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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ADCYAP1R1_chr7_31047308_31116474	31110139	TC TC	T T	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG01169.hp2 HG03704.hp1 NA18969.hp2 others(4): Show HG01169.hp2 HG03704.hp1 NA18969.hp2 NA18982.hp2 NA18984.hp1 NA19002.hp2 NA19077.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0011 a0001c0001t0049 a0001c0001t0052 a0001c0001t0011 a0001c0001t0049 a0001c0001t0052	a0001c0001t0011g0004 a0001c0001t0011g0030 a0001c0001t0011g0055 others(4): Show a0001c0001t0011g0004 a0001c0001t0011g0030 a0001c0001t0011g0055 a0001c0001t0011g0203 a0001c0001t0011g0252 a0001c0001t0049g0110 a0001c0001t0052g0102	7	322	0.0217	-1	c.34 others(6): Show c.3456delC	ADCYAP1R1	ENSG00000078549.16	transcript	ENST00000304166.9	protein_coding	16/16	3456		chr7	TogoVar
ADCYAP1R1_chr7_31047308_31116474	31110140	CT CT	C C	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG02109.hp2 HG02145.hp1 HG02451.hp1 others(3): Show HG02109.hp2 HG02145.hp1 HG02451.hp1 HG02717.hp1 HG03130.hp1 HG03540.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0021 a0001c0001t0032 a0001c0001t0038 others(2): Show a0001c0001t0021 a0001c0001t0032 a0001c0001t0038 a0001c0001t0064 a0001c0001t0066	a0001c0001t0021g0017 a0001c0001t0021g0262 a0001c0001t0032g0146 others(3): Show a0001c0001t0021g0017 a0001c0001t0021g0262 a0001c0001t0032g0146 a0001c0001t0038g0287 a0001c0001t0064g0192 a0001c0001t0066g0282	6	322	0.0186	-1	c.34 others(6): Show c.3471delT	ADCYAP1R1	ENSG00000078549.16	transcript	ENST00000304166.9	protein_coding	16/16	3471	INFO_REALIGN_3_PRIME	chr7	TogoVar
ADCYAP1_chr18_899871_917172	900170	CA CA	C C	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG00280.hp2 HG00408.hp1 HG00438.hp2 others(112): Show HG00280.hp2 HG00408.hp1 HG00438.hp2 HG00544.hp2 HG00609.hp2 HG00621.hp2 HG00673.hp2 HG00738.hp1 HG00738.hp2 HG01074.hp2 HG01081.hp1 HG01081.hp2 HG01106.hp2 HG01109.hp2 HG01192.hp1 HG01192.hp2 HG01243.hp1 HG01256.hp1 HG01256.hp2 HG01258.hp2 HG01346.hp1 HG01358.hp2 HG01433.hp1 HG01433.hp2 HG01891.hp2 HG01934.hp1 HG01943.hp1 HG01952.hp2 HG01981.hp2 HG01993.hp2 HG02071.hp1 HG02074.hp1 HG02080.hp1 HG02080.hp2 HG02083.hp1 HG02109.hp1 HG02109.hp2 HG02129.hp1 HG02132.hp1 HG02135.hp1 HG02148.hp2 HG02622.hp1 HG02630.hp1 HG02630.hp2 HG02717.hp2 HG02723.hp1 HG02723.hp2 HG02818.hp1 HG02818.hp2 HG02886.hp1 HG02886.hp2 HG02922.hp2 HG02965.hp2 HG02970.hp1 HG02976.hp1 HG03041.hp2 HG03098.hp1 HG03139.hp2 HG03209.hp1 HG03239.hp1 HG03239.hp2 HG03471.hp2 HG03486.hp1 HG03540.hp1 HG03669.hp1 HG03927.hp1 HG03942.hp2 HG06807.hp1 NA18522.hp2 NA18612.hp1 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