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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ADGRL2_chr1_81795934_81998932	81870927	AT AT	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00544.hp2 HG00609.hp1 others(51): Show HG00099.hp1 HG00544.hp2 HG00609.hp1 HG00642.hp1 HG01071.hp2 HG01081.hp1 HG01123.hp1 HG01175.hp1 HG01515.hp1 HG01884.hp1 HG01928.hp2 HG02015.hp1 HG02071.hp1 HG02074.hp2 HG02132.hp2 HG02135.hp2 HG02258.hp2 HG02273.hp2 HG02451.hp2 HG02647.hp1 HG02698.hp1 HG02818.hp1 HG02886.hp1 HG03017.hp2 HG03195.hp2 HG03471.hp1 HG03579.hp2 HG04199.hp1 NA18612.hp2 NA18944.hp2 NA18947.hp1 NA18948.hp1 NA18957.hp1 NA18962.hp1 NA18974.hp2 NA18979.hp1 NA18982.hp2 NA18988.hp1 NA18988.hp2 NA18990.hp1 NA18995.hp2 NA19000.hp1 NA19010.hp2 NA19011.hp2 NA19043.hp1 NA19056.hp1 NA19058.hp1 NA19062.hp1 NA19070.hp1 NA19079.hp1 NA19080.hp1 NA19086.hp1 NA19088.hp1 NA19090.hp2	a0001 a0003 a0001 a0003	a0001c0001 a0001c0018 a0001c0019 others(2): Show a0001c0001 a0001c0018 a0001c0019 a0001c0020 a0003c0004	a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 others(25): Show a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0006 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0011 a0001c0001t0013 a0001c0001t0014 a0001c0001t0026 a0001c0001t0048 a0001c0001t0049 a0001c0001t0050 a0001c0001t0051 a0001c0001t0062 a0001c0001t0069 a0001c0001t0070 a0001c0001t0072 a0001c0001t0093 a0001c0001t0128 a0001c0001t0145 a0001c0001t0148 a0001c0018t0052 a0001c0019t0099 a0001c0020t0132 a0003c0004t0013 a0003c0004t0124 a0003c0004t0133	a0001c0001t0002g0118 a0001c0001t0003g0113 a0001c0001t0004g0002 others(50): Show a0001c0001t0002g0118 a0001c0001t0003g0113 a0001c0001t0004g0002 a0001c0001t0004g0105 a0001c0001t0004g0108 a0001c0001t0004g0109 a0001c0001t0004g0110 a0001c0001t0004g0111 a0001c0001t0004g0119 a0001c0001t0004g0127 a0001c0001t0004g0153 a0001c0001t0006g0120 a0001c0001t0006g0121 a0001c0001t0006g0122 a0001c0001t0006g0123 a0001c0001t0006g0124 a0001c0001t0006g0143 a0001c0001t0008g0115 a0001c0001t0008g0116 a0001c0001t0008g0136 a0001c0001t0008g0140 a0001c0001t0008g0145 a0001c0001t0009g0126 a0001c0001t0009g0148 a0001c0001t0009g0150 a0001c0001t0011g0241 a0001c0001t0011g0299 a0001c0001t0013g0135 a0001c0001t0013g0147 a0001c0001t0013g0149 a0001c0001t0014g0130 a0001c0001t0026g0128 a0001c0001t0048g0125 a0001c0001t0049g0106 a0001c0001t0049g0107 a0001c0001t0050g0139 a0001c0001t0050g0142 a0001c0001t0051g0144 a0001c0001t0051g0146 a0001c0001t0062g0196 a0001c0001t0069g0195 a0001c0001t0070g0193 a0001c0001t0072g0194 a0001c0001t0093g0062 a0001c0001t0128g0141 a0001c0001t0145g0132 a0001c0001t0148g0131 a0001c0018t0052g0133 a0001c0019t0099g0262 a0001c0020t0132g0134 a0003c0004t0013g0137 a0003c0004t0124g0138 a0003c0004t0133g0129	54	306	0.1765	-1	c.73+ others(9): Show c.73+33880delT	ADGRL2	ENSG00000117114.21	transcript	ENST00000686636.1	protein_coding	2/23		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr1	TogoVar
ADGRL2_chr1_81795934_81998932	81871306	TG TG	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01255.hp1 HG01433.hp1 HG01981.hp1 others(1): Show HG01255.hp1 HG01433.hp1 HG01981.hp1 HG03710.hp2	a0001 a0008 a0001 a0008	a0001c0001 a0008c0012 a0001c0001 a0008c0012	a0001c0001t0012 a0001c0001t0075 a0008c0012t0018 others(1): Show a0001c0001t0012 a0001c0001t0075 a0008c0012t0018 a0008c0012t0077	a0001c0001t0012g0200 a0001c0001t0075g0198 a0008c0012t0018g0201 others(1): Show a0001c0001t0012g0200 a0001c0001t0075g0198 a0008c0012t0018g0201 a0008c0012t0077g0205	4	306	0.0131	-1	c.73+ others(9): Show c.73+34250delG	ADGRL2	ENSG00000117114.21	transcript	ENST00000686636.1	protein_coding	2/23			chr1	TogoVar
ADGRL2_chr1_81795934_81998932	81876594	CT CT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00544.hp1 others(186): Show HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00544.hp1 HG00544.hp2 HG00597.hp2 HG00609.hp1 HG00609.hp2 HG00639.hp1 HG00642.hp1 HG00733.hp2 HG00738.hp1 HG01069.hp1 HG01069.hp2 HG01071.hp1 HG01071.hp2 HG01081.hp1 HG01081.hp2 HG01099.hp2 HG01106.hp1 HG01109.hp2 HG01123.hp1 HG01167.hp2 HG01168.hp1 HG01169.hp1 HG01175.hp1 HG01175.hp2 HG01255.hp2 HG01257.hp2 HG01258.hp1 HG01358.hp1 HG01433.hp2 HG01496.hp1 HG01515.hp1 HG01516.hp1 HG01517.hp1 HG01884.hp1 HG01884.hp2 HG01891.hp1 HG01891.hp2 HG01928.hp2 HG01934.hp1 HG01934.hp2 HG01943.hp2 HG01952.hp1 HG01975.hp2 HG01978.hp1 HG01978.hp2 HG01993.hp1 HG02015.hp1 HG02055.hp2 HG02071.hp1 HG02071.hp2 HG02074.hp1 HG02074.hp2 HG02083.hp1 HG02109.hp1 HG02132.hp1 HG02132.hp2 HG02135.hp1 HG02135.hp2 HG02145.hp1 HG02148.hp1 HG02165.hp2 HG02257.hp1 HG02257.hp2 HG02258.hp2 HG02273.hp1 HG02273.hp2 HG02280.hp1 HG02300.hp1 HG02451.hp2 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