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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ADAM22_chr7_87929251_88207889	87999987	TA TA	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00423.hp1 HG03209.hp1 NA18980.hp2 others(3): Show HG00423.hp1 HG03209.hp1 NA18980.hp2 NA18994.hp2 NA18998.hp1 NA19060.hp1	a0004 a0005 a0006 a0004 a0005 a0006	a0004c0004 a0005c0005 a0006c0006 a0004c0004 a0005c0005 a0006c0006	a0004c0004t0001 a0004c0004t0002 a0005c0005t0001 others(3): Show a0004c0004t0001 a0004c0004t0002 a0005c0005t0001 a0005c0005t0004 a0005c0005t0028 a0006c0006t0001	a0004c0004t0001g0074 a0004c0004t0002g0071 a0005c0005t0001g0111 others(3): Show a0004c0004t0001g0074 a0004c0004t0002g0071 a0005c0005t0001g0111 a0005c0005t0004g0103 a0005c0005t0028g0052 a0006c0006t0001g0075	6	230	0.0261	-1	c.323 others(10): Show c.323+21592delA	ADAM22	ENSG00000008277.15	transcript	ENST00000413139.2	protein_coding	3/31		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr7	TogoVar
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