGGAC AGGGTGGATAGGGTGGAGAGGGTGGAGAGGGTGGAGAGGGTGGAGAGGGT GGATAGGGTGGATAGGGTGGACAGGGTGGACAGGGTGGACAGGGTGGATA GGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGTTAGGGTG GATAGGGTGGACAGGGTGGACAGGGTGGACAGGGTGGAGAGGGTGGAGAG GGTGGAGAGGGTGGAGAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGTTAGGGTGG ATAGGGTGGACAGGGTGGACAGGGTGGACAGGGTGGAGAGGGTGGAGAGG GTGGAGAGGGTGGAGAGGGTGGATAGGGTGGTTAGGGTGGATAGGGTGGA CAGGGTGGACAGGGTGGACAGGGTGGACAGGGTGGATAGGGTGGATAGGG TGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGTTAGGGTGGATAGGGTGGAC AGGGTGGACAGGGTGGAGAGGGTGGAGAGGGTGGAGAGGGTGGAGAGGGT GGAGAGGGTGGATAGGGTGGAGAGGGTGGTTAGGGTGGACAGGGTGGACA GGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTG GTTAGGGTGGATAGGGTGGTTAGGGTGGATAGGGTGGACAGGGTGGATAG GGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGG TTAGGGTGGATAGGGTGGACAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGG GTGGATAGGGTGGAGAGGGTGGAGAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGA TAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGTTAGGG 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GGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGACA GGGTGGACAGGGTGAATAGGGTGGATAGGGTGGTTAGGGTGGATAGGGTG GATAGGGTGGACAGGGTGGACAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAG GGTGGATAGGGTGGTTAGGGTGGATAGGATGGTTAGGGTGGATAGGGTGG ACAGGGTGGACAGGGTGGACAGGGTGGACAGGGTGGACAGGGTGGACAGG GTGGACAGGGTGGTTAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGT TAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGTTAGGGTGGATAGGGTGGTTAGGG TGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGAT AGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGTTAGGGTGGATAGGGT GGTTAGGGTGGATAGGGTGGACAGGGTGGATAGGGTGGTTAGGGTGGATA GGGTGGATAGGGTGGTTAGGGTGGATAGGGTGGTTAGGGTGGATAGGGTG GATAGGGTGGATAGGGTGGTTAGGGTGGATAGGGTGGTTAGGGTGGATAG GGTGGATAGGGTGGTTAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGTTAGGGTGG ATAGGGTGGTTAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGTTAGGGTGGATAGG GTGGATAGGGTGGTTAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGTTAGGGTGGA TAGGGTGGTTAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGTTAGGGTGGATAGGG TGGATAGGGTGGATAGGGTGGACAGGGTGGACAGGGTGGACAGGGTGGAT AGGGTGGTTAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGTTAGGGT GGATAGGGTGGATAGGGTGGTTAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATA 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🧬 JoGo Online Haplotype Explorer SERINC2_chr1_31408213_31439678

JoGo Local Haplotype Explorer (on iGV) SERINC2_chr1_31408213_31439678

Translation Multiple Alignment View

ACTG-Haplotype Mutation Positions 3D Viewer

🧬 Gene Summary

AAmino acid(protein) Level Haplotype Info (Total: 13)

CCoding Level Haplotype Info (Total: 26)

TTranscript Level Haplotype Info (Total: 25)

GGenebody Level Haplotype Info (Total: 369)

A C AC Level (Amino Acid + Coding) Haplotype Info (Total: 26)

A C T ACT Level (Amino Acid + Coding + Transcript) Haplotype Info (Total: 61)

A C T G ACTG Level (Amino Acid + Coding + Transcript + Genebody) Haplotype Info (Total: 369)

Haplotype Details by Sample (Haploid Level) (Total: 376)

AAmino acid(protein) Level Haplotype Related Variants (Effect to Protein Coding Variants) (Total: 12)

CCoding Level Variants (Synonymous Mutations) (Total: 9)

TTranscript Level Haplotype Variants (5'UTR+3'UTR) (Total: 52)

GGenebody Level Haplotype Variants (Intron) (Total: 1457)

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Annotation (Repeats)

Annotation (SNP Array)