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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ADCY5_chr3_123277296_123454090	123306332	CA CA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00735.hp1 HG02572.hp1 HG03041.hp2 others(1): Show HG00735.hp1 HG02572.hp1 HG03041.hp2 NA20300.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0010 a0001c0001t0034 a0001c0001t0010 a0001c0001t0034	a0001c0001t0010g0156 a0001c0001t0010g0219 a0001c0001t0010g0233 others(1): Show a0001c0001t0010g0156 a0001c0001t0010g0219 a0001c0001t0010g0233 a0001c0001t0034g0260	4	260	0.0154	-1	c.244 others(10): Show c.2443-2150delT	ADCY5	ENSG00000173175.16	transcript	ENST00000462833.6	protein_coding	12/20			chr3	TogoVar
ADCY5_chr3_123277296_123454090	123308009	CT CT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01069.hp1 HG01081.hp1 HG01109.hp1 others(57): Show HG01069.hp1 HG01081.hp1 HG01109.hp1 HG01109.hp2 HG01167.hp1 HG01255.hp1 HG01346.hp2 HG01358.hp1 HG01433.hp1 HG01433.hp2 HG01515.hp2 HG01884.hp2 HG01978.hp1 HG01978.hp2 HG01993.hp2 HG02109.hp1 HG02145.hp1 HG02145.hp2 HG02257.hp1 HG02257.hp2 HG02258.hp2 HG02293.hp1 HG02451.hp2 HG02486.hp1 HG02559.hp1 HG02602.hp1 HG02630.hp2 HG02647.hp1 HG02647.hp2 HG02723.hp1 HG02735.hp1 HG02738.hp1 HG02809.hp1 HG02886.hp2 HG02896.hp1 HG02897.hp2 HG02970.hp1 HG02970.hp2 HG03041.hp1 HG03139.hp1 HG03209.hp1 HG03209.hp2 HG03225.hp1 HG03225.hp2 HG03453.hp1 HG03471.hp2 HG03486.hp1 HG03490.hp1 HG03540.hp2 HG03579.hp1 HG03688.hp2 HG03927.hp2 HG04115.hp2 HG04184.hp1 HG04199.hp1 HG06807.hp2 NA18906.hp2 NA19030.hp1 NA19043.hp2 NA20129.hp1	a0001 a0007 a0001 a0007	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0004 others(6): Show a0001c0001 a0001c0003 a0001c0004 a0001c0005 a0001c0007 a0001c0010 a0001c0011 a0001c0019 a0007c0016	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(20): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0006 a0001c0001t0014 a0001c0001t0015 a0001c0001t0016 a0001c0001t0017 a0001c0001t0019 a0001c0001t0020 a0001c0001t0022 a0001c0001t0025 a0001c0001t0035 a0001c0003t0007 a0001c0003t0018 a0001c0004t0001 a0001c0005t0003 a0001c0007t0003 a0001c0010t0008 a0001c0011t0005 a0001c0019t0005 a0007c0016t0004	a0001c0001t0001g0097 a0001c0001t0001g0098 a0001c0001t0001g0099 others(57): Show a0001c0001t0001g0097 a0001c0001t0001g0098 a0001c0001t0001g0099 a0001c0001t0001g0155 a0001c0001t0001g0158 a0001c0001t0001g0175 a0001c0001t0001g0181 a0001c0001t0001g0182 a0001c0001t0001g0183 a0001c0001t0001g0190 a0001c0001t0001g0217 a0001c0001t0001g0218 a0001c0001t0001g0238 a0001c0001t0001g0242 a0001c0001t0001g0247 a0001c0001t0002g0006 a0001c0001t0002g0009 a0001c0001t0002g0011 a0001c0001t0002g0019 a0001c0001t0002g0036 a0001c0001t0002g0037 a0001c0001t0002g0056 a0001c0001t0003g0095 a0001c0001t0003g0119 a0001c0001t0003g0120 a0001c0001t0003g0141 a0001c0001t0003g0226 a0001c0001t0003g0227 a0001c0001t0003g0228 a0001c0001t0003g0235 a0001c0001t0003g0236 a0001c0001t0004g0029 a0001c0001t0004g0054 a0001c0001t0004g0068 a0001c0001t0004g0080 a0001c0001t0006g0008 a0001c0001t0014g0193 a0001c0001t0015g0184 a0001c0001t0016g0258 a0001c0001t0016g0259 a0001c0001t0017g0005 a0001c0001t0019g0010 a0001c0001t0020g0082 a0001c0001t0022g0085 a0001c0001t0025g0108 a0001c0001t0035g0257 a0001c0003t0007g0113 a0001c0003t0007g0172 a0001c0003t0007g0185 a0001c0003t0007g0201 a0001c0003t0018g0020 a0001c0004t0001g0192 a0001c0005t0003g0092 a0001c0007t0003g0248 a0001c0007t0003g0249 a0001c0010t0008g0151 a0001c0011t0005g0179 a0001c0011t0005g0180 a0001c0019t0005g0100 a0007c0016t0004g0003	60	260	0.2308	-1	c.244 others(10): Show c.2443-3827delA	ADCY5	ENSG00000173175.16	transcript	ENST00000462833.6	protein_coding	12/20			chr3	TogoVar
ADCY5_chr3_123277296_123454090	123308028	CT CT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00323.hp1 HG01515.hp1 HG01884.hp2 others(8): Show HG00323.hp1 HG01515.hp1 HG01884.hp2 HG02109.hp1 HG02451.hp1 HG03041.hp1 HG03540.hp1 HG03834.hp1 NA18946.hp2 NA18951.hp1 NA18954.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0005 others(1): Show a0001c0001 a0001c0003 a0001c0005 a0001c0024	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0015 others(3): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0015 a0001c0003t0018 a0001c0005t0029 a0001c0024t0002	a0001c0001t0001g0112 a0001c0001t0001g0129 a0001c0001t0001g0241 others(8): Show a0001c0001t0001g0112 a0001c0001t0001g0129 a0001c0001t0001g0241 a0001c0001t0001g0244 a0001c0001t0001g0245 a0001c0001t0002g0019 a0001c0001t0002g0049 a0001c0001t0015g0184 a0001c0003t0018g0020 a0001c0005t0029g0090 a0001c0024t0002g0035	11	260	0.0423	-1	c.244 others(10): Show c.2443-3846delA	ADCY5	ENSG00000173175.16	transcript	ENST00000462833.6	protein_coding	12/20			chr3	TogoVar
ADCY5_chr3_123277296_123454090	123317331	AT AT	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02145.hp1 HG02723.hp1 HG03139.hp1 others(6): Show HG02145.hp1 HG02723.hp1 HG03139.hp1 HG03540.hp2 HG06807.hp1 NA18939.hp2 NA19063.hp1 NA19080.hp1 NA20300.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0009 others(1): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0009 a0001c0001t0011	a0001c0001t0001g0154 a0001c0001t0001g0175 a0001c0001t0001g0182 others(6): Show a0001c0001t0001g0154 a0001c0001t0001g0175 a0001c0001t0001g0182 a0001c0001t0001g0224 a0001c0001t0001g0242 a0001c0001t0002g0011 a0001c0001t0002g0077 a0001c0001t0009g0025 a0001c0001t0011g0187	9	260	0.0346	-1	c.235 others(9): Show c.2354+688delA	ADCY5	ENSG00000173175.16	transcript	ENST00000462833.6	protein_coding	11/20			chr3	TogoVar
ADCY5_chr3_123277296_123454090	123319353	CA CA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp2 HG00280.hp1 HG00280.hp2 others(191): Show HG00099.hp2 HG00280.hp1 HG00280.hp2 HG00323.hp2 HG00423.hp1 HG00423.hp2 HG00438.hp1 HG00438.hp2 HG00558.hp1 HG00558.hp2 HG00597.hp1 HG00597.hp2 HG00609.hp1 HG00621.hp1 HG00621.hp2 HG00642.hp2 HG00673.hp2 HG00735.hp1 HG00735.hp2 HG01069.hp1 HG01069.hp2 HG01074.hp1 HG01074.hp2 HG01081.hp1 HG01081.hp2 HG01109.hp2 HG01167.hp2 HG01169.hp1 HG01169.hp2 HG01192.hp2 HG01255.hp1 HG01255.hp2 HG01257.hp2 HG01346.hp1 HG01346.hp2 HG01358.hp1 HG01358.hp2 HG01361.hp2 HG01433.hp1 HG01433.hp2 HG01496.hp1 HG01496.hp2 HG01515.hp2 HG01884.hp2 HG01978.hp1 HG01978.hp2 HG01993.hp1 HG01993.hp2 HG02004.hp1 HG02004.hp2 HG02015.hp2 HG02027.hp2 HG02080.hp1 HG02080.hp2 HG02083.hp1 HG02083.hp2 HG02109.hp1 HG02129.hp1 HG02129.hp2 HG02135.hp1 HG02145.hp1 HG02145.hp2 HG02165.hp2 HG02257.hp1 HG02257.hp2 HG02258.hp1 HG02258.hp2 HG02293.hp1 HG02293.hp2 HG02451.hp1 HG02451.hp2 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