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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ADAM10_chr15_58583809_58754707	58586735	CA CA	C C	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG01069.hp2 HG01243.hp2 HG01515.hp1 others(19): Show HG01069.hp2 HG01243.hp2 HG01515.hp1 HG01891.hp1 HG02055.hp2 HG02155.hp1 HG02683.hp1 HG03130.hp1 HG03195.hp1 HG03225.hp1 HG03471.hp2 HG03516.hp2 HG03540.hp2 HG06807.hp2 NA18957.hp1 NA18964.hp1 NA18984.hp1 NA19030.hp2 NA19074.hp1 NA19240.hp1 NA20129.hp2 NA20805.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0005 a0001c0001 a0001c0005	a0001c0001t0013 a0001c0001t0014 a0001c0001t0015 others(15): Show a0001c0001t0013 a0001c0001t0014 a0001c0001t0015 a0001c0001t0019 a0001c0001t0021 a0001c0001t0027 a0001c0001t0028 a0001c0001t0031 a0001c0001t0033 a0001c0001t0040 a0001c0001t0049 a0001c0001t0052 a0001c0001t0053 a0001c0001t0057 a0001c0001t0074 a0001c0001t0096 a0001c0001t0098 a0001c0005t0004	a0001c0001t0013g0312 a0001c0001t0014g0276 a0001c0001t0014g0278 others(19): Show a0001c0001t0013g0312 a0001c0001t0014g0276 a0001c0001t0014g0278 a0001c0001t0015g0334 a0001c0001t0019g0319 a0001c0001t0021g0329 a0001c0001t0027g0299 a0001c0001t0027g0302 a0001c0001t0028g0185 a0001c0001t0028g0186 a0001c0001t0031g0279 a0001c0001t0031g0280 a0001c0001t0033g0039 a0001c0001t0040g0332 a0001c0001t0049g0190 a0001c0001t0052g0001 a0001c0001t0053g0286 a0001c0001t0057g0297 a0001c0001t0074g0196 a0001c0001t0096g0277 a0001c0001t0098g0003 a0001c0005t0004g0252	22	342	0.0643	-1	c.10 others(7): Show c.10811delT	ADAM10	ENSG00000137845.15	transcript	ENST00000260408.8	protein_coding		2073	chr15	TogoVar
ADAM10_chr15_58583809_58754707	58588125	CA CA	C C	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00438.hp1 HG00438.hp2 HG00735.hp1 others(37): Show HG00438.hp1 HG00438.hp2 HG00735.hp1 HG00735.hp2 HG01069.hp1 HG01070.hp2 HG01071.hp1 HG01346.hp2 HG01515.hp1 HG01928.hp1 HG01981.hp2 HG01993.hp2 HG02080.hp1 HG02135.hp2 HG02148.hp2 HG02965.hp1 HG02976.hp2 HG03471.hp1 HG03704.hp2 HG03831.hp1 HG04184.hp2 HG06807.hp1 HG06807.hp2 NA18942.hp1 NA18943.hp2 NA18944.hp1 NA18949.hp2 NA18950.hp1 NA18955.hp2 NA18960.hp1 NA18962.hp2 NA18965.hp2 NA18971.hp2 NA18995.hp1 NA19007.hp1 NA19030.hp2 NA19060.hp1 NA19077.hp1 NA19081.hp1 NA19088.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0007 a0001c0001t0009 others(7): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0007 a0001c0001t0009 a0001c0001t0010 a0001c0001t0011 a0001c0001t0024 a0001c0001t0028 a0001c0001t0049 a0001c0001t0060 a0001c0001t0101	a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0056 a0001c0001t0001g0057 others(37): Show a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0056 a0001c0001t0001g0057 a0001c0001t0001g0058 a0001c0001t0001g0060 a0001c0001t0001g0062 a0001c0001t0001g0064 a0001c0001t0001g0066 a0001c0001t0001g0068 a0001c0001t0001g0069 a0001c0001t0001g0071 a0001c0001t0001g0072 a0001c0001t0001g0078 a0001c0001t0001g0079 a0001c0001t0001g0108 a0001c0001t0001g0109 a0001c0001t0001g0123 a0001c0001t0001g0124 a0001c0001t0001g0135 a0001c0001t0001g0136 a0001c0001t0001g0154 a0001c0001t0001g0166 a0001c0001t0001g0171 a0001c0001t0001g0178 a0001c0001t0001g0179 a0001c0001t0001g0263 a0001c0001t0001g0282 a0001c0001t0001g0288 a0001c0001t0001g0340 a0001c0001t0007g0317 a0001c0001t0009g0243 a0001c0001t0010g0059 a0001c0001t0010g0137 a0001c0001t0011g0226 a0001c0001t0024g0152 a0001c0001t0028g0185 a0001c0001t0028g0186 a0001c0001t0049g0190 a0001c0001t0060g0290 a0001c0001t0101g0131	40	342	0.1170	-1	c.94 others(6): Show c.9421delT	ADAM10	ENSG00000137845.15	transcript	ENST00000260408.8	protein_coding		683	chr15	TogoVar
ADAM10_chr15_58583809_58754707	58596099	GA GA	G G	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG00323.hp2 HG00423.hp2 HG00544.hp1 others(153): Show HG00323.hp2 HG00423.hp2 HG00544.hp1 HG00558.hp2 HG00609.hp1 HG01081.hp2 HG01106.hp2 HG01167.hp2 HG01169.hp2 HG01175.hp1 HG01243.hp2 HG01257.hp1 HG01257.hp2 HG01258.hp1 HG01516.hp2 HG01517.hp2 HG01884.hp1 HG01891.hp1 HG01943.hp1 HG01952.hp2 HG01981.hp1 HG01993.hp1 HG02004.hp1 HG02027.hp1 HG02055.hp1 HG02055.hp2 HG02071.hp2 HG02074.hp2 HG02083.hp2 HG02135.hp1 HG02148.hp1 HG02155.hp1 HG02258.hp1 HG02451.hp1 HG02451.hp2 HG02523.hp1 HG02559.hp1 HG02572.hp1 HG02572.hp2 HG02615.hp2 HG02630.hp2 HG02647.hp1 HG02683.hp2 HG02698.hp1 HG02717.hp1 HG02723.hp1 HG02809.hp2 HG02818.hp2 HG02886.hp2 HG02896.hp1 HG02896.hp2 HG02965.hp2 HG02970.hp1 HG02970.hp2 HG03017.hp1 HG03041.hp1 HG03098.hp1 HG03098.hp2 HG03130.hp1 HG03139.hp1 HG03139.hp2 HG03195.hp1 HG03225.hp1 HG03225.hp2 HG03239.hp2 HG03453.hp1 HG03453.hp2 HG03471.hp1 HG03471.hp2 HG03540.hp1 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