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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ADGRG7_chr3_100604601_100700479	100659439	CA CA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01952.hp1 HG01975.hp2 HG02055.hp2 others(12): Show HG01952.hp1 HG01975.hp2 HG02055.hp2 HG02145.hp1 HG02258.hp2 HG02965.hp2 HG02970.hp1 HG03041.hp1 HG03098.hp2 HG03139.hp1 HG03486.hp2 HG03516.hp1 NA18522.hp2 NA19043.hp1 NA20129.hp2	a0001 a0002 a0003 others(1): Show a0001 a0002 a0003 a0005	a0001c0001 a0002c0002 a0003c0003 others(1): Show a0001c0001 a0002c0002 a0003c0003 a0005c0006	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0002c0002t0001 others(3): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0002c0002t0001 a0003c0003t0001 a0003c0003t0003 a0005c0006t0001	a0001c0001t0001g0021 a0001c0001t0001g0030 a0001c0001t0001g0032 others(11): Show a0001c0001t0001g0021 a0001c0001t0001g0030 a0001c0001t0001g0032 a0001c0001t0001g0033 a0001c0001t0001g0043 a0001c0001t0001g0055 a0001c0001t0003g0031 a0002c0002t0001g0309 a0003c0003t0001g0024 a0003c0003t0001g0026 a0003c0003t0003g0023 a0005c0006t0001g0005 a0005c0006t0001g0028 a0005c0006t0001g0029	15	340	0.0441	-1	c.182 others(9): Show c.1824-224delA	ADGRG7	ENSG00000144820.8	transcript	ENST00000273352.8	protein_coding	13/15		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr3	TogoVar
ADGRG7_chr3_100604601_100700479	100660952	CA CA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00438.hp1 HG00544.hp2 HG00558.hp2 others(47): Show HG00438.hp1 HG00544.hp2 HG00558.hp2 HG01106.hp1 HG01891.hp2 HG02027.hp2 HG02071.hp2 HG02080.hp2 HG02129.hp1 HG02129.hp2 HG02135.hp1 HG02559.hp2 HG02886.hp2 HG03130.hp1 HG03225.hp2 NA18522.hp1 NA18612.hp2 NA18747.hp1 NA18747.hp2 NA18941.hp2 NA18946.hp2 NA18960.hp1 NA18963.hp1 NA18964.hp1 NA18964.hp2 NA18965.hp2 NA18966.hp2 NA18968.hp1 NA18969.hp1 NA18970.hp1 NA18979.hp2 NA18983.hp1 NA18988.hp2 NA18995.hp2 NA18998.hp1 NA19003.hp1 NA19005.hp1 NA19009.hp2 NA19012.hp2 NA19054.hp2 NA19056.hp2 NA19062.hp1 NA19063.hp2 NA19066.hp2 NA19079.hp1 NA19080.hp1 NA19082.hp1 NA19083.hp1 NA19084.hp2 NA19091.hp2	a0001 a0002 a0011 others(1): Show a0001 a0002 a0011 a0012	a0001c0001 a0001c0008 a0002c0002 others(2): Show a0001c0001 a0001c0008 a0002c0002 a0011c0012 a0012c0013	a0001c0001t0001 a0001c0008t0001 a0002c0002t0001 others(2): Show a0001c0001t0001 a0001c0008t0001 a0002c0002t0001 a0011c0012t0001 a0012c0013t0001	a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0044 a0001c0001t0001g0045 others(46): Show a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0044 a0001c0001t0001g0045 a0001c0001t0001g0064 a0001c0001t0001g0074 a0001c0001t0001g0077 a0001c0001t0001g0078 a0001c0001t0001g0081 a0001c0001t0001g0085 a0001c0001t0001g0086 a0001c0001t0001g0093 a0001c0001t0001g0100 a0001c0001t0001g0101 a0001c0001t0001g0102 a0001c0001t0001g0103 a0001c0001t0001g0104 a0001c0001t0001g0105 a0001c0001t0001g0106 a0001c0001t0001g0107 a0001c0001t0001g0108 a0001c0001t0001g0111 a0001c0001t0001g0112 a0001c0001t0001g0113 a0001c0001t0001g0123 a0001c0001t0001g0124 a0001c0001t0001g0125 a0001c0001t0001g0128 a0001c0001t0001g0129 a0001c0001t0001g0140 a0001c0001t0001g0141 a0001c0001t0001g0146 a0001c0001t0001g0164 a0001c0001t0001g0168 a0001c0001t0001g0169 a0001c0001t0001g0170 a0001c0001t0001g0182 a0001c0001t0001g0183 a0001c0001t0001g0185 a0001c0001t0001g0186 a0001c0001t0001g0191 a0001c0001t0001g0201 a0001c0001t0001g0206 a0001c0001t0001g0207 a0001c0001t0001g0211 a0001c0001t0001g0317 a0001c0008t0001g0039 a0002c0002t0001g0269 a0011c0012t0001g0065 a0012c0013t0001g0147	50	340	0.1471	-1	c.197 others(10): Show c.1979+1124delA	ADGRG7	ENSG00000144820.8	transcript	ENST00000273352.8	protein_coding	14/15		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr3	TogoVar
ADGRG7_chr3_100604601_100700479	100669533	CA CA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01884.hp1 HG01891.hp1 HG01952.hp1 others(33): Show HG01884.hp1 HG01891.hp1 HG01952.hp1 HG02109.hp2 HG02257.hp2 HG02258.hp2 HG02451.hp1 HG02451.hp2 HG02486.hp1 HG02615.hp2 HG02622.hp1 HG02647.hp1 HG02723.hp2 HG02895.hp1 HG02895.hp2 HG02896.hp2 HG02897.hp1 HG02897.hp2 HG02922.hp2 HG02965.hp2 HG03041.hp1 HG03130.hp2 HG03195.hp1 HG03209.hp1 HG03225.hp2 HG03471.hp1 HG03486.hp1 HG03516.hp1 HG03540.hp2 NA18906.hp1 NA18946.hp2 NA19030.hp2 NA19043.hp2 NA19056.hp2 NA19240.hp2 NA20129.hp2	a0001 a0002 a0009 a0001 a0002 a0009	a0001c0001 a0001c0005 a0001c0008 others(3): Show a0001c0001 a0001c0005 a0001c0008 a0001c0011 a0002c0002 a0009c0015	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0005t0001 others(4): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0005t0001 a0001c0008t0001 a0001c0011t0001 a0002c0002t0001 a0009c0015t0001	a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0004 a0001c0001t0001g0021 others(29): Show a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0004 a0001c0001t0001g0021 a0001c0001t0001g0025 a0001c0001t0001g0030 a0001c0001t0001g0033 a0001c0001t0001g0043 a0001c0001t0001g0046 a0001c0001t0001g0048 a0001c0001t0001g0053 a0001c0001t0001g0054 a0001c0001t0001g0055 a0001c0001t0001g0056 a0001c0001t0001g0057 a0001c0001t0001g0061 a0001c0001t0001g0062 a0001c0001t0001g0066 a0001c0001t0001g0106 a0001c0001t0001g0128 a0001c0001t0001g0272 a0001c0001t0002g0060 a0001c0005t0001g0006 a0001c0008t0001g0039 a0001c0011t0001g0058 a0002c0002t0001g0069 a0002c0002t0001g0309 a0002c0002t0001g0311 a0002c0002t0001g0312 a0002c0002t0001g0313 a0002c0002t0001g0314 a0002c0002t0001g0315 a0009c0015t0001g0022	36	340	0.1059	-1	c.213 others(9): Show c.2136+457delA	ADGRG7	ENSG00000144820.8	transcript	ENST00000273352.8	protein_coding	15/15		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr3	TogoVar
ADGRG7_chr3_100604601_100700479	100673467	CT CT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp2 HG00140.hp1 HG00423.hp1 others(184): Show HG00099.hp2 HG00140.hp1 HG00423.hp1 HG00423.hp2 HG00544.hp1 HG00558.hp1 HG00597.hp1 HG00609.hp1 HG00609.hp2 HG00621.hp1 HG00621.hp2 HG00738.hp2 HG00741.hp1 HG00741.hp2 HG01071.hp2 HG01074.hp1 HG01081.hp1 HG01081.hp2 HG01099.hp2 HG01109.hp1 HG01109.hp2 HG01123.hp2 HG01167.hp1 HG01168.hp1 HG01168.hp2 HG01243.hp2 HG01255.hp2 HG01256.hp1 HG01256.hp2 HG01257.hp1 HG01258.hp2 HG01346.hp1 HG01358.hp2 HG01433.hp2 HG01496.hp1 HG01496.hp2 HG01515.hp1 HG01515.hp2 HG01516.hp1 HG01517.hp1 HG01517.hp2 HG01884.hp2 HG01891.hp1 HG01891.hp2 HG01928.hp2 HG01934.hp1 HG01943.hp2 HG01952.hp2 HG01978.hp1 HG01993.hp1 HG02015.hp1 HG02015.hp2 HG02027.hp1 HG02055.hp2 HG02071.hp1 HG02080.hp1 HG02083.hp1 HG02135.hp2 HG02145.hp1 HG02145.hp2 HG02165.hp1 HG02165.hp2 HG02257.hp1 HG02258.hp1 HG02258.hp2 HG02280.hp2 HG02300.hp1 HG02300.hp2 HG02523.hp1 HG02523.hp2 HG02559.hp1 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