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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ACTR10_chr14_58195149_58240636	58234818	CT CT	C C	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG00140.hp2 HG00323.hp1 HG00423.hp2 others(91): Show HG00140.hp2 HG00323.hp1 HG00423.hp2 HG00597.hp1 HG00642.hp1 HG00738.hp1 HG00741.hp2 HG01070.hp2 HG01071.hp1 HG01081.hp2 HG01099.hp2 HG01106.hp1 HG01109.hp1 HG01109.hp2 HG01123.hp1 HG01168.hp1 HG01169.hp2 HG01258.hp2 HG01261.hp2 HG01358.hp2 HG01515.hp2 HG01884.hp1 HG01884.hp2 HG01891.hp1 HG01928.hp2 HG01934.hp1 HG01934.hp2 HG01943.hp1 HG01952.hp1 HG01975.hp2 HG01978.hp1 HG01993.hp1 HG02055.hp2 HG02056.hp2 HG02083.hp1 HG02109.hp2 HG02145.hp2 HG02257.hp1 HG02257.hp2 HG02280.hp1 HG02451.hp2 HG02486.hp2 HG02559.hp2 HG02572.hp1 HG02572.hp2 HG02622.hp1 HG02622.hp2 HG02683.hp2 HG02698.hp2 HG02738.hp1 HG02809.hp1 HG02809.hp2 HG02896.hp1 HG02896.hp2 HG02965.hp1 HG02970.hp1 HG02970.hp2 HG02976.hp2 HG03041.hp2 HG03098.hp2 HG03130.hp2 HG03195.hp1 HG03195.hp2 HG03225.hp1 HG03486.hp1 HG03490.hp2 HG03492.hp2 HG03516.hp2 HG03579.hp1 HG03579.hp2 HG03654.hp2 HG03669.hp1 HG03688.hp2 HG03834.hp2 HG03927.hp2 HG03942.hp2 HG04115.hp1 HG04184.hp2 HG04199.hp2 HG06807.hp1 HG06807.hp2 NA18522.hp2 NA18906.hp1 NA18957.hp1 NA18967.hp2 NA18977.hp1 NA19006.hp1 NA19030.hp1 NA19043.hp1 NA19043.hp2 NA19240.hp2 NA20129.hp2 NA20752.hp2 NA21309.hp2	a0001 a0004 a0001 a0004	a0001c0001 a0004c0005 a0001c0001 a0004c0005	a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 a0001c0001t0007 others(9): Show a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 a0001c0001t0007 a0001c0001t0008 a0001c0001t0014 a0001c0001t0015 a0001c0001t0018 a0001c0001t0022 a0001c0001t0023 a0001c0001t0026 a0001c0001t0027 a0004c0005t0005	a0001c0001t0003g0001 a0001c0001t0003g0017 a0001c0001t0003g0018 others(80): Show a0001c0001t0003g0001 a0001c0001t0003g0017 a0001c0001t0003g0018 a0001c0001t0003g0033 a0001c0001t0003g0116 a0001c0001t0003g0117 a0001c0001t0003g0118 a0001c0001t0003g0141 a0001c0001t0003g0142 a0001c0001t0003g0145 a0001c0001t0003g0146 a0001c0001t0003g0147 a0001c0001t0003g0148 a0001c0001t0003g0149 a0001c0001t0003g0150 a0001c0001t0003g0151 a0001c0001t0003g0152 a0001c0001t0003g0153 a0001c0001t0003g0154 a0001c0001t0003g0155 a0001c0001t0003g0156 a0001c0001t0003g0157 a0001c0001t0003g0158 a0001c0001t0003g0159 a0001c0001t0003g0160 a0001c0001t0003g0161 a0001c0001t0003g0162 a0001c0001t0003g0163 a0001c0001t0003g0164 a0001c0001t0003g0165 a0001c0001t0003g0166 a0001c0001t0003g0167 a0001c0001t0003g0169 a0001c0001t0003g0170 a0001c0001t0003g0172 a0001c0001t0003g0173 a0001c0001t0003g0174 a0001c0001t0003g0175 a0001c0001t0003g0176 a0001c0001t0003g0177 a0001c0001t0003g0178 a0001c0001t0003g0179 a0001c0001t0003g0180 a0001c0001t0003g0267 a0001c0001t0005g0113 a0001c0001t0005g0124 a0001c0001t0005g0125 a0001c0001t0005g0129 a0001c0001t0005g0130 a0001c0001t0005g0131 a0001c0001t0005g0132 a0001c0001t0005g0133 a0001c0001t0005g0136 a0001c0001t0005g0137 a0001c0001t0005g0138 a0001c0001t0005g0139 a0001c0001t0005g0186 a0001c0001t0005g0263 a0001c0001t0005g0274 a0001c0001t0007g0002 a0001c0001t0007g0050 a0001c0001t0007g0053 a0001c0001t0007g0055 a0001c0001t0007g0058 a0001c0001t0007g0085 a0001c0001t0007g0123 a0001c0001t0007g0188 a0001c0001t0007g0269 a0001c0001t0008g0013 a0001c0001t0008g0014 a0001c0001t0008g0065 a0001c0001t0008g0120 a0001c0001t0014g0182 a0001c0001t0014g0183 a0001c0001t0015g0233 a0001c0001t0015g0235 a0001c0001t0018g0019 a0001c0001t0018g0185 a0001c0001t0022g0135 a0001c0001t0023g0134 a0001c0001t0026g0184 a0001c0001t0027g0272 a0004c0005t0005g0128	94	322	0.2919	-1	c.28 others(5): Show c.288delT	ACTR10	ENSG00000131966.14	transcript	ENST00000254286.9	protein_coding	13/13	288	INFO_REALIGN_3_PRIME	chr14	TogoVar
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