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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ACTR3B_chr7_152754752_152860378	152780844	AT AT	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01109.hp1 HG01192.hp1 HG01884.hp2 others(25): Show HG01109.hp1 HG01192.hp1 HG01884.hp2 HG01952.hp2 HG02300.hp2 HG02698.hp2 HG02723.hp2 HG02895.hp1 HG02897.hp2 HG02965.hp1 NA18906.hp1 NA18939.hp2 NA18940.hp1 NA18942.hp1 NA18942.hp2 NA18948.hp2 NA18955.hp2 NA18956.hp1 NA18960.hp2 NA18971.hp2 NA18980.hp2 NA18984.hp2 NA19002.hp2 NA19012.hp2 NA19030.hp2 NA19060.hp2 NA19062.hp1 NA19074.hp1	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0002c0006 a0001c0001 a0002c0006	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0005 others(3): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0005 a0001c0001t0006 a0001c0001t0008 a0002c0006t0001	a0001c0001t0001g0147 a0001c0001t0001g0184 a0001c0001t0001g0186 others(24): Show a0001c0001t0001g0147 a0001c0001t0001g0184 a0001c0001t0001g0186 a0001c0001t0001g0187 a0001c0001t0001g0188 a0001c0001t0001g0190 a0001c0001t0001g0191 a0001c0001t0001g0192 a0001c0001t0001g0193 a0001c0001t0001g0195 a0001c0001t0001g0196 a0001c0001t0001g0197 a0001c0001t0001g0198 a0001c0001t0001g0199 a0001c0001t0001g0296 a0001c0001t0001g0305 a0001c0001t0001g0306 a0001c0001t0002g0002 a0001c0001t0002g0040 a0001c0001t0002g0094 a0001c0001t0002g0179 a0001c0001t0002g0180 a0001c0001t0005g0183 a0001c0001t0006g0185 a0001c0001t0006g0194 a0001c0001t0008g0307 a0002c0006t0001g0189	28	310	0.0903	-1	c.45- others(8): Show c.45-2325delT	ACTR3B	ENSG00000133627.18	transcript	ENST00000256001.13	protein_coding	1/11		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr7	TogoVar
ACTR3B_chr7_152754752_152860378	152781193	GT GT	G G	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01070.hp2 HG01081.hp2 HG01884.hp2 others(6): Show HG01070.hp2 HG01081.hp2 HG01884.hp2 HG01952.hp1 HG02145.hp1 HG02622.hp1 HG02630.hp2 HG03098.hp2 NA19062.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0001 a0001c0001t0002	a0001c0001t0001g0108 a0001c0001t0001g0298 a0001c0001t0001g0299 others(6): Show a0001c0001t0001g0108 a0001c0001t0001g0298 a0001c0001t0001g0299 a0001c0001t0001g0300 a0001c0001t0001g0302 a0001c0001t0001g0304 a0001c0001t0002g0040 a0001c0001t0002g0103 a0001c0001t0002g0179	9	310	0.0290	-1	c.45- others(8): Show c.45-1971delT	ACTR3B	ENSG00000133627.18	transcript	ENST00000256001.13	protein_coding	1/11		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr7	TogoVar
ACTR3B_chr7_152754752_152860378	152783043	GT GT	G G	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp2 HG00423.hp2 HG00544.hp2 others(91): Show HG00099.hp2 HG00423.hp2 HG00544.hp2 HG00558.hp2 HG00597.hp2 HG00609.hp1 HG00642.hp1 HG00735.hp1 HG01070.hp1 HG01071.hp2 HG01109.hp1 HG01109.hp2 HG01167.hp2 HG01169.hp1 HG01192.hp1 HG01243.hp1 HG01257.hp1 HG01258.hp1 HG01891.hp2 HG01952.hp2 HG02027.hp2 HG02055.hp2 HG02074.hp1 HG02132.hp1 HG02257.hp1 HG02257.hp2 HG02258.hp1 HG02300.hp2 HG02451.hp1 HG02486.hp1 HG02572.hp1 HG02630.hp1 HG02630.hp2 HG02717.hp2 HG02723.hp1 HG02723.hp2 HG02809.hp2 HG02886.hp1 HG02886.hp2 HG02895.hp2 HG02896.hp2 HG02897.hp1 HG02970.hp1 HG02970.hp2 HG02976.hp1 HG03017.hp1 HG03098.hp1 HG03130.hp1 HG03130.hp2 HG03225.hp1 HG03225.hp2 HG03239.hp1 HG03486.hp2 HG03490.hp1 HG03491.hp2 HG03492.hp1 HG03516.hp1 HG03516.hp2 HG03540.hp1 HG03927.hp1 HG04199.hp1 HG04228.hp2 HG06807.hp1 NA18522.hp1 NA18939.hp2 NA18940.hp1 NA18948.hp1 NA18948.hp2 NA18950.hp2 NA18951.hp1 NA18971.hp2 NA18978.hp1 NA18980.hp2 NA18981.hp1 NA18983.hp2 NA18984.hp2 NA18990.hp1 NA18991.hp1 NA18994.hp2 NA18995.hp1 NA18999.hp1 NA18999.hp2 NA19002.hp2 NA19005.hp2 NA19007.hp1 NA19043.hp2 NA19054.hp2 NA19056.hp1 NA19067.hp2 NA19077.hp2 NA19079.hp2 NA19080.hp1 NA19087.hp1 NA21309.hp1	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0004 others(1): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0004 a0002c0006	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0005 others(4): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0005 a0001c0001t0006 a0001c0002t0001 a0001c0004t0001 a0002c0006t0001	a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0123 a0001c0001t0001g0129 others(90): Show a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0123 a0001c0001t0001g0129 a0001c0001t0001g0184 a0001c0001t0001g0186 a0001c0001t0001g0188 a0001c0001t0001g0193 a0001c0001t0001g0195 a0001c0001t0001g0196 a0001c0001t0001g0197 a0001c0001t0001g0198 a0001c0001t0001g0202 a0001c0001t0001g0203 a0001c0001t0001g0204 a0001c0001t0001g0205 a0001c0001t0001g0206 a0001c0001t0001g0207 a0001c0001t0001g0210 a0001c0001t0001g0212 a0001c0001t0001g0215 a0001c0001t0001g0216 a0001c0001t0001g0217 a0001c0001t0001g0218 a0001c0001t0001g0219 a0001c0001t0001g0220 a0001c0001t0001g0221 a0001c0001t0001g0222 a0001c0001t0001g0223 a0001c0001t0001g0224 a0001c0001t0001g0230 a0001c0001t0001g0232 a0001c0001t0001g0233 a0001c0001t0001g0235 a0001c0001t0001g0236 a0001c0001t0001g0237 a0001c0001t0001g0238 a0001c0001t0001g0239 a0001c0001t0001g0240 a0001c0001t0001g0242 a0001c0001t0001g0243 a0001c0001t0001g0244 a0001c0001t0001g0245 a0001c0001t0001g0246 a0001c0001t0001g0247 a0001c0001t0001g0248 a0001c0001t0001g0249 a0001c0001t0001g0250 a0001c0001t0001g0251 a0001c0001t0001g0252 a0001c0001t0001g0253 a0001c0001t0001g0254 a0001c0001t0001g0260 a0001c0001t0001g0261 a0001c0001t0001g0262 a0001c0001t0001g0263 a0001c0001t0001g0265 a0001c0001t0001g0266 a0001c0001t0001g0268 a0001c0001t0001g0269 a0001c0001t0001g0270 a0001c0001t0001g0271 a0001c0001t0001g0272 a0001c0001t0001g0273 a0001c0001t0001g0274 a0001c0001t0001g0275 a0001c0001t0001g0276 a0001c0001t0001g0280 a0001c0001t0001g0281 a0001c0001t0001g0283 a0001c0001t0001g0284 a0001c0001t0001g0285 a0001c0001t0001g0288 a0001c0001t0001g0289 a0001c0001t0001g0291 a0001c0001t0001g0292 a0001c0001t0001g0293 a0001c0001t0001g0294 a0001c0001t0001g0295 a0001c0001t0001g0297 a0001c0001t0001g0302 a0001c0001t0002g0080 a0001c0001t0002g0157 a0001c0001t0002g0158 a0001c0001t0002g0163 a0001c0001t0002g0171 a0001c0001t0002g0172 a0001c0001t0005g0183 a0001c0001t0005g0290 a0001c0001t0006g0185 a0001c0001t0006g0194 a0001c0002t0001g0211 a0001c0004t0001g0303 a0002c0006t0001g0189	94	310	0.3032	-1	c.45- others(7): Show c.45-125delT	ACTR3B	ENSG00000133627.18	transcript	ENST00000256001.13	protein_coding	1/11		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr7	TogoVar
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