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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ADAM29_chr4_174913358_174983180	174940567	CT CT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01884.hp2 HG02258.hp1 HG02451.hp2 others(8): Show HG01884.hp2 HG02258.hp1 HG02451.hp2 HG02486.hp2 HG02886.hp2 HG02976.hp2 HG03098.hp2 HG03209.hp1 HG03225.hp2 NA20300.hp2 NA21309.hp2	a0001 a0002 a0004 a0001 a0002 a0004	a0001c0001 a0001c0006 a0002c0002 others(1): Show a0001c0001 a0001c0006 a0002c0002 a0004c0004	a0001c0001t0002 a0001c0006t0002 a0002c0002t0002 others(2): Show a0001c0001t0002 a0001c0006t0002 a0002c0002t0002 a0004c0004t0006 a0004c0004t0010	a0001c0001t0002g0003 a0001c0001t0002g0136 a0001c0006t0002g0032 others(5): Show a0001c0001t0002g0003 a0001c0001t0002g0136 a0001c0006t0002g0032 a0001c0006t0002g0033 a0002c0002t0002g0029 a0002c0002t0002g0030 a0004c0004t0006g0050 a0004c0004t0010g0179	11	330	0.0333	-1	c.-18 others(10): Show c.-181+3561delT	ADAM29	ENSG00000168594.15	transcript	ENST00000359240.7	protein_coding	4/4		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr4	TogoVar
ADAM29_chr4_174913358_174983180	174943816	GA GA	G G	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00408.hp2 HG00423.hp2 HG00438.hp2 others(125): Show HG00408.hp2 HG00423.hp2 HG00438.hp2 HG00544.hp1 HG00558.hp1 HG00621.hp2 HG00639.hp1 HG00673.hp1 HG00735.hp1 HG00738.hp2 HG00741.hp1 HG01070.hp2 HG01074.hp2 HG01109.hp1 HG01123.hp1 HG01243.hp2 HG01346.hp1 HG01361.hp2 HG01433.hp1 HG01496.hp2 HG01884.hp2 HG01928.hp2 HG01934.hp2 HG01952.hp2 HG01978.hp2 HG01981.hp2 HG01993.hp1 HG02015.hp2 HG02040.hp1 HG02040.hp2 HG02056.hp1 HG02071.hp2 HG02074.hp1 HG02109.hp1 HG02129.hp1 HG02135.hp1 HG02155.hp1 HG02258.hp1 HG02258.hp2 HG02451.hp2 HG02486.hp1 HG02486.hp2 HG02559.hp1 HG02559.hp2 HG02602.hp1 HG02602.hp2 HG02615.hp1 HG02647.hp1 HG02647.hp2 HG02683.hp1 HG02698.hp1 HG02717.hp1 HG02723.hp2 HG02809.hp2 HG02818.hp1 HG02886.hp2 HG02895.hp2 HG02922.hp1 HG02976.hp1 HG02976.hp2 HG03017.hp1 HG03017.hp2 HG03041.hp2 HG03098.hp1 HG03098.hp2 HG03130.hp2 HG03139.hp1 HG03139.hp2 HG03195.hp1 HG03209.hp1 HG03225.hp2 HG03239.hp1 HG03453.hp2 HG03490.hp1 HG03492.hp1 HG03516.hp1 HG03540.hp1 HG03540.hp2 HG03654.hp1 HG03704.hp1 HG03710.hp2 HG03831.hp1 HG03831.hp2 HG03834.hp1 HG03927.hp2 HG04199.hp2 HG04204.hp1 HG06807.hp2 NA18522.hp1 NA18612.hp1 NA18906.hp1 NA18906.hp2 NA18942.hp2 NA18944.hp2 NA18945.hp2 NA18946.hp2 NA18949.hp1 NA18949.hp2 NA18950.hp1 NA18957.hp2 NA18971.hp2 NA18973.hp2 NA18981.hp1 NA18981.hp2 NA18982.hp1 NA18984.hp2 NA18986.hp2 NA18989.hp2 NA18992.hp1 NA18994.hp2 NA19005.hp2 NA19011.hp2 NA19030.hp1 NA19060.hp1 NA19065.hp2 NA19068.hp1 NA19074.hp2 NA19080.hp1 NA19080.hp2 NA19082.hp1 NA19083.hp2 NA19091.hp2 NA19240.hp1 NA20129.hp2 NA20300.hp1 NA20300.hp2 NA20752.hp1 NA21309.hp2	a0001 a0002 a0003 others(3): Show a0001 a0002 a0003 a0004 a0009 a0010	a0001c0001 a0001c0006 a0001c0009 others(6): Show a0001c0001 a0001c0006 a0001c0009 a0001c0016 a0002c0002 a0003c0003 a0004c0004 a0009c0017 a0010c0011	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 others(16): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0006t0002 a0001c0009t0011 a0001c0009t0013 a0001c0016t0002 a0002c0002t0002 a0002c0002t0004 a0003c0003t0001 a0003c0003t0002 a0004c0004t0002 a0004c0004t0004 a0004c0004t0006 a0004c0004t0009 a0004c0004t0010 a0009c0017t0002 a0010c0011t0002	a0001c0001t0001g0121 a0001c0001t0002g0001 a0001c0001t0002g0003 others(100): Show a0001c0001t0001g0121 a0001c0001t0002g0001 a0001c0001t0002g0003 a0001c0001t0002g0007 a0001c0001t0002g0023 a0001c0001t0002g0024 a0001c0001t0002g0028 a0001c0001t0002g0036 a0001c0001t0002g0038 a0001c0001t0002g0116 a0001c0001t0002g0136 a0001c0001t0002g0154 a0001c0001t0002g0238 a0001c0001t0002g0243 a0001c0001t0002g0244 a0001c0001t0002g0245 a0001c0001t0002g0246 a0001c0001t0002g0247 a0001c0001t0002g0249 a0001c0001t0002g0251 a0001c0001t0002g0252 a0001c0001t0002g0253 a0001c0001t0002g0255 a0001c0001t0002g0256 a0001c0001t0002g0258 a0001c0001t0002g0260 a0001c0001t0002g0264 a0001c0001t0002g0270 a0001c0001t0002g0277 a0001c0001t0002g0280 a0001c0001t0002g0283 a0001c0001t0002g0284 a0001c0001t0002g0285 a0001c0001t0004g0011 a0001c0001t0004g0076 a0001c0001t0004g0079 a0001c0001t0004g0085 a0001c0001t0004g0088 a0001c0001t0004g0090 a0001c0001t0004g0091 a0001c0001t0004g0092 a0001c0001t0004g0094 a0001c0001t0005g0109 a0001c0001t0005g0181 a0001c0001t0005g0278 a0001c0001t0005g0279 a0001c0006t0002g0032 a0001c0006t0002g0033 a0001c0009t0011g0095 a0001c0009t0013g0039 a0001c0016t0002g0037 a0002c0002t0002g0029 a0002c0002t0002g0030 a0002c0002t0002g0237 a0002c0002t0002g0254 a0002c0002t0002g0262 a0002c0002t0002g0266 a0002c0002t0004g0002 a0002c0002t0004g0075 a0002c0002t0004g0077 a0002c0002t0004g0080 a0002c0002t0004g0081 a0002c0002t0004g0083 a0002c0002t0004g0084 a0002c0002t0004g0086 a0002c0002t0004g0089 a0002c0002t0004g0093 a0002c0002t0004g0096 a0003c0003t0001g0120 a0003c0003t0002g0001 a0003c0003t0002g0004 a0003c0003t0002g0023 a0003c0003t0002g0119 a0003c0003t0002g0167 a0003c0003t0002g0236 a0003c0003t0002g0239 a0003c0003t0002g0248 a0003c0003t0002g0250 a0003c0003t0002g0257 a0003c0003t0002g0261 a0003c0003t0002g0263 a0003c0003t0002g0265 a0003c0003t0002g0281 a0004c0004t0002g0025 a0004c0004t0002g0026 a0004c0004t0002g0027 a0004c0004t0002g0178 a0004c0004t0002g0242 a0004c0004t0002g0267 a0004c0004t0002g0268 a0004c0004t0002g0269 a0004c0004t0002g0272 a0004c0004t0002g0273 a0004c0004t0002g0274 a0004c0004t0002g0275 a0004c0004t0002g0276 a0004c0004t0004g0074 a0004c0004t0006g0050 a0004c0004t0009g0240 a0004c0004t0009g0241 a0004c0004t0010g0179 a0009c0017t0002g0282 a0010c0011t0002g0259	128	330	0.3879	-1	c.-18 others(10): Show c.-181+6815delA	ADAM29	ENSG00000168594.15	transcript	ENST00000359240.7	protein_coding	4/4		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr4	TogoVar
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