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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ADAT1_chr16_75591868_75628281	75605937	CA CA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00408.hp2 HG00609.hp1 HG01496.hp2 others(16): Show HG00408.hp2 HG00609.hp1 HG01496.hp2 HG02015.hp1 HG02027.hp2 HG02895.hp2 HG04228.hp2 NA18747.hp2 NA18948.hp2 NA18960.hp1 NA18970.hp1 NA18979.hp1 NA18991.hp2 NA19004.hp1 NA19010.hp1 NA19064.hp1 NA19065.hp2 NA19079.hp2 NA19081.hp1	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0002c0002 a0001c0001 a0002c0002	a0001c0001t0002 a0001c0001t0007 a0001c0001t0071 others(2): Show a0001c0001t0002 a0001c0001t0007 a0001c0001t0071 a0002c0002t0001 a0002c0002t0058	a0001c0001t0002g0015 a0001c0001t0002g0217 a0001c0001t0002g0225 others(15): Show a0001c0001t0002g0015 a0001c0001t0002g0217 a0001c0001t0002g0225 a0001c0001t0002g0227 a0001c0001t0002g0228 a0001c0001t0002g0229 a0001c0001t0002g0230 a0001c0001t0002g0234 a0001c0001t0002g0235 a0001c0001t0002g0236 a0001c0001t0002g0238 a0001c0001t0002g0243 a0001c0001t0002g0244 a0001c0001t0007g0224 a0001c0001t0071g0310 a0002c0002t0001g0151 a0002c0002t0001g0188 a0002c0002t0058g0152	19	348	0.0546	-1	c.128 others(10): Show c.1289+2286delT	ADAT1	ENSG00000065457.11	transcript	ENST00000564657.2	protein_coding	8/9			chr16	TogoVar
ADAT1_chr16_75591868_75628281	75606051	TG TG	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00140.hp1 HG00140.hp2 HG00280.hp1 others(137): Show HG00140.hp1 HG00140.hp2 HG00280.hp1 HG00323.hp1 HG00323.hp2 HG00408.hp2 HG00423.hp1 HG00597.hp1 HG00609.hp1 HG00735.hp2 HG01070.hp2 HG01071.hp1 HG01081.hp1 HG01081.hp2 HG01106.hp2 HG01109.hp2 HG01123.hp1 HG01167.hp2 HG01168.hp1 HG01169.hp1 HG01175.hp1 HG01192.hp1 HG01192.hp2 HG01243.hp1 HG01255.hp2 HG01256.hp2 HG01257.hp1 HG01257.hp2 HG01258.hp1 HG01258.hp2 HG01358.hp1 HG01361.hp1 HG01515.hp1 HG01516.hp2 HG01884.hp2 HG01891.hp1 HG01934.hp1 HG01952.hp2 HG02015.hp2 HG02027.hp2 HG02132.hp2 HG02145.hp1 HG02145.hp2 HG02273.hp1 HG02280.hp1 HG02293.hp1 HG02451.hp1 HG02486.hp1 HG02559.hp2 HG02572.hp2 HG02622.hp1 HG02622.hp2 HG02630.hp2 HG02683.hp1 HG02698.hp2 HG02723.hp2 HG02735.hp2 HG02818.hp1 HG02818.hp2 HG02886.hp1 HG02895.hp1 HG02895.hp2 HG02896.hp2 HG02897.hp1 HG02897.hp2 HG02965.hp1 HG02970.hp2 HG03017.hp2 HG03041.hp1 HG03041.hp2 HG03098.hp2 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