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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ACTN1_chr14_68869128_68984302	68932513	CT CT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00280.hp2 HG01099.hp1 HG01175.hp1 others(40): Show HG00280.hp2 HG01099.hp1 HG01175.hp1 HG01192.hp2 HG01255.hp2 HG01256.hp2 HG01496.hp1 HG01517.hp2 HG01943.hp1 HG01943.hp2 HG02004.hp1 HG02145.hp1 HG02486.hp2 HG02572.hp2 HG02602.hp1 HG02622.hp2 HG02647.hp1 HG02683.hp2 HG02698.hp2 HG02895.hp2 HG02896.hp2 HG02897.hp1 HG02922.hp2 HG03017.hp2 HG03041.hp2 HG03098.hp2 HG03139.hp2 HG03209.hp2 HG03225.hp2 HG03490.hp1 HG03490.hp2 HG03540.hp2 HG03704.hp2 HG04199.hp2 HG04228.hp2 NA18942.hp1 NA18948.hp2 NA18970.hp2 NA18992.hp1 NA19066.hp1 NA19240.hp1 NA20805.hp1 NA20805.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 others(1): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0009	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0002t0002 others(3): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0002t0002 a0001c0002t0003 a0001c0003t0001 a0001c0009t0001	a0001c0001t0001g0143 a0001c0001t0001g0178 a0001c0001t0001g0182 others(40): Show a0001c0001t0001g0143 a0001c0001t0001g0178 a0001c0001t0001g0182 a0001c0001t0001g0189 a0001c0001t0001g0198 a0001c0001t0001g0214 a0001c0001t0001g0216 a0001c0001t0001g0217 a0001c0001t0001g0218 a0001c0001t0001g0228 a0001c0001t0001g0242 a0001c0001t0001g0253 a0001c0001t0001g0269 a0001c0001t0001g0278 a0001c0001t0001g0279 a0001c0001t0001g0280 a0001c0001t0001g0282 a0001c0001t0002g0022 a0001c0001t0002g0035 a0001c0001t0002g0045 a0001c0001t0002g0046 a0001c0001t0002g0047 a0001c0001t0002g0048 a0001c0001t0002g0064 a0001c0001t0002g0115 a0001c0002t0002g0088 a0001c0002t0002g0122 a0001c0002t0003g0129 a0001c0002t0003g0130 a0001c0002t0003g0134 a0001c0002t0003g0142 a0001c0002t0003g0153 a0001c0002t0003g0154 a0001c0002t0003g0156 a0001c0002t0003g0175 a0001c0002t0003g0180 a0001c0002t0003g0221 a0001c0002t0003g0234 a0001c0002t0003g0270 a0001c0003t0001g0184 a0001c0003t0001g0254 a0001c0009t0001g0181 a0001c0009t0001g0264	43	284	0.1514	-1	c.106 others(9): Show c.106-6842delA	ACTN1	ENSG00000072110.16	transcript	ENST00000394419.9	protein_coding	1/21			chr14	TogoVar
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