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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ACYP2_chr2_53966113_54310300	53971810	AG AG	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02109.hp2 HG02145.hp1 HG02809.hp2 others(2): Show HG02109.hp2 HG02145.hp1 HG02809.hp2 HG02976.hp1 NA20129.hp2	a0001 a0003 a0001 a0003	a0001c0002 a0003c0004 a0001c0002 a0003c0004	a0001c0002t0006 a0003c0004t0007 a0001c0002t0006 a0003c0004t0007	a0001c0002t0006g0002 a0001c0002t0006g0005 a0001c0002t0006g0006 others(2): Show a0001c0002t0006g0002 a0001c0002t0006g0005 a0001c0002t0006g0006 a0003c0004t0007g0003 a0003c0004t0007g0004	5	272	0.0184	-1	c.-37 others(8): Show c.-37+491delG	ACYP2	ENSG00000170634.13	transcript	ENST00000607452.6	protein_coding	1/6	INFO_REALIGN_3_PRIME	chr2	TogoVar
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ACYP2_chr2_53966113_54310300	53973907	AT AT	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00408.hp2 HG00738.hp2 others(46): Show HG00099.hp1 HG00408.hp2 HG00738.hp2 HG01074.hp1 HG01081.hp1 HG01099.hp1 HG01175.hp1 HG01257.hp1 HG01346.hp2 HG01358.hp2 HG01516.hp2 HG01891.hp1 HG02040.hp1 HG02145.hp1 HG02451.hp1 HG02451.hp2 HG02486.hp2 HG02559.hp2 HG02572.hp1 HG02615.hp1 HG02630.hp1 HG02683.hp1 HG02717.hp2 HG02818.hp2 HG02886.hp1 HG02895.hp1 HG02965.hp1 HG02965.hp2 HG02970.hp2 HG02976.hp1 HG03130.hp2 HG03195.hp1 HG03471.hp1 HG03471.hp2 HG03486.hp1 HG03540.hp1 HG03704.hp1 HG06807.hp1 NA18951.hp2 NA18973.hp2 NA19000.hp2 NA19009.hp1 NA19030.hp1 NA19043.hp1 NA19065.hp1 NA19090.hp2 NA20300.hp1 NA20805.hp1 NA20805.hp2	a0001 a0003 a0001 a0003	a0001c0001 a0001c0002 a0003c0004 a0001c0001 a0001c0002 a0003c0004	a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0001c0002t0001 others(7): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0001c0002t0001 a0001c0002t0002 a0001c0002t0003 a0001c0002t0006 a0001c0002t0009 a0001c0002t0014 a0001c0002t0015 a0003c0004t0007	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0115 a0001c0001t0001g0132 others(46): Show a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0115 a0001c0001t0001g0132 a0001c0001t0001g0133 a0001c0001t0001g0135 a0001c0001t0001g0136 a0001c0001t0001g0148 a0001c0001t0001g0173 a0001c0001t0001g0174 a0001c0001t0001g0197 a0001c0001t0001g0199 a0001c0001t0001g0253 a0001c0001t0001g0257 a0001c0001t0001g0268 a0001c0001t0004g0114 a0001c0001t0004g0140 a0001c0001t0004g0141 a0001c0001t0004g0198 a0001c0001t0004g0225 a0001c0002t0001g0123 a0001c0002t0002g0104 a0001c0002t0002g0107 a0001c0002t0002g0108 a0001c0002t0003g0064 a0001c0002t0003g0071 a0001c0002t0003g0072 a0001c0002t0003g0073 a0001c0002t0003g0074 a0001c0002t0003g0075 a0001c0002t0003g0076 a0001c0002t0003g0077 a0001c0002t0003g0078 a0001c0002t0003g0079 a0001c0002t0003g0080 a0001c0002t0003g0081 a0001c0002t0003g0082 a0001c0002t0003g0083 a0001c0002t0003g0085 a0001c0002t0003g0096 a0001c0002t0003g0101 a0001c0002t0003g0109 a0001c0002t0003g0110 a0001c0002t0003g0111 a0001c0002t0006g0005 a0001c0002t0009g0084 a0001c0002t0009g0086 a0001c0002t0014g0063 a0001c0002t0015g0097 a0003c0004t0007g0004	49	272	0.1802	-1	c.62+ others(7): Show c.62+120delT	ACYP2	ENSG00000170634.13	transcript	ENST00000607452.6	protein_coding	2/6	INFO_REALIGN_3_PRIME	chr2	TogoVar
ACYP2_chr2_53966113_54310300	53978261	CA CA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00423.hp1 HG00558.hp2 HG01168.hp2 others(3): Show HG00423.hp1 HG00558.hp2 HG01168.hp2 HG02809.hp1 HG02896.hp2 NA19077.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0001c0001t0011 others(2): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0001c0001t0011 a0001c0002t0003 a0001c0002t0005	a0001c0001t0001g0255 a0001c0001t0001g0259 a0001c0001t0004g0195 others(3): Show a0001c0001t0001g0255 a0001c0001t0001g0259 a0001c0001t0004g0195 a0001c0001t0011g0126 a0001c0002t0003g0070 a0001c0002t0005g0017	6	272	0.0221	-1	c.62+ others(8): Show c.62+4468delA	ACYP2	ENSG00000170634.13	transcript	ENST00000607452.6	protein_coding	2/6	INFO_REALIGN_3_PRIME	chr2	TogoVar
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