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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ACVR1_chr2_157731446_157881330	157740184	CA CA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp2 HG00438.hp2 HG00735.hp1 others(88): Show HG00099.hp2 HG00438.hp2 HG00735.hp1 HG01168.hp1 HG01169.hp1 HG01243.hp2 HG01255.hp1 HG01261.hp2 HG01884.hp2 HG01891.hp2 HG01978.hp1 HG01978.hp2 HG02040.hp1 HG02055.hp2 HG02109.hp1 HG02109.hp2 HG02132.hp1 HG02135.hp1 HG02145.hp1 HG02145.hp2 HG02155.hp1 HG02165.hp1 HG02257.hp1 HG02257.hp2 HG02258.hp1 HG02258.hp2 HG02451.hp1 HG02451.hp2 HG02486.hp2 HG02559.hp1 HG02559.hp2 HG02622.hp2 HG02647.hp2 HG02698.hp1 HG02698.hp2 HG02717.hp2 HG02809.hp1 HG02895.hp1 HG02895.hp2 HG02897.hp1 HG02897.hp2 HG02922.hp1 HG02922.hp2 HG02970.hp2 HG02976.hp1 HG03041.hp1 HG03098.hp1 HG03098.hp2 HG03130.hp1 HG03130.hp2 HG03195.hp1 HG03195.hp2 HG03209.hp2 HG03225.hp2 HG03453.hp1 HG03453.hp2 HG03486.hp1 HG03486.hp2 HG03516.hp1 HG03516.hp2 HG03540.hp1 HG03540.hp2 HG03579.hp1 HG03579.hp2 HG03654.hp2 HG03704.hp2 HG03710.hp2 HG03834.hp1 HG03834.hp2 HG03927.hp1 HG04228.hp1 HG04228.hp2 HG06807.hp1 HG06807.hp2 NA18906.hp1 NA18906.hp2 NA18942.hp2 NA18951.hp2 NA18956.hp1 NA18963.hp2 NA18978.hp2 NA18980.hp2 NA18981.hp1 NA19030.hp1 NA19043.hp1 NA19088.hp1 NA19240.hp2 NA20129.hp2 NA20300.hp2 NA20905.hp1 NA21309.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 others(3): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0004 a0001c0005 a0001c0006	a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0001c0001t0014 others(18): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0001c0001t0014 a0001c0002t0001 a0001c0002t0003 a0001c0002t0004 a0001c0002t0005 a0001c0002t0011 a0001c0002t0015 a0001c0003t0001 a0001c0003t0003 a0001c0003t0004 a0001c0003t0005 a0001c0003t0019 a0001c0004t0008 a0001c0004t0009 a0001c0004t0021 a0001c0005t0001 a0001c0005t0003 a0001c0005t0005 a0001c0006t0006	a0001c0001t0001g0020 a0001c0001t0001g0040 a0001c0001t0001g0041 others(88): Show a0001c0001t0001g0020 a0001c0001t0001g0040 a0001c0001t0001g0041 a0001c0001t0001g0042 a0001c0001t0001g0047 a0001c0001t0001g0052 a0001c0001t0001g0054 a0001c0001t0001g0056 a0001c0001t0001g0057 a0001c0001t0001g0079 a0001c0001t0001g0088 a0001c0001t0001g0093 a0001c0001t0001g0106 a0001c0001t0001g0108 a0001c0001t0001g0109 a0001c0001t0001g0115 a0001c0001t0001g0116 a0001c0001t0001g0137 a0001c0001t0004g0164 a0001c0001t0014g0087 a0001c0002t0001g0024 a0001c0002t0001g0025 a0001c0002t0001g0027 a0001c0002t0001g0028 a0001c0002t0001g0031 a0001c0002t0001g0032 a0001c0002t0001g0036 a0001c0002t0001g0058 a0001c0002t0001g0059 a0001c0002t0001g0066 a0001c0002t0001g0089 a0001c0002t0001g0090 a0001c0002t0001g0091 a0001c0002t0001g0099 a0001c0002t0001g0100 a0001c0002t0001g0107 a0001c0002t0001g0134 a0001c0002t0001g0142 a0001c0002t0001g0145 a0001c0002t0001g0149 a0001c0002t0001g0150 a0001c0002t0003g0015 a0001c0002t0003g0017 a0001c0002t0003g0094 a0001c0002t0003g0095 a0001c0002t0003g0130 a0001c0002t0003g0133 a0001c0002t0003g0135 a0001c0002t0003g0155 a0001c0002t0003g0156 a0001c0002t0003g0158 a0001c0002t0003g0159 a0001c0002t0004g0169 a0001c0002t0004g0170 a0001c0002t0004g0172 a0001c0002t0004g0173 a0001c0002t0005g0001 a0001c0002t0005g0002 a0001c0002t0005g0006 a0001c0002t0011g0009 a0001c0002t0011g0010 a0001c0002t0015g0096 a0001c0003t0001g0014 a0001c0003t0001g0019 a0001c0003t0001g0021 a0001c0003t0001g0023 a0001c0003t0001g0071 a0001c0003t0001g0104 a0001c0003t0001g0136 a0001c0003t0001g0139 a0001c0003t0003g0144 a0001c0003t0004g0167 a0001c0003t0005g0007 a0001c0003t0019g0143 a0001c0004t0008g0030 a0001c0004t0008g0110 a0001c0004t0008g0111 a0001c0004t0009g0083 a0001c0004t0009g0161 a0001c0004t0009g0162 a0001c0004t0021g0171 a0001c0005t0001g0064 a0001c0005t0001g0157 a0001c0005t0003g0138 a0001c0005t0005g0004 a0001c0006t0006g0022 a0001c0006t0006g0102 a0001c0006t0006g0103 a0001c0006t0006g0121 a0001c0006t0006g0140 a0001c0006t0006g0160	91	174	0.5230	-1	c.126 others(10): Show c.1265-1615delT	ACVR1	ENSG00000115170.16	transcript	ENST00000434821.7	protein_coding	9/10			chr2	TogoVar
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ACVR1_chr2_157731446_157881330	157745294	AC AC	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02257.hp2 HG02258.hp2 HG02451.hp2 others(2): Show HG02257.hp2 HG02258.hp2 HG02451.hp2 HG03453.hp2 HG06807.hp1	a0001 a0001	a0001c0002 a0001c0002	a0001c0002t0003 a0001c0002t0011 a0001c0002t0003 a0001c0002t0011	a0001c0002t0003g0133 a0001c0002t0003g0135 a0001c0002t0003g0155 others(2): Show a0001c0002t0003g0133 a0001c0002t0003g0135 a0001c0002t0003g0155 a0001c0002t0003g0158 a0001c0002t0011g0010	5	174	0.0287	-1	c.126 others(10): Show c.1265-6725delG	ACVR1	ENSG00000115170.16	transcript	ENST00000434821.7	protein_coding	9/10			chr2	TogoVar
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ACVR1_chr2_157731446_157881330	157750897	TA TA	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02109.hp1 HG03098.hp2 HG03195.hp1 others(3): Show HG02109.hp1 HG03098.hp2 HG03195.hp1 HG06807.hp2 NA19240.hp2 NA20129.hp2	a0001 a0001	a0001c0006 a0001c0006	a0001c0006t0006 a0001c0006t0006	a0001c0006t0006g0022 a0001c0006t0006g0102 a0001c0006t0006g0103 others(3): Show a0001c0006t0006g0022 a0001c0006t0006g0102 a0001c0006t0006g0103 a0001c0006t0006g0121 a0001c0006t0006g0140 a0001c0006t0006g0160	6	174	0.0345	-1	c.126 others(10): Show c.1264+9982delT	ACVR1	ENSG00000115170.16	transcript	ENST00000434821.7	protein_coding	9/10			chr2	TogoVar
ACVR1_chr2_157731446_157881330	157754819	CA CA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	NA19240.hp1 NA21309.hp1 NA19240.hp1 NA21309.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0001	a0001c0001t0001g0082 a0001c0001t0001g0131 a0001c0001t0001g0082 a0001c0001t0001g0131	2	174	0.0115	-1	c.126 others(10): Show c.1264+6060delT	ACVR1	ENSG00000115170.16	transcript	ENST00000434821.7	protein_coding	9/10			chr2	TogoVar
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