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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ACTN2_chr1_236681499_236769631	236764703	AG AG	A A	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG01243.hp1 HG03139.hp1 HG03139.hp2 others(1): Show HG01243.hp1 HG03139.hp1 HG03139.hp2 HG03195.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0007 a0001c0001 a0001c0003 a0001c0007	a0001c0001t0004 a0001c0003t0022 a0001c0007t0004 a0001c0001t0004 a0001c0003t0022 a0001c0007t0004	a0001c0001t0004g0102 a0001c0001t0004g0119 a0001c0003t0022g0093 others(1): Show a0001c0001t0004g0102 a0001c0001t0004g0119 a0001c0003t0022g0093 a0001c0007t0004g0085	4	344	0.0116	-1	c.20 others(6): Show c.2085delG	ACTN2	ENSG00000077522.15	transcript	ENST00000366578.6	protein_coding		73		chr1	TogoVar
ACTN2_chr1_236681499_236769631	236765120	CA CA	C C	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00642.hp2 HG02015.hp1 HG02080.hp2 others(17): Show HG00642.hp2 HG02015.hp1 HG02080.hp2 HG02083.hp2 HG02129.hp1 HG02132.hp1 HG02486.hp2 HG02735.hp2 HG03453.hp1 HG03516.hp1 HG03669.hp2 NA18939.hp2 NA18953.hp2 NA18979.hp2 NA18983.hp1 NA18993.hp2 NA19010.hp1 NA19063.hp1 NA19072.hp2 NA19082.hp2	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0006 others(4): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0006 a0001c0028 a0002c0005 a0002c0008 a0002c0019	a0001c0001t0001 a0001c0001t0017 a0001c0002t0002 others(6): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0017 a0001c0002t0002 a0001c0002t0007 a0001c0006t0002 a0001c0028t0026 a0002c0005t0004 a0002c0008t0004 a0002c0019t0004	a0001c0001t0001g0328 a0001c0001t0017g0097 a0001c0002t0002g0223 others(17): Show a0001c0001t0001g0328 a0001c0001t0017g0097 a0001c0002t0002g0223 a0001c0002t0007g0176 a0001c0006t0002g0171 a0001c0028t0026g0106 a0002c0005t0004g0008 a0002c0005t0004g0035 a0002c0005t0004g0256 a0002c0005t0004g0257 a0002c0005t0004g0294 a0002c0005t0004g0297 a0002c0005t0004g0305 a0002c0005t0004g0306 a0002c0008t0004g0025 a0002c0008t0004g0027 a0002c0008t0004g0168 a0002c0008t0004g0277 a0002c0008t0004g0296 a0002c0019t0004g0002	20	344	0.0581	-1	c.25 others(6): Show c.2502delA	ACTN2	ENSG00000077522.15	transcript	ENST00000366578.6	protein_coding		490		chr1	TogoVar
ACTN2_chr1_236681499_236769631	236766633	TG TG	T T	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG01243.hp1 HG02615.hp2 HG03139.hp1 others(2): Show HG01243.hp1 HG02615.hp2 HG03139.hp1 HG03139.hp2 HG03195.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0007 a0001c0001 a0001c0003 a0001c0007	a0001c0001t0004 a0001c0003t0022 a0001c0007t0004 a0001c0001t0004 a0001c0003t0022 a0001c0007t0004	a0001c0001t0004g0102 a0001c0001t0004g0119 a0001c0003t0022g0093 others(2): Show a0001c0001t0004g0102 a0001c0001t0004g0119 a0001c0003t0022g0093 a0001c0007t0004g0070 a0001c0007t0004g0085	5	344	0.0145	-1	c.40 others(6): Show c.4015delG	ACTN2	ENSG00000077522.15	transcript	ENST00000366578.6	protein_coding		2003		chr1	TogoVar
ACTN2_chr1_236681499_236769631	236768415	GT GT	G G	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00673.hp1 HG01496.hp1 HG02630.hp2 others(10): Show HG00673.hp1 HG01496.hp1 HG02630.hp2 HG02647.hp2 HG02735.hp1 HG03239.hp2 HG03654.hp1 NA18942.hp1 NA18952.hp2 NA18963.hp1 NA18986.hp1 NA19070.hp1 NA19082.hp1	a0001 a0007 a0001 a0007	a0001c0001 a0001c0002 a0007c0023 a0001c0001 a0001c0002 a0007c0023	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 others(4): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0019 a0001c0002t0002 a0001c0002t0013 a0007c0023t0001	a0001c0001t0001g0139 a0001c0001t0001g0158 a0001c0001t0001g0262 others(10): Show a0001c0001t0001g0139 a0001c0001t0001g0158 a0001c0001t0001g0262 a0001c0001t0001g0315 a0001c0001t0001g0330 a0001c0001t0003g0324 a0001c0001t0004g0117 a0001c0001t0004g0246 a0001c0001t0019g0252 a0001c0002t0002g0206 a0001c0002t0002g0310 a0001c0002t0013g0161 a0007c0023t0001g0332	13	344	0.0378	-1	c.57 others(6): Show c.5797delT	ACTN2	ENSG00000077522.15	transcript	ENST00000366578.6	protein_coding		3785		chr1	TogoVar
ACTN3_chr11_66541903_66568334	66545206	AT AT	A A	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG00280.hp2 HG00323.hp2 HG00609.hp1 others(64): Show HG00280.hp2 HG00323.hp2 HG00609.hp1 HG00642.hp1 HG00735.hp1 HG00738.hp2 HG00741.hp1 HG01069.hp2 HG01099.hp1 HG01167.hp1 HG01192.hp2 HG01255.hp1 HG01346.hp2 HG01358.hp1 HG01361.hp2 HG01516.hp2 HG01928.hp1 HG02004.hp2 HG02056.hp2 HG02071.hp1 HG02074.hp2 HG02109.hp1 HG02132.hp1 HG02165.hp1 HG02257.hp1 HG02559.hp1 HG02602.hp1 HG03239.hp1 HG03491.hp2 HG03492.hp1 HG03669.hp1 HG03710.hp2 HG03831.hp1 HG03834.hp2 HG03942.hp1 HG04204.hp2 NA18747.hp1 NA18941.hp2 NA18942.hp2 NA18949.hp2 NA18954.hp2 NA18955.hp1 NA18956.hp1 NA18957.hp1 NA18959.hp2 NA18969.hp2 NA18971.hp2 NA18974.hp2 NA18977.hp2 NA18988.hp1 NA18990.hp2 NA18991.hp2 NA18994.hp2 NA18998.hp2 NA19000.hp1 NA19000.hp2 NA19007.hp2 NA19010.hp1 NA19056.hp2 NA19058.hp1 NA19060.hp1 NA19062.hp1 NA19068.hp2 NA19070.hp1 NA19079.hp2 NA19080.hp2 NA19081.hp1	a0001 a0002 a0003 others(5): Show a0001 a0002 a0003 a0005 a0015 a0016 a0021 a0022	a0001c0001 a0002c0002 a0003c0004 others(5): Show a0001c0001 a0002c0002 a0003c0004 a0005c0006 a0015c0020 a0016c0022 a0021c0015 a0022c0014	a0001c0001t0001 a0002c0002t0001 a0003c0004t0001 others(5): Show a0001c0001t0001 a0002c0002t0001 a0003c0004t0001 a0005c0006t0002 a0015c0020t0001 a0016c0022t0001 a0021c0015t0002 a0022c0014t0002	a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0011 others(31): Show a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0011 a0001c0001t0001g0033 a0001c0001t0001g0034 a0001c0001t0001g0052 a0001c0001t0001g0053 a0001c0001t0001g0064 a0001c0001t0001g0065 a0001c0001t0001g0066 a0001c0001t0001g0067 a0001c0001t0001g0068 a0001c0001t0001g0072 a0001c0001t0001g0073 a0001c0001t0001g0074 a0002c0002t0001g0030 a0002c0002t0001g0031 a0002c0002t0001g0057 a0002c0002t0001g0069 a0003c0004t0001g0008 a0003c0004t0001g0015 a0003c0004t0001g0022 a0003c0004t0001g0056 a0003c0004t0001g0058 a0003c0004t0001g0059 a0003c0004t0001g0060 a0003c0004t0001g0061 a0005c0006t0002g0032 a0005c0006t0002g0063 a0005c0006t0002g0075 a0015c0020t0001g0008 a0016c0022t0001g0071 a0021c0015t0002g0062 a0022c0014t0002g0070	67	400	0.1675	-1	c.-17 others(6): Show c.-1731delT	ACTN3	ENSG00000248746.6	transcript	ENST00000513398.2	protein_coding		1696		chr11	TogoVar
ACTN3_chr11_66541903_66568334	66552369	CA CA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp2 HG00280.hp1 HG00280.hp2 others(215): Show HG00099.hp2 HG00280.hp1 HG00280.hp2 HG00323.hp2 HG00408.hp1 HG00438.hp2 HG00558.hp1 HG00558.hp2 HG00597.hp2 HG00609.hp1 HG00621.hp1 HG00621.hp2 HG00642.hp2 HG00738.hp2 HG00741.hp1 HG00741.hp2 HG01074.hp1 HG01099.hp1 HG01099.hp2 HG01106.hp1 HG01109.hp2 HG01123.hp1 HG01123.hp2 HG01167.hp1 HG01167.hp2 HG01168.hp1 HG01168.hp2 HG01169.hp1 HG01169.hp2 HG01175.hp1 HG01243.hp1 HG01243.hp2 HG01255.hp2 HG01258.hp1 HG01258.hp2 HG01261.hp2 HG01361.hp1 HG01433.hp2 HG01496.hp2 HG01516.hp1 HG01884.hp1 HG01884.hp2 HG01891.hp1 HG01928.hp1 HG02040.hp1 HG02040.hp2 HG02055.hp1 HG02055.hp2 HG02056.hp2 HG02074.hp1 HG02074.hp2 HG02080.hp1 HG02080.hp2 HG02109.hp2 HG02129.hp2 HG02132.hp1 HG02132.hp2 HG02145.hp1 HG02145.hp2 HG02165.hp1 HG02165.hp2 HG02258.hp1 HG02280.hp1 HG02280.hp2 HG02293.hp2 HG02523.hp1 HG02559.hp2 HG02572.hp1 HG02572.hp2 HG02615.hp1 HG02615.hp2 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