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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ADK_chr10_74146221_74714290	74527372	CA CA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00280.hp1 HG00558.hp2 HG00621.hp1 others(115): Show HG00280.hp1 HG00558.hp2 HG00621.hp1 HG00738.hp1 HG00741.hp1 HG01074.hp1 HG01081.hp1 HG01106.hp1 HG01109.hp1 HG01109.hp2 HG01168.hp2 HG01243.hp1 HG01255.hp1 HG01261.hp2 HG01433.hp1 HG01433.hp2 HG01496.hp1 HG01496.hp2 HG01515.hp1 HG01515.hp2 HG01934.hp1 HG01934.hp2 HG01943.hp1 HG01943.hp2 HG01981.hp1 HG02004.hp1 HG02004.hp2 HG02015.hp1 HG02055.hp1 HG02056.hp1 HG02083.hp1 HG02083.hp2 HG02109.hp1 HG02145.hp2 HG02165.hp1 HG02165.hp2 HG02257.hp1 HG02257.hp2 HG02273.hp1 HG02273.hp2 HG02293.hp1 HG02451.hp1 HG02559.hp1 HG02572.hp1 HG02615.hp1 HG02622.hp2 HG02630.hp2 HG02698.hp1 HG02698.hp2 HG02717.hp1 HG02723.hp2 HG02809.hp1 HG02818.hp1 HG02818.hp2 HG02895.hp1 HG02895.hp2 HG02896.hp1 HG02896.hp2 HG02897.hp1 HG02897.hp2 HG02922.hp1 HG02965.hp1 HG02970.hp2 HG03041.hp2 HG03098.hp1 HG03098.hp2 HG03130.hp1 HG03195.hp2 HG03225.hp2 HG03453.hp1 HG03471.hp2 HG03486.hp1 HG03486.hp2 HG03669.hp2 HG03710.hp1 HG03831.hp2 HG03834.hp2 HG03942.hp1 HG04199.hp1 HG04228.hp1 HG06807.hp1 HG06807.hp2 NA18522.hp1 NA18522.hp2 NA18612.hp2 NA18906.hp2 NA18941.hp1 NA18943.hp1 NA18944.hp1 NA18944.hp2 NA18946.hp2 NA18949.hp1 NA18951.hp2 NA18952.hp2 NA18957.hp2 NA18961.hp2 NA18964.hp2 NA18971.hp1 NA18975.hp1 NA18975.hp2 NA19002.hp1 NA19011.hp2 NA19043.hp2 NA19056.hp1 NA19056.hp2 NA19060.hp2 NA19063.hp1 NA19064.hp2 NA19077.hp1 NA19080.hp1 NA19082.hp2 NA19085.hp1 NA19085.hp2 NA19086.hp2 NA19088.hp1 NA19240.hp2 NA20129.hp2 NA20300.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0004 a0001c0001 a0001c0004	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0005 others(2): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0005 a0001c0001t0006 a0001c0004t0001	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0005 others(115): Show a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0005 a0001c0001t0001g0006 a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0008 a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0011 a0001c0001t0001g0012 a0001c0001t0001g0013 a0001c0001t0001g0014 a0001c0001t0001g0015 a0001c0001t0001g0016 a0001c0001t0001g0017 a0001c0001t0001g0018 a0001c0001t0001g0019 a0001c0001t0001g0022 a0001c0001t0001g0023 a0001c0001t0001g0028 a0001c0001t0001g0031 a0001c0001t0001g0032 a0001c0001t0001g0033 a0001c0001t0001g0034 a0001c0001t0001g0035 a0001c0001t0001g0036 a0001c0001t0001g0039 a0001c0001t0001g0054 a0001c0001t0001g0064 a0001c0001t0001g0066 a0001c0001t0001g0068 a0001c0001t0001g0091 a0001c0001t0001g0092 a0001c0001t0001g0095 a0001c0001t0001g0096 a0001c0001t0001g0097 a0001c0001t0001g0102 a0001c0001t0001g0103 a0001c0001t0001g0104 a0001c0001t0001g0105 a0001c0001t0001g0106 a0001c0001t0001g0108 a0001c0001t0001g0109 a0001c0001t0001g0110 a0001c0001t0001g0112 a0001c0001t0001g0113 a0001c0001t0001g0114 a0001c0001t0001g0115 a0001c0001t0001g0116 a0001c0001t0001g0117 a0001c0001t0001g0118 a0001c0001t0001g0119 a0001c0001t0001g0120 a0001c0001t0001g0121 a0001c0001t0001g0122 a0001c0001t0001g0123 a0001c0001t0001g0124 a0001c0001t0001g0125 a0001c0001t0001g0126 a0001c0001t0001g0129 a0001c0001t0001g0130 a0001c0001t0001g0131 a0001c0001t0001g0132 a0001c0001t0001g0133 a0001c0001t0001g0134 a0001c0001t0001g0137 a0001c0001t0001g0141 a0001c0001t0001g0142 a0001c0001t0001g0143 a0001c0001t0001g0144 a0001c0001t0001g0145 a0001c0001t0001g0146 a0001c0001t0001g0147 a0001c0001t0001g0148 a0001c0001t0001g0149 a0001c0001t0001g0150 a0001c0001t0001g0151 a0001c0001t0001g0152 a0001c0001t0001g0153 a0001c0001t0001g0154 a0001c0001t0001g0157 a0001c0001t0001g0158 a0001c0001t0001g0159 a0001c0001t0001g0160 a0001c0001t0001g0161 a0001c0001t0001g0162 a0001c0001t0001g0163 a0001c0001t0001g0164 a0001c0001t0001g0165 a0001c0001t0001g0166 a0001c0001t0001g0169 a0001c0001t0001g0170 a0001c0001t0001g0171 a0001c0001t0001g0173 a0001c0001t0001g0174 a0001c0001t0001g0175 a0001c0001t0001g0184 a0001c0001t0001g0187 a0001c0001t0001g0191 a0001c0001t0001g0192 a0001c0001t0001g0193 a0001c0001t0001g0194 a0001c0001t0001g0195 a0001c0001t0001g0196 a0001c0001t0001g0197 a0001c0001t0001g0199 a0001c0001t0002g0063 a0001c0001t0002g0094 a0001c0001t0002g0098 a0001c0001t0002g0099 a0001c0001t0002g0107 a0001c0001t0002g0138 a0001c0001t0002g0139 a0001c0001t0002g0140 a0001c0001t0002g0156 a0001c0001t0005g0044 a0001c0001t0006g0168 a0001c0004t0001g0030	118	200	0.5900	-1	c.726 others(9): Show c.726+1959delA	ADK	ENSG00000156110.15	transcript	ENST00000539909.6	protein_coding	7/10	INFO_REALIGN_3_PRIME	chr10	TogoVar
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ADK_chr10_74146221_74714290	74535580	AT AT	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01243.hp2 HG02055.hp2 HG02165.hp2 others(3): Show HG01243.hp2 HG02055.hp2 HG02165.hp2 HG02559.hp2 HG02630.hp1 NA18961.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0001 a0001c0001t0003	a0001c0001t0001g0006 a0001c0001t0001g0029 a0001c0001t0001g0089 others(3): Show a0001c0001t0001g0006 a0001c0001t0001g0029 a0001c0001t0001g0089 a0001c0001t0001g0090 a0001c0001t0001g0181 a0001c0001t0003g0056	6	200	0.0300	-1	c.726 others(10): Show c.726+10173delT	ADK	ENSG00000156110.15	transcript	ENST00000539909.6	protein_coding	7/10	INFO_REALIGN_3_PRIME	chr10	TogoVar
ADK_chr10_74146221_74714290	74536481	TA TA	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01243.hp2 HG02055.hp2 HG02145.hp2 others(11): Show HG01243.hp2 HG02055.hp2 HG02145.hp2 HG02559.hp2 HG02615.hp1 HG02630.hp1 HG02630.hp2 HG02723.hp1 HG02818.hp2 HG02965.hp2 HG03098.hp2 HG03453.hp1 HG06807.hp2 NA18906.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0002t0004 a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0002t0004	a0001c0001t0001g0028 a0001c0001t0001g0029 a0001c0001t0001g0064 others(11): Show a0001c0001t0001g0028 a0001c0001t0001g0029 a0001c0001t0001g0064 a0001c0001t0001g0066 a0001c0001t0001g0089 a0001c0001t0001g0090 a0001c0001t0001g0093 a0001c0001t0001g0102 a0001c0001t0001g0103 a0001c0001t0001g0105 a0001c0001t0001g0181 a0001c0001t0002g0063 a0001c0002t0004g0101 a0001c0002t0004g0136	14	200	0.0700	-1	c.726 others(10): Show c.726+11065delA	ADK	ENSG00000156110.15	transcript	ENST00000539909.6	protein_coding	7/10	INFO_REALIGN_3_PRIME	chr10	TogoVar
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