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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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regionname	pos	ref	alt	annotation	impact	samples	ahapids	achapids	acthapids	actghapids	ac	an	af	len	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	distance	status	chr	external
ADAP1_chr7_892900_959680	925361	TA TA	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01346.hp1 HG01346.hp2 HG02280.hp1 others(5): Show HG01346.hp1 HG01346.hp2 HG02280.hp1 HG02280.hp2 HG03579.hp1 HG03654.hp2 HG04115.hp2 homoSapiens_chm13v2.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0004 others(5): Show a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0004 a0001c0001t0001g0006 a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0014 a0001c0001t0002g0012 a0001c0001t0003g0003	8	14	0.5714	-1	c.305 others(9): Show c.305+1191delT	ADAP1	ENSG00000105963.15	transcript	ENST00000265846.10	protein_coding	3/10			chr7	TogoVar
ADAP1_chr7_892900_959680	926203	GA GA	G G	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01346.hp1 HG01346.hp2 HG02280.hp1 others(6): Show HG01346.hp1 HG01346.hp2 HG02280.hp1 HG02280.hp2 HG03579.hp1 HG03579.hp2 HG03654.hp2 HG04115.hp2 homoSapiens_chm13v2.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0001 a0001c0003	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(1): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0003t0004	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0004 others(6): Show a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0004 a0001c0001t0001g0006 a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0014 a0001c0001t0002g0012 a0001c0001t0003g0003 a0001c0003t0004g0011	9	14	0.6429	-1	c.305 others(8): Show c.305+349delT	ADAP1	ENSG00000105963.15	transcript	ENST00000265846.10	protein_coding	3/10			chr7	TogoVar
ADAP1_chr7_892900_959680	928051	CA CA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02280.hp1 HG03579.hp2 HG03654.hp1 HG02280.hp1 HG03579.hp2 HG03654.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0001 a0001c0003	a0001c0001t0001 a0001c0003t0004 a0001c0001t0001 a0001c0003t0004	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0005 a0001c0003t0004g0011 a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0005 a0001c0003t0004g0011	3	14	0.2143	-1	c.214 others(9): Show c.214-1408delT	ADAP1	ENSG00000105963.15	transcript	ENST00000265846.10	protein_coding	2/10			chr7	TogoVar
ADAP1_chr7_892900_959680	931773	GA GA	G G	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01346.hp1 HG01346.hp2 HG02280.hp2 others(2): Show HG01346.hp1 HG01346.hp2 HG02280.hp2 HG03579.hp1 homoSapiens_chm13v2.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003	a0001c0001t0001g0004 a0001c0001t0001g0006 a0001c0001t0001g0007 others(2): Show a0001c0001t0001g0004 a0001c0001t0001g0006 a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0002g0012 a0001c0001t0003g0003	5	14	0.3571	-1	c.213 others(9): Show c.213+3601delT	ADAP1	ENSG00000105963.15	transcript	ENST00000265846.10	protein_coding	2/10			chr7	TogoVar
ADAP1_chr7_892900_959680	934389	GA GA	G G	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01346.hp1 HG01346.hp2 HG02280.hp1 others(1): Show HG01346.hp1 HG01346.hp2 HG02280.hp1 homoSapiens_chm13v2.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0001 a0001c0001t0003	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0004 a0001c0001t0001g0007 others(1): Show a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0004 a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0003g0003	4	14	0.2857	-1	c.213 others(8): Show c.213+985delT	ADAP1	ENSG00000105963.15	transcript	ENST00000265846.10	protein_coding	2/10			chr7	TogoVar
ADAP1_chr7_892900_959680	935671	TC TC	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01346.hp1 HG01346.hp2 HG01993.hp1 others(4): Show HG01346.hp1 HG01346.hp2 HG01993.hp1 HG02280.hp1 HG03579.hp1 HG03654.hp2 homoSapiens_chm13v2.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0004 a0001c0001t0001g0007 others(4): Show a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0004 a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0013 a0001c0001t0001g0014 a0001c0001t0002g0012 a0001c0001t0003g0003	7	14	0.5000	-1	c.83- others(7): Show c.83-167delG	ADAP1	ENSG00000105963.15	transcript	ENST00000265846.10	protein_coding	1/10			chr7	TogoVar
ADAP1_chr7_892900_959680	939830	CA CA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02280.hp1 HG03654.hp2 HG04115.hp2 HG02280.hp1 HG03654.hp2 HG04115.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0001	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0014 a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0014	3	14	0.2143	-1	c.83- others(8): Show c.83-4326delT	ADAP1	ENSG00000105963.15	transcript	ENST00000265846.10	protein_coding	1/10			chr7	TogoVar
ADAP1_chr7_892900_959680	943497	GA GA	G G	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01346.hp1 HG02280.hp2 homoSapiens_chm13v2.hp1 HG01346.hp1 HG02280.hp2 homoSapiens_chm13v2.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0001 a0001c0001t0003	a0001c0001t0001g0004 a0001c0001t0001g0006 a0001c0001t0003g0003 a0001c0001t0001g0004 a0001c0001t0001g0006 a0001c0001t0003g0003	3	14	0.2143	-1	c.83- others(8): Show c.83-7993delT	ADAP1	ENSG00000105963.15	transcript	ENST00000265846.10	protein_coding	1/10			chr7	TogoVar
ADAP1_chr7_892900_959680	943555	GA GA	G G	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01346.hp1 HG02280.hp2 homoSapiens_chm13v2.hp1 HG01346.hp1 HG02280.hp2 homoSapiens_chm13v2.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0001 a0001c0001t0003	a0001c0001t0001g0004 a0001c0001t0001g0006 a0001c0001t0003g0003 a0001c0001t0001g0004 a0001c0001t0001g0006 a0001c0001t0003g0003	3	14	0.2143	-1	c.83- others(8): Show c.83-8051delT	ADAP1	ENSG00000105963.15	transcript	ENST00000265846.10	protein_coding	1/10			chr7	TogoVar
ADAP1_chr7_892900_959680	943570	GA GA	G G	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01346.hp1 HG02280.hp2 homoSapiens_chm13v2.hp1 HG01346.hp1 HG02280.hp2 homoSapiens_chm13v2.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0001 a0001c0001t0003	a0001c0001t0001g0004 a0001c0001t0001g0006 a0001c0001t0003g0003 a0001c0001t0001g0004 a0001c0001t0001g0006 a0001c0001t0003g0003	3	14	0.2143	-1	c.83- others(8): Show c.83-8066delT	ADAP1	ENSG00000105963.15	transcript	ENST00000265846.10	protein_coding	1/10			chr7	TogoVar
ADAP1_chr7_892900_959680	943657	GA GA	G G	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01993.hp1 HG02280.hp1 HG03654.hp2 HG01993.hp1 HG02280.hp1 HG03654.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0001	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0013 a0001c0001t0001g0014 a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0013 a0001c0001t0001g0014	3	14	0.2143	-1	c.83- others(8): Show c.83-8153delT	ADAP1	ENSG00000105963.15	transcript	ENST00000265846.10	protein_coding	1/10			chr7	TogoVar
ADAP1_chr7_892900_959680	947214	GT GT	G G	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01346.hp2 HG01993.hp1 HG03654.hp2 others(1): Show HG01346.hp2 HG01993.hp1 HG03654.hp2 homoSapiens_chm13v2.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0001	a0001c0001t0001g0004 a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0013 others(1): Show a0001c0001t0001g0004 a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0013 a0001c0001t0001g0014	4	14	0.2857	-1	c.82+ others(8): Show c.82+7181delA	ADAP1	ENSG00000105963.15	transcript	ENST00000265846.10	protein_coding	1/10			chr7	TogoVar
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