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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ADCK1_chr14_77795109_77940014	77824693	CA CA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00558.hp2 HG01175.hp2 HG01978.hp2 others(15): Show HG00558.hp2 HG01175.hp2 HG01978.hp2 HG02071.hp2 HG02155.hp2 HG02293.hp2 HG02602.hp2 HG02717.hp2 HG02976.hp1 HG03239.hp1 HG04184.hp2 NA18906.hp2 NA18948.hp2 NA18967.hp1 NA18999.hp2 NA19077.hp1 NA19087.hp1 NA19088.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0005 others(1): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0005 a0001c0002t0001	a0001c0001t0001g0099 a0001c0001t0002g0046 a0001c0001t0002g0056 others(15): Show a0001c0001t0001g0099 a0001c0001t0002g0046 a0001c0001t0002g0056 a0001c0001t0002g0057 a0001c0001t0002g0063 a0001c0001t0002g0070 a0001c0001t0005g0054 a0001c0001t0005g0060 a0001c0002t0001g0048 a0001c0002t0001g0051 a0001c0002t0001g0053 a0001c0002t0001g0061 a0001c0002t0001g0062 a0001c0002t0001g0064 a0001c0002t0001g0066 a0001c0002t0001g0067 a0001c0002t0001g0247 a0001c0002t0001g0251	18	286	0.0629	-1	c.219 others(9): Show c.219+2178delA	ADCK1	ENSG00000063761.16	transcript	ENST00000238561.10	protein_coding	3/10		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr14	TogoVar
ADCK1_chr14_77795109_77940014	77825384	AT AT	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp2 HG00140.hp1 HG00280.hp1 others(151): Show HG00099.hp2 HG00140.hp1 HG00280.hp1 HG00323.hp1 HG00323.hp2 HG00408.hp2 HG00423.hp1 HG00438.hp1 HG00438.hp2 HG00621.hp1 HG00673.hp2 HG00733.hp2 HG00738.hp1 HG00738.hp2 HG00741.hp1 HG00741.hp2 HG01070.hp2 HG01071.hp1 HG01071.hp2 HG01081.hp2 HG01099.hp1 HG01106.hp1 HG01109.hp1 HG01109.hp2 HG01168.hp1 HG01168.hp2 HG01192.hp2 HG01243.hp1 HG01243.hp2 HG01255.hp1 HG01255.hp2 HG01257.hp1 HG01257.hp2 HG01258.hp1 HG01258.hp2 HG01346.hp1 HG01346.hp2 HG01433.hp1 HG01433.hp2 HG01496.hp1 HG01496.hp2 HG01515.hp2 HG01516.hp1 HG01516.hp2 HG01517.hp2 HG01891.hp1 HG01891.hp2 HG01934.hp1 HG01934.hp2 HG01978.hp1 HG01981.hp2 HG02015.hp2 HG02027.hp1 HG02040.hp1 HG02040.hp2 HG02056.hp1 HG02071.hp1 HG02074.hp1 HG02083.hp1 HG02083.hp2 HG02132.hp2 HG02135.hp1 HG02145.hp1 HG02148.hp1 HG02148.hp2 HG02155.hp1 HG02165.hp1 HG02257.hp1 HG02257.hp2 HG02258.hp2 HG02280.hp2 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