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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ABCD2_chr12_39545033_39624803	39618025	CT CT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00597.hp2 HG00642.hp1 HG00733.hp2 others(38): Show HG00597.hp2 HG00642.hp1 HG00733.hp2 HG01346.hp1 HG01884.hp2 HG02055.hp1 HG02129.hp1 HG02145.hp1 HG02257.hp1 HG02280.hp1 HG02559.hp1 HG02572.hp1 HG02717.hp2 HG02723.hp1 HG02895.hp1 HG02897.hp1 HG02965.hp2 HG03098.hp2 HG03139.hp1 HG03139.hp2 HG03195.hp1 HG03209.hp1 HG03486.hp2 HG03516.hp1 HG03579.hp1 HG03710.hp1 HG06807.hp2 NA18522.hp1 NA18906.hp1 NA18945.hp2 NA18952.hp1 NA18952.hp2 NA18955.hp2 NA18974.hp1 NA18979.hp1 NA18990.hp1 NA19056.hp1 NA19056.hp2 NA19065.hp1 NA19086.hp1 NA20129.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0007 a0001c0001 a0001c0007	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0005 others(6): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0005 a0001c0001t0007 a0001c0001t0009 a0001c0001t0011 a0001c0001t0015 a0001c0001t0023 a0001c0007t0007	a0001c0001t0001g0272 a0001c0001t0001g0273 a0001c0001t0001g0274 others(29): Show a0001c0001t0001g0272 a0001c0001t0001g0273 a0001c0001t0001g0274 a0001c0001t0001g0277 a0001c0001t0001g0280 a0001c0001t0001g0282 a0001c0001t0001g0283 a0001c0001t0001g0284 a0001c0001t0002g0026 a0001c0001t0002g0275 a0001c0001t0002g0276 a0001c0001t0002g0278 a0001c0001t0002g0279 a0001c0001t0002g0281 a0001c0001t0005g0001 a0001c0001t0005g0014 a0001c0001t0005g0086 a0001c0001t0005g0087 a0001c0001t0005g0088 a0001c0001t0005g0089 a0001c0001t0005g0090 a0001c0001t0005g0091 a0001c0001t0005g0092 a0001c0001t0007g0082 a0001c0001t0007g0084 a0001c0001t0007g0085 a0001c0001t0009g0013 a0001c0001t0011g0081 a0001c0001t0015g0093 a0001c0001t0015g0094 a0001c0001t0023g0080 a0001c0007t0007g0083	41	340	0.1206	-1	c.939 others(8): Show c.939+651delA	ABCD2	ENSG00000173208.4	transcript	ENST00000308666.4	protein_coding	1/9			chr12	TogoVar
ABCD2_chr12_39545033_39624803	39621087	CT CT	C C	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG01192.hp2 HG02040.hp2 HG02109.hp1 others(10): Show HG01192.hp2 HG02040.hp2 HG02109.hp1 HG02129.hp1 HG02451.hp2 HG02896.hp1 HG02897.hp2 HG03130.hp2 HG03195.hp2 HG03710.hp1 NA18942.hp2 NA18950.hp1 NA18986.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0009 others(2): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0009 a0001c0001t0010 a0001c0001t0018	a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0012 a0001c0001t0001g0237 others(8): Show a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0012 a0001c0001t0001g0237 a0001c0001t0001g0246 a0001c0001t0002g0167 a0001c0001t0009g0013 a0001c0001t0009g0038 a0001c0001t0010g0011 a0001c0001t0010g0074 a0001c0001t0010g0076 a0001c0001t0018g0073	13	340	0.0382	-1	c.-14 others(6): Show c.-1473delA	ABCD2	ENSG00000173208.4	transcript	ENST00000308666.4	protein_coding		1285		chr12	TogoVar
ABCD3_chr1_94413389_94523663	94426848	AT AT	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00280.hp1 HG00280.hp2 HG00323.hp1 others(231): Show HG00280.hp1 HG00280.hp2 HG00323.hp1 HG00408.hp1 HG00408.hp2 HG00423.hp1 HG00423.hp2 HG00438.hp1 HG00544.hp1 HG00609.hp1 HG00609.hp2 HG00621.hp1 HG00639.hp2 HG00642.hp2 HG00673.hp1 HG00673.hp2 HG00735.hp2 HG00741.hp1 HG01074.hp1 HG01074.hp2 HG01106.hp2 HG01109.hp2 HG01167.hp1 HG01168.hp1 HG01168.hp2 HG01169.hp1 HG01175.hp1 HG01192.hp1 HG01256.hp2 HG01358.hp2 HG01496.hp2 HG01516.hp1 HG01517.hp1 HG01884.hp1 HG01928.hp1 HG01928.hp2 HG01943.hp1 HG01952.hp1 HG01975.hp1 HG01978.hp2 HG01981.hp1 HG01981.hp2 HG01993.hp1 HG01993.hp2 HG02004.hp1 HG02015.hp1 HG02040.hp1 HG02040.hp2 HG02055.hp1 HG02055.hp2 HG02056.hp1 HG02074.hp1 HG02080.hp1 HG02080.hp2 HG02083.hp1 HG02109.hp2 HG02129.hp1 HG02129.hp2 HG02135.hp1 HG02135.hp2 HG02148.hp1 HG02155.hp1 HG02155.hp2 HG02165.hp2 HG02257.hp1 HG02258.hp2 HG02280.hp1 HG02300.hp2 HG02451.hp2 HG02486.hp2 HG02559.hp2 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