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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ADAMTS3_chr4_72275969_72574221	72363776	GA GA	G G	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01243.hp1 HG02258.hp2 HG02451.hp1 others(8): Show HG01243.hp1 HG02258.hp2 HG02451.hp1 HG02486.hp1 HG02809.hp1 HG02970.hp2 HG03139.hp2 HG03453.hp1 HG03471.hp1 NA19240.hp1 NA20300.hp1	a0001 a0002 a0005 a0001 a0002 a0005	a0001c0001 a0002c0002 a0002c0020 others(1): Show a0001c0001 a0002c0002 a0002c0020 a0005c0018	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0005 others(4): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0005 a0001c0001t0019 a0002c0002t0001 a0002c0020t0009 a0005c0018t0018	a0001c0001t0001g0091 a0001c0001t0002g0019 a0001c0001t0002g0020 others(8): Show a0001c0001t0001g0091 a0001c0001t0002g0019 a0001c0001t0002g0020 a0001c0001t0002g0027 a0001c0001t0002g0030 a0001c0001t0005g0010 a0001c0001t0005g0011 a0001c0001t0019g0033 a0002c0002t0001g0087 a0002c0020t0009g0129 a0005c0018t0018g0031	11	182	0.0604	-1	c.662 others(10): Show c.662-24084delT	ADAMTS3	ENSG00000156140.11	transcript	ENST00000286657.10	protein_coding	4/21	chr4	TogoVar
ADAMTS3_chr4_72275969_72574221	72364612	TA TA	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01109.hp2 HG01243.hp1 HG02055.hp1 others(10): Show HG01109.hp2 HG01243.hp1 HG02055.hp1 HG02451.hp1 HG02559.hp1 HG02622.hp2 HG02630.hp2 HG02647.hp2 HG02970.hp2 HG03130.hp1 HG03139.hp1 HG03471.hp1 HG03471.hp2	a0001 a0002 a0007 a0001 a0002 a0007	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0004 others(3): Show a0001c0001 a0001c0003 a0001c0004 a0001c0012 a0002c0009 a0007c0013	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0019 others(7): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0019 a0001c0003t0003 a0001c0003t0004 a0001c0003t0015 a0001c0004t0008 a0001c0012t0001 a0002c0009t0001 a0007c0013t0001	a0001c0001t0001g0091 a0001c0001t0002g0027 a0001c0001t0002g0030 others(10): Show a0001c0001t0001g0091 a0001c0001t0002g0027 a0001c0001t0002g0030 a0001c0001t0019g0033 a0001c0003t0003g0022 a0001c0003t0004g0159 a0001c0003t0015g0006 a0001c0004t0008g0017 a0001c0004t0008g0018 a0001c0012t0001g0080 a0002c0009t0001g0084 a0002c0009t0001g0085 a0007c0013t0001g0088	13	182	0.0714	-1	c.662 others(10): Show c.662-24920delT	ADAMTS3	ENSG00000156140.11	transcript	ENST00000286657.10	protein_coding	4/21	chr4	TogoVar
ADAMTS3_chr4_72275969_72574221	72367849	CA CA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00408.hp2 HG00609.hp1 HG00639.hp1 others(114): Show HG00408.hp2 HG00609.hp1 HG00639.hp1 HG00639.hp2 HG00741.hp1 HG00741.hp2 HG01071.hp1 HG01081.hp1 HG01106.hp1 HG01106.hp2 HG01109.hp2 HG01167.hp2 HG01175.hp1 HG01243.hp2 HG01255.hp1 HG01258.hp1 HG01258.hp2 HG01433.hp2 HG01496.hp1 HG01884.hp1 HG01884.hp2 HG01891.hp1 HG01891.hp2 HG01928.hp1 HG02004.hp1 HG02004.hp2 HG02027.hp1 HG02055.hp1 HG02055.hp2 HG02071.hp1 HG02074.hp1 HG02074.hp2 HG02080.hp1 HG02257.hp2 HG02258.hp1 HG02258.hp2 HG02280.hp1 HG02280.hp2 HG02451.hp2 HG02486.hp2 HG02523.hp2 HG02559.hp1 HG02559.hp2 HG02572.hp1 HG02572.hp2 HG02602.hp2 HG02615.hp1 HG02615.hp2 HG02622.hp1 HG02630.hp1 HG02630.hp2 HG02647.hp1 HG02647.hp2 HG02723.hp1 HG02809.hp2 HG02886.hp1 HG02886.hp2 HG02965.hp1 HG02965.hp2 HG02970.hp1 HG02976.hp1 HG02976.hp2 HG03041.hp1 HG03130.hp1 HG03130.hp2 HG03139.hp1 HG03139.hp2 HG03453.hp2 HG03471.hp2 HG03490.hp2 HG03516.hp1 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