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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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regionname	pos	ref	alt	annotation	impact	samples	ahapids	achapids	acthapids	actghapids	ac	an	af	len	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	distance	status	chr	external
ADI1_chr2_3492366_3524531	3517753	CA CA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02622.hp1 HG03471.hp2 HG03579.hp1 others(7): Show HG02622.hp1 HG03471.hp2 HG03579.hp1 NA18950.hp1 NA18960.hp2 NA18992.hp1 NA18995.hp1 NA19011.hp2 NA19055.hp2 NA19064.hp1	a0001 a0003 a0001 a0003	a0001c0001 a0003c0004 a0001c0001 a0003c0004	a0001c0001t0004 a0001c0001t0007 a0003c0004t0007 a0001c0001t0004 a0001c0001t0007 a0003c0004t0007	a0001c0001t0004g0060 a0001c0001t0007g0028 a0001c0001t0007g0075 others(5): Show a0001c0001t0004g0060 a0001c0001t0007g0028 a0001c0001t0007g0075 a0001c0001t0007g0076 a0001c0001t0007g0077 a0001c0001t0007g0078 a0001c0001t0007g0079 a0003c0004t0007g0027	10	392	0.0255	-1	c.120 others(9): Show c.120+1614delT	ADI1	ENSG00000182551.14	transcript	ENST00000327435.11	protein_coding	1/3			chr2	TogoVar
ADI1_chr2_3492366_3524531	3519871	CA CA	C C	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG01943.hp2 HG03579.hp1 HG03669.hp1 others(12): Show HG01943.hp2 HG03579.hp1 HG03669.hp1 HG03831.hp1 HG03831.hp2 HG04228.hp2 NA18940.hp2 NA18948.hp2 NA18951.hp2 NA18959.hp1 NA18964.hp2 NA18991.hp2 NA18999.hp1 NA19007.hp1 NA19076.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0004 a0001c0002t0001 a0001c0001t0004 a0001c0002t0001	a0001c0001t0004g0060 a0001c0002t0001g0003 a0001c0002t0001g0017 others(10): Show a0001c0001t0004g0060 a0001c0002t0001g0003 a0001c0002t0001g0017 a0001c0002t0001g0061 a0001c0002t0001g0062 a0001c0002t0001g0063 a0001c0002t0001g0064 a0001c0002t0001g0065 a0001c0002t0001g0066 a0001c0002t0001g0067 a0001c0002t0001g0068 a0001c0002t0001g0093 a0001c0002t0001g0135	15	392	0.0383	-1	c.-38 others(5): Show c.-385delT	ADI1	ENSG00000182551.14	transcript	ENST00000327435.11	protein_coding		341		chr2	TogoVar
ADIG_chr20_38576197_38593463	38585700	TG TG	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01884.hp2 HG02630.hp1 HG02647.hp1 others(6): Show HG01884.hp2 HG02630.hp1 HG02647.hp1 HG02809.hp2 HG02886.hp1 HG02895.hp2 HG03471.hp1 HG03579.hp1 NA20300.hp2	a0001 a0001	a0001c0002 a0001c0002	a0001c0002t0001 a0001c0002t0001	a0001c0002t0001g0014 a0001c0002t0001g0030 a0001c0002t0001g0064 others(2): Show a0001c0002t0001g0014 a0001c0002t0001g0030 a0001c0002t0001g0064 a0001c0002t0001g0066 a0001c0002t0001g0067	9	372	0.0242	-1	c.125 others(8): Show c.125-327delG	ADIG	ENSG00000182035.13	transcript	ENST00000537425.3	protein_coding	1/2		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr20	TogoVar
ADIG_chr20_38576197_38593463	38587740	CT CT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00140.hp1 others(230): Show HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00140.hp1 HG00140.hp2 HG00280.hp2 HG00438.hp1 HG00438.hp2 HG00544.hp1 HG00544.hp2 HG00558.hp1 HG00558.hp2 HG00597.hp1 HG00597.hp2 HG00621.hp1 HG00621.hp2 HG00639.hp1 HG00642.hp1 HG00673.hp1 HG00673.hp2 HG00738.hp1 HG00741.hp1 HG01069.hp1 HG01074.hp1 HG01074.hp2 HG01081.hp1 HG01081.hp2 HG01106.hp1 HG01106.hp2 HG01109.hp2 HG01123.hp1 HG01123.hp2 HG01168.hp2 HG01192.hp1 HG01192.hp2 HG01243.hp2 HG01255.hp1 HG01255.hp2 HG01256.hp2 HG01261.hp1 HG01358.hp1 HG01358.hp2 HG01361.hp1 HG01433.hp1 HG01433.hp2 HG01515.hp2 HG01516.hp2 HG01884.hp1 HG01934.hp2 HG01952.hp1 HG01952.hp2 HG01978.hp1 HG01993.hp1 HG02004.hp2 HG02015.hp1 HG02027.hp1 HG02040.hp1 HG02040.hp2 HG02056.hp1 HG02056.hp2 HG02071.hp2 HG02074.hp1 HG02074.hp2 HG02080.hp1 HG02080.hp2 HG02083.hp1 HG02083.hp2 HG02109.hp2 HG02129.hp1 HG02129.hp2 HG02132.hp1 HG02132.hp2 HG02135.hp1 HG02135.hp2 HG02148.hp1 HG02148.hp2 HG02155.hp1 HG02155.hp2 HG02165.hp1 HG02165.hp2 HG02257.hp2 HG02258.hp2 HG02273.hp1 HG02273.hp2 HG02280.hp2 HG02293.hp1 HG02451.hp2 HG02486.hp2 HG02523.hp1 HG02523.hp2 HG02559.hp1 HG02559.hp2 HG02572.hp1 HG02572.hp2 HG02622.hp2 HG02717.hp1 HG02723.hp2 HG02738.hp2 HG02818.hp2 HG02895.hp1 HG02896.hp2 HG02897.hp2 HG02965.hp2 HG02976.hp2 HG03017.hp1 HG03017.hp2 HG03098.hp2 HG03130.hp1 HG03139.hp1 HG03453.hp2 HG03471.hp2 HG03486.hp1 HG03486.hp2 HG03492.hp1 HG03579.hp2 HG03654.hp1 HG03669.hp1 HG03669.hp2 HG03688.hp1 HG03704.hp1 HG03704.hp2 HG03831.hp1 HG03834.hp1 HG03834.hp2 HG03927.hp1 HG03927.hp2 HG03942.hp1 HG04199.hp1 HG04199.hp2 HG04228.hp2 NA18612.hp2 NA18747.hp1 NA18747.hp2 NA18906.hp2 NA18940.hp1 NA18940.hp2 NA18941.hp1 NA18944.hp1 NA18944.hp2 NA18945.hp1 NA18945.hp2 NA18947.hp1 NA18947.hp2 NA18949.hp2 NA18950.hp1 NA18950.hp2 NA18951.hp1 NA18951.hp2 NA18954.hp1 NA18954.hp2 NA18955.hp1 NA18955.hp2 NA18956.hp2 NA18959.hp1 NA18959.hp2 NA18960.hp1 NA18960.hp2 NA18962.hp2 NA18963.hp1 NA18963.hp2 NA18964.hp1 NA18964.hp2 NA18965.hp1 NA18965.hp2 NA18966.hp1 NA18966.hp2 NA18967.hp1 NA18967.hp2 NA18969.hp1 NA18969.hp2 NA18973.hp1 NA18974.hp2 NA18975.hp1 NA18975.hp2 NA18977.hp1 NA18978.hp2 NA18979.hp2 NA18980.hp1 NA18982.hp1 NA18982.hp2 NA18983.hp1 NA18983.hp2 NA18984.hp1 NA18984.hp2 NA18986.hp2 NA18988.hp1 NA18988.hp2 NA18989.hp1 NA18989.hp2 NA18998.hp1 NA18998.hp2 NA18999.hp1 NA19001.hp1 NA19002.hp1 NA19002.hp2 NA19005.hp1 NA19005.hp2 NA19010.hp1 NA19010.hp2 NA19012.hp2 NA19043.hp1 NA19057.hp1 NA19059.hp2 NA19063.hp2 NA19065.hp1 NA19066.hp1 NA19066.hp2 NA19068.hp2 NA19070.hp1 NA19070.hp2 NA19074.hp1 NA19074.hp2 NA19075.hp1 NA19075.hp2 NA19077.hp1 NA19077.hp2 NA19080.hp1 NA19080.hp2 NA19082.hp1 NA19082.hp2 NA19084.hp1 NA19084.hp2 NA19085.hp1 NA19085.hp2 NA19086.hp2 NA19087.hp1 NA19087.hp2 NA19091.hp1 NA20129.hp1 NA20300.hp1 NA20752.hp2 NA20905.hp1 NA20905.hp2 homoSapiens_chm13v2.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0001 a0001c0003	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(2): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0003t0001	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0004 others(36): Show a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0004 a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0013 a0001c0001t0001g0015 a0001c0001t0001g0016 a0001c0001t0001g0019 a0001c0001t0001g0020 a0001c0001t0001g0023 a0001c0001t0001g0028 a0001c0001t0001g0031 a0001c0001t0001g0032 a0001c0001t0001g0033 a0001c0001t0001g0034 a0001c0001t0001g0035 a0001c0001t0001g0039 a0001c0001t0001g0040 a0001c0001t0001g0042 a0001c0001t0001g0044 a0001c0001t0001g0045 a0001c0001t0001g0047 a0001c0001t0001g0048 a0001c0001t0001g0049 a0001c0001t0001g0050 a0001c0001t0001g0051 a0001c0001t0001g0057 a0001c0001t0001g0058 a0001c0001t0001g0061 a0001c0001t0001g0065 a0001c0001t0001g0070 a0001c0001t0001g0077 a0001c0001t0002g0027 a0001c0001t0002g0071 a0001c0001t0003g0001 a0001c0001t0004g0003 a0001c0003t0001g0004 a0001c0003t0001g0060	233	372	0.6263	-1	c.15 others(8): Show c.15-346delT	ADIG	ENSG00000182035.13	transcript	ENST00000537425.3	protein_coding	2/2		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr20	TogoVar
ADIG_chr20_38576197_38593463	38592937	TA TA	T T	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00642.hp2 HG01884.hp2 HG02630.hp1 others(9): Show HG00642.hp2 HG01884.hp2 HG02630.hp1 HG02647.hp1 HG02647.hp2 HG02809.hp2 HG02886.hp1 HG02895.hp2 HG03209.hp2 HG03471.hp1 HG03579.hp1 NA20300.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0001 a0001c0002t0001 a0001c0001t0001 a0001c0002t0001	a0001c0001t0001g0056 a0001c0001t0001g0069 a0001c0002t0001g0014 others(5): Show a0001c0001t0001g0056 a0001c0001t0001g0069 a0001c0002t0001g0014 a0001c0002t0001g0030 a0001c0002t0001g0064 a0001c0002t0001g0066 a0001c0002t0001g0067 a0001c0002t0001g0068	12	372	0.0323	-1	c.48 others(6): Show c.4852delA	ADIG	ENSG00000182035.13	transcript	ENST00000537425.3	protein_coding		4475		chr20	TogoVar
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