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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ADAMTS6_chr5_65143738_65486920	65189103	AC AC	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01168.hp2 HG01169.hp1 HG01256.hp2 others(1): Show HG01168.hp2 HG01169.hp1 HG01256.hp2 HG01516.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0001 a0001c0001t0003	a0001c0001t0001g0139 a0001c0001t0001g0141 a0001c0001t0001g0142 others(1): Show a0001c0001t0001g0139 a0001c0001t0001g0141 a0001c0001t0001g0142 a0001c0001t0003g0004	4	204	0.0196	-1	c.270 others(9): Show c.2706-884delG	ADAMTS6	ENSG00000049192.15	transcript	ENST00000381055.8	protein_coding	21/24	chr5	TogoVar
ADAMTS6_chr5_65143738_65486920	65192232	AT AT	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00323.hp1 HG00423.hp2 HG00741.hp1 others(49): Show HG00323.hp1 HG00423.hp2 HG00741.hp1 HG01071.hp1 HG01074.hp2 HG01106.hp1 HG01168.hp1 HG01261.hp1 HG01361.hp1 HG01361.hp2 HG01516.hp2 HG01952.hp2 HG01978.hp1 HG01981.hp2 HG01993.hp1 HG02027.hp2 HG02055.hp2 HG02071.hp2 HG02132.hp1 HG02145.hp1 HG02165.hp2 HG02486.hp2 HG02602.hp1 HG02723.hp2 HG02809.hp2 HG02818.hp1 HG03017.hp1 HG03041.hp1 HG03209.hp2 HG03239.hp2 HG03471.hp2 HG03669.hp2 HG03688.hp1 HG03710.hp2 HG03927.hp1 HG04184.hp2 HG04204.hp1 HG06807.hp2 NA18942.hp2 NA18953.hp1 NA18984.hp1 NA19009.hp1 NA19012.hp2 NA19057.hp1 NA19058.hp1 NA19060.hp2 NA19070.hp1 NA19079.hp2 NA19081.hp2 NA20129.hp2 NA20805.hp1 homoSapiens_chm13v2.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0008 a0001c0010 others(2): Show a0001c0001 a0001c0008 a0001c0010 a0001c0012 a0001c0013	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 others(9): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0001t0006 a0001c0001t0008 a0001c0001t0010 a0001c0001t0011 a0001c0008t0006 a0001c0010t0001 a0001c0012t0001 a0001c0013t0001	a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0018 a0001c0001t0001g0026 others(49): Show a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0018 a0001c0001t0001g0026 a0001c0001t0001g0035 a0001c0001t0001g0044 a0001c0001t0001g0046 a0001c0001t0001g0047 a0001c0001t0001g0053 a0001c0001t0001g0055 a0001c0001t0001g0056 a0001c0001t0001g0063 a0001c0001t0001g0070 a0001c0001t0001g0078 a0001c0001t0001g0086 a0001c0001t0001g0088 a0001c0001t0001g0091 a0001c0001t0001g0092 a0001c0001t0001g0107 a0001c0001t0001g0110 a0001c0001t0001g0112 a0001c0001t0001g0113 a0001c0001t0001g0116 a0001c0001t0001g0129 a0001c0001t0001g0132 a0001c0001t0001g0137 a0001c0001t0001g0144 a0001c0001t0001g0149 a0001c0001t0001g0150 a0001c0001t0001g0151 a0001c0001t0001g0152 a0001c0001t0001g0153 a0001c0001t0001g0155 a0001c0001t0001g0164 a0001c0001t0002g0024 a0001c0001t0002g0076 a0001c0001t0002g0120 a0001c0001t0002g0179 a0001c0001t0002g0180 a0001c0001t0004g0187 a0001c0001t0004g0193 a0001c0001t0005g0189 a0001c0001t0005g0197 a0001c0001t0006g0054 a0001c0001t0006g0134 a0001c0001t0008g0001 a0001c0001t0008g0002 a0001c0001t0010g0087 a0001c0001t0011g0045 a0001c0008t0006g0130 a0001c0010t0001g0064 a0001c0012t0001g0177 a0001c0013t0001g0069	52	204	0.2549	-1	c.270 others(10): Show c.2706-4013delA	ADAMTS6	ENSG00000049192.15	transcript	ENST00000381055.8	protein_coding	21/24	chr5	TogoVar
ADAMTS6_chr5_65143738_65486920	65192653	CT CT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00323.hp1 HG00423.hp2 HG00735.hp2 others(96): Show HG00323.hp1 HG00423.hp2 HG00735.hp2 HG00741.hp1 HG00741.hp2 HG01071.hp1 HG01074.hp2 HG01081.hp1 HG01106.hp1 HG01106.hp2 HG01168.hp1 HG01175.hp1 HG01261.hp1 HG01361.hp1 HG01361.hp2 HG01516.hp2 HG01884.hp1 HG01884.hp2 HG01952.hp2 HG01978.hp1 HG01978.hp2 HG01981.hp2 HG01993.hp1 HG02027.hp2 HG02055.hp1 HG02055.hp2 HG02071.hp1 HG02071.hp2 HG02132.hp1 HG02145.hp1 HG02145.hp2 HG02165.hp2 HG02257.hp2 HG02280.hp1 HG02451.hp1 HG02451.hp2 HG02486.hp1 HG02486.hp2 HG02602.hp1 HG02615.hp1 HG02717.hp1 HG02717.hp2 HG02723.hp1 HG02723.hp2 HG02809.hp1 HG02809.hp2 HG02818.hp1 HG02818.hp2 HG02886.hp2 HG02895.hp1 HG02895.hp2 HG02897.hp2 HG02922.hp1 HG02922.hp2 HG02970.hp1 HG03017.hp1 HG03041.hp1 HG03098.hp2 HG03195.hp1 HG03195.hp2 HG03209.hp2 HG03239.hp2 HG03471.hp2 HG03669.hp2 HG03688.hp1 HG03710.hp2 HG03927.hp1 HG04184.hp2 HG04204.hp1 HG06807.hp2 NA18522.hp2 NA18942.hp1 NA18942.hp2 NA18953.hp1 NA18962.hp2 NA18973.hp1 NA18984.hp1 NA18991.hp2 NA19009.hp1 NA19011.hp1 NA19011.hp2 NA19012.hp1 NA19012.hp2 NA19043.hp1 NA19043.hp2 NA19057.hp1 NA19058.hp1 NA19060.hp2 NA19070.hp1 NA19079.hp2 NA19081.hp1 NA19081.hp2 NA19240.hp2 NA20129.hp1 NA20129.hp2 NA20805.hp2 NA21309.hp1 NA21309.hp2 homoSapiens_chm13v2.hp1	a0001 a0005 a0006 a0001 a0005 a0006	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 others(6): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0008 a0001c0010 a0001c0012 a0001c0013 a0005c0005 a0006c0007	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 others(16): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0001t0006 a0001c0001t0008 a0001c0001t0010 a0001c0001t0011 a0001c0001t0015 a0001c0001t0017 a0001c0002t0002 a0001c0002t0005 a0001c0003t0001 a0001c0008t0006 a0001c0010t0001 a0001c0012t0001 a0001c0013t0001 a0005c0005t0001 a0006c0007t0002	a0001c0001t0001g0006 a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0018 others(96): Show a0001c0001t0001g0006 a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0018 a0001c0001t0001g0026 a0001c0001t0001g0029 a0001c0001t0001g0030 a0001c0001t0001g0035 a0001c0001t0001g0036 a0001c0001t0001g0038 a0001c0001t0001g0039 a0001c0001t0001g0044 a0001c0001t0001g0046 a0001c0001t0001g0047 a0001c0001t0001g0051 a0001c0001t0001g0053 a0001c0001t0001g0055 a0001c0001t0001g0056 a0001c0001t0001g0063 a0001c0001t0001g0070 a0001c0001t0001g0074 a0001c0001t0001g0078 a0001c0001t0001g0080 a0001c0001t0001g0081 a0001c0001t0001g0086 a0001c0001t0001g0091 a0001c0001t0001g0092 a0001c0001t0001g0107 a0001c0001t0001g0108 a0001c0001t0001g0110 a0001c0001t0001g0112 a0001c0001t0001g0113 a0001c0001t0001g0116 a0001c0001t0001g0117 a0001c0001t0001g0118 a0001c0001t0001g0122 a0001c0001t0001g0129 a0001c0001t0001g0132 a0001c0001t0001g0133 a0001c0001t0001g0137 a0001c0001t0001g0144 a0001c0001t0001g0145 a0001c0001t0001g0149 a0001c0001t0001g0150 a0001c0001t0001g0151 a0001c0001t0001g0152 a0001c0001t0001g0153 a0001c0001t0001g0155 a0001c0001t0001g0163 a0001c0001t0001g0164 a0001c0001t0001g0185 a0001c0001t0002g0009 a0001c0001t0002g0013 a0001c0001t0002g0014 a0001c0001t0002g0021 a0001c0001t0002g0024 a0001c0001t0002g0076 a0001c0001t0002g0077 a0001c0001t0002g0109 a0001c0001t0002g0120 a0001c0001t0002g0121 a0001c0001t0002g0123 a0001c0001t0002g0170 a0001c0001t0002g0171 a0001c0001t0002g0173 a0001c0001t0002g0179 a0001c0001t0002g0180 a0001c0001t0002g0182 a0001c0001t0002g0183 a0001c0001t0004g0187 a0001c0001t0004g0193 a0001c0001t0004g0194 a0001c0001t0004g0195 a0001c0001t0004g0196 a0001c0001t0004g0198 a0001c0001t0004g0200 a0001c0001t0004g0202 a0001c0001t0004g0203 a0001c0001t0005g0189 a0001c0001t0005g0197 a0001c0001t0005g0199 a0001c0001t0006g0054 a0001c0001t0006g0134 a0001c0001t0008g0001 a0001c0001t0008g0002 a0001c0001t0010g0087 a0001c0001t0011g0045 a0001c0001t0015g0079 a0001c0001t0017g0204 a0001c0002t0002g0023 a0001c0002t0002g0156 a0001c0002t0005g0190 a0001c0002t0005g0191 a0001c0003t0001g0052 a0001c0008t0006g0130 a0001c0010t0001g0064 a0001c0012t0001g0177 a0001c0013t0001g0069 a0005c0005t0001g0111 a0006c0007t0002g0106	99	204	0.4853	-1	c.270 others(10): Show c.2705+4368delA	ADAMTS6	ENSG00000049192.15	transcript	ENST00000381055.8	protein_coding	21/24	chr5	TogoVar
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