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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ADAM23_chr2_206438532_206626127	206513378	AT AT	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00280.hp2 HG00544.hp2 HG00642.hp1 others(63): Show HG00280.hp2 HG00544.hp2 HG00642.hp1 HG00673.hp1 HG00733.hp1 HG00741.hp1 HG01070.hp2 HG01071.hp2 HG01175.hp2 HG01192.hp1 HG01243.hp1 HG01255.hp1 HG01257.hp1 HG01361.hp2 HG01433.hp1 HG01496.hp1 HG01952.hp2 HG01981.hp2 HG02040.hp2 HG02055.hp2 HG02056.hp1 HG02071.hp2 HG02132.hp2 HG02145.hp2 HG02165.hp1 HG02630.hp1 HG02683.hp1 HG02698.hp1 HG02717.hp2 HG02735.hp2 HG02895.hp2 HG02970.hp1 HG02976.hp1 HG03453.hp2 HG03516.hp1 HG03704.hp2 HG04204.hp1 HG04228.hp1 NA18522.hp1 NA18943.hp2 NA18946.hp2 NA18957.hp1 NA18961.hp1 NA18972.hp1 NA18973.hp1 NA18975.hp2 NA18984.hp2 NA18987.hp2 NA18990.hp1 NA18993.hp1 NA18994.hp1 NA18995.hp2 NA19005.hp1 NA19011.hp1 NA19058.hp2 NA19060.hp1 NA19062.hp2 NA19066.hp1 NA19068.hp1 NA19072.hp2 NA19074.hp2 NA19079.hp1 NA19082.hp1 NA19085.hp2 NA19088.hp1 NA19091.hp2	a0001 a0002 a0003 others(1): Show a0001 a0002 a0003 a0004	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0007 others(3): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0007 a0002c0003 a0003c0004 a0004c0006	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0009 others(10): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0009 a0001c0001t0012 a0001c0001t0013 a0001c0001t0017 a0001c0001t0032 a0001c0001t0040 a0001c0002t0002 a0001c0007t0001 a0002c0003t0001 a0003c0004t0013 a0004c0006t0001	a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0013 others(61): Show a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0013 a0001c0001t0001g0015 a0001c0001t0001g0016 a0001c0001t0001g0017 a0001c0001t0001g0021 a0001c0001t0001g0027 a0001c0001t0001g0041 a0001c0001t0001g0042 a0001c0001t0001g0043 a0001c0001t0001g0045 a0001c0001t0001g0046 a0001c0001t0001g0048 a0001c0001t0001g0050 a0001c0001t0001g0051 a0001c0001t0001g0052 a0001c0001t0001g0055 a0001c0001t0001g0058 a0001c0001t0001g0059 a0001c0001t0001g0060 a0001c0001t0001g0061 a0001c0001t0001g0063 a0001c0001t0001g0064 a0001c0001t0001g0065 a0001c0001t0001g0068 a0001c0001t0001g0070 a0001c0001t0001g0071 a0001c0001t0001g0073 a0001c0001t0001g0080 a0001c0001t0001g0081 a0001c0001t0001g0082 a0001c0001t0001g0083 a0001c0001t0001g0084 a0001c0001t0001g0085 a0001c0001t0001g0086 a0001c0001t0001g0087 a0001c0001t0001g0089 a0001c0001t0001g0090 a0001c0001t0001g0091 a0001c0001t0001g0185 a0001c0001t0001g0264 a0001c0001t0001g0265 a0001c0001t0002g0014 a0001c0001t0002g0035 a0001c0001t0009g0018 a0001c0001t0009g0049 a0001c0001t0009g0057 a0001c0001t0009g0067 a0001c0001t0012g0304 a0001c0001t0012g0305 a0001c0001t0012g0306 a0001c0001t0013g0030 a0001c0001t0013g0034 a0001c0001t0017g0038 a0001c0001t0017g0039 a0001c0001t0032g0056 a0001c0001t0040g0040 a0001c0002t0002g0053 a0001c0002t0002g0054 a0001c0007t0001g0072 a0002c0003t0001g0062 a0003c0004t0013g0031 a0004c0006t0001g0044	66	358	0.1844	-1	c.510 others(10): Show c.510-17506delT	ADAM23	ENSG00000114948.13	transcript	ENST00000264377.8	protein_coding	3/25			chr2	TogoVar
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ADAM23_chr2_206438532_206626127	206522804	AT AT	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01099.hp2 HG02280.hp1 HG02896.hp2 others(4): Show HG01099.hp2 HG02280.hp1 HG02896.hp2 HG02970.hp2 HG03453.hp1 NA18959.hp2 NA19056.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 a0001c0001t0028 others(1): Show a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 a0001c0001t0028 a0001c0002t0002	a0001c0001t0002g0123 a0001c0001t0002g0124 a0001c0001t0002g0125 others(4): Show a0001c0001t0002g0123 a0001c0001t0002g0124 a0001c0001t0002g0125 a0001c0001t0002g0220 a0001c0001t0004g0177 a0001c0001t0028g0297 a0001c0002t0002g0077	7	358	0.0196	-1	c.510 others(9): Show c.510-8068delT	ADAM23	ENSG00000114948.13	transcript	ENST00000264377.8	protein_coding	3/25		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr2	TogoVar
ADAM23_chr2_206438532_206626127	206523304	AC AC	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00140.hp2 others(283): Show HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00140.hp2 HG00280.hp1 HG00280.hp2 HG00323.hp1 HG00323.hp2 HG00438.hp1 HG00544.hp1 HG00544.hp2 HG00558.hp1 HG00558.hp2 HG00609.hp2 HG00642.hp1 HG00642.hp2 HG00673.hp1 HG00673.hp2 HG00733.hp1 HG00733.hp2 HG00738.hp1 HG00738.hp2 HG00741.hp1 HG01069.hp1 HG01070.hp1 HG01070.hp2 HG01071.hp1 HG01071.hp2 HG01074.hp1 HG01074.hp2 HG01081.hp1 HG01081.hp2 HG01099.hp1 HG01106.hp1 HG01123.hp1 HG01123.hp2 HG01167.hp1 HG01167.hp2 HG01169.hp1 HG01169.hp2 HG01175.hp2 HG01192.hp1 HG01243.hp1 HG01243.hp2 HG01255.hp1 HG01256.hp1 HG01256.hp2 HG01257.hp1 HG01257.hp2 HG01261.hp1 HG01261.hp2 HG01346.hp1 HG01346.hp2 HG01358.hp1 HG01361.hp1 HG01361.hp2 HG01433.hp1 HG01433.hp2 HG01496.hp1 HG01496.hp2 HG01515.hp1 HG01515.hp2 HG01517.hp1 HG01517.hp2 HG01884.hp1 HG01884.hp2 HG01943.hp2 HG01952.hp1 HG01952.hp2 HG01975.hp1 HG01981.hp1 HG01981.hp2 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