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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ADCY7_chr16_50261551_50323135	50295345	AT AT	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG03239.hp2 HG04199.hp1 NA18962.hp2 others(5): Show HG03239.hp2 HG04199.hp1 NA18962.hp2 NA18969.hp2 NA18982.hp2 NA18983.hp2 NA19074.hp1 NA19090.hp1	a0001 a0002 a0003 others(1): Show a0001 a0002 a0003 a0004	a0001c0001 a0001c0002 a0002c0007 others(2): Show a0001c0001 a0001c0002 a0002c0007 a0003c0009 a0004c0010	a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0002t0004 others(3): Show a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0002t0004 a0002c0007t0001 a0003c0009t0003 a0004c0010t0004	a0001c0001t0002g0231 a0001c0001t0003g0043 a0001c0002t0004g0242 others(4): Show a0001c0001t0002g0231 a0001c0001t0003g0043 a0001c0002t0004g0242 a0002c0007t0001g0002 a0002c0007t0001g0131 a0003c0009t0003g0266 a0004c0010t0004g0241	8	338	0.0237	-1	c.948 others(8): Show c.948+624delT	ADCY7	ENSG00000121281.13	transcript	ENST00000673801.1	protein_coding	7/25		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr16	TogoVar
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