Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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chr17:35258864	C C	A A	1	a0002c0013 a0002c0013	1	NA18944.hp1 NA18944.hp1	synonymous_variant	LOW	c.174C>A c.174C>A	p.Ile58Ile p.Ile58Ile	SLFN5	ENSG00000166750.10	transcript	ENST00000299977.9	protein_coding	2/5	286/10555	174/2676	58/891	chr17	35258864
chr17:35259092	G G	A A	1	a0003c0015 a0003c0015	1	HG00099.hp2 HG00099.hp2	synonymous_variant	LOW	c.402G>A c.402G>A	p.Leu134Leu p.Leu134Leu	SLFN5	ENSG00000166750.10	transcript	ENST00000299977.9	protein_coding	2/5	514/10555	402/2676	134/891	chr17	35259092
chr17:35259605	G G	A A	1	a0001c0017 a0001c0017	1	HG02145.hp2 HG02145.hp2	synonymous_variant	LOW	c.915G>A c.915G>A	p.Val305Val p.Val305Val	SLFN5	ENSG00000166750.10	transcript	ENST00000299977.9	protein_coding	2/5	1027/10555	915/2676	305/891	chr17	35259605
chr17:35259662	C C	T T	1	a0002c0022 a0002c0022	1	NA19002.hp1 NA19002.hp1	synonymous_variant	LOW	c.972C>T c.972C>T	p.Pro324Pro p.Pro324Pro	SLFN5	ENSG00000166750.10	transcript	ENST00000299977.9	protein_coding	2/5	1084/10555	972/2676	324/891	chr17	35259662
chr17:35261071	A A	G G	1	a0002c0021 a0002c0021	1	NA20129.hp1 NA20129.hp1	synonymous_variant	LOW	c.1113A>G c.1113A>G	p.Lys371Lys p.Lys371Lys	SLFN5	ENSG00000166750.10	transcript	ENST00000299977.9	protein_coding	3/5	1225/10555	1113/2676	371/891	chr17	35261071
chr17:35265177	T T	C C	1	a0002c0005 a0002c0005	10	HG00544.hp2 HG02040.hp1 NA18747.hp1 others(7): Show HG00544.hp2 HG02040.hp1 NA18747.hp1 NA18984.hp1 NA18988.hp1 NA19054.hp2 NA19062.hp1 NA19064.hp2 NA19065.hp1 NA19076.hp1	synonymous_variant	LOW	c.1965T>C c.1965T>C	p.Arg655Arg p.Arg655Arg	SLFN5	ENSG00000166750.10	transcript	ENST00000299977.9	protein_coding	5/5	2077/10555	1965/2676	655/891	chr17	35265177
chr17:35265777	C C	T T	1	a0001c0006 a0001c0006	5	HG02895.hp2 HG02896.hp2 HG03225.hp2 others(2): Show HG02895.hp2 HG02896.hp2 HG03225.hp2 HG03516.hp2 NA18522.hp1	synonymous_variant	LOW	c.2565C>T c.2565C>T	p.Ile855Ile p.Ile855Ile	SLFN5	ENSG00000166750.10	transcript	ENST00000299977.9	protein_coding	5/5	2677/10555	2565/2676	855/891	chr17	35265777

chr:pos	ref	alt	# # of thapid:transcript level	thapids	# # of haplotypeids	haplotypeids	annotation	impact	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	distance	status	chr	pos
chr17:35266005	T T	C C	10	a0003c0003t0006 a0003c0003t0024 a0003c0003t0033 others(7): Show a0003c0003t0006 a0003c0003t0024 a0003c0003t0033 a0003c0003t0034 a0003c0003t0035 a0003c0003t0059 a0003c0003t0060 a0003c0003t0061 a0003c0003t0062 a0003c0003t0063	26	HG00741.hp2 HG01168.hp1 HG01175.hp2 others(23): Show HG00741.hp2 HG01168.hp1 HG01175.hp2 HG01256.hp1 HG01358.hp2 HG02135.hp1 HG02698.hp1 HG03491.hp2 HG03492.hp2 HG03834.hp2 HG03942.hp2 HG04199.hp2 NA18612.hp1 NA18966.hp1 NA18973.hp1 NA18980.hp2 NA18985.hp1 NA18989.hp1 NA18994.hp2 NA18998.hp1 NA18999.hp2 NA19079.hp2 NA19081.hp1 NA19089.hp2 NA19090.hp2 NA20752.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.117T>C c.117T>C	SLFN5	ENSG00000166750.10	transcript	ENST00000299977.9	protein_coding	5/5	117		chr17	35266005
chr17:35266141	G G	GGT GGT	2	a0001c0001t0056 a0001c0001t0145 a0001c0001t0056 a0001c0001t0145	3	HG03017.hp1 NA19001.hp2 NA19030.hp1 HG03017.hp1 NA19001.hp2 NA19030.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.253_254insGT c.253_254insGT	SLFN5	ENSG00000166750.10	transcript	ENST00000299977.9	protein_coding	5/5	254		chr17	35266141
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SLFN5_chr17_35238072_35278655 Genic Haplotype Structure on iGV

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Gene Summary (with MANE)

Amino acid(protein) Level Haplotype Info (Total: 16)

Coding Level Haplotype Info (Total: 23)

Transcript Level Haplotype Info (Total: 161)

Genebody Level Haplotype Info (Total: 351)

Haplotype Details by Sample (Haploid Level) (Total: 446)

Amino acid(protein) Level Haplotype Related Variants (Effect to Protein Coding Variants) (Total: 15)

Coding Level Variants (On coding region but no effect to protein coding variants: Synonymous Mutations) (Total: 7)

Transcript Level Haplotype Variants (Exon) (Total: 129)

Genebody Level Haplotype Variants (Intron) (Total: 261)

Annotation (Repeats)

Annotation (SNP Array)