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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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regionname	pos	ref	alt	annotation	impact	samples	ahapids	achapids	acthapids	actghapids	ac	an	af	len	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	distance	status	chr	external
ABCG1_chr21_42214140_42302244	42284042	AC AC	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02258.hp2 HG02572.hp2 HG02683.hp2 others(5): Show HG02258.hp2 HG02572.hp2 HG02683.hp2 HG02717.hp1 HG02976.hp2 HG03098.hp2 NA19030.hp2 NA19043.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 others(1): Show a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0026	a0001c0001t0002g0183 a0001c0001t0002g0219 a0001c0001t0002g0222 others(5): Show a0001c0001t0002g0183 a0001c0001t0002g0219 a0001c0001t0002g0222 a0001c0001t0003g0234 a0001c0001t0003g0310 a0001c0001t0004g0268 a0001c0001t0004g0283 a0001c0001t0026g0318	8	354	0.0226	-1	c.735 others(8): Show c.735-511delC	ABCG1	ENSG00000160179.19	transcript	ENST00000398449.8	protein_coding	6/14		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr21	TogoVar
ABCG1_chr21_42214140_42302244	42284139	TC TC	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00408.hp1 HG00423.hp2 HG00639.hp2 others(60): Show HG00408.hp1 HG00423.hp2 HG00639.hp2 HG00738.hp2 HG01069.hp2 HG01070.hp1 HG01071.hp2 HG01106.hp1 HG01168.hp1 HG01169.hp2 HG01243.hp2 HG01256.hp1 HG01257.hp2 HG01261.hp2 HG01346.hp1 HG01433.hp1 HG01515.hp1 HG01978.hp1 HG02027.hp2 HG02055.hp2 HG02083.hp1 HG02132.hp1 HG02145.hp2 HG02257.hp2 HG02258.hp2 HG02273.hp2 HG02293.hp1 HG02293.hp2 HG02451.hp2 HG02486.hp1 HG02572.hp2 HG02622.hp1 HG02698.hp2 HG02717.hp1 HG02735.hp2 HG02922.hp1 HG02965.hp2 HG02976.hp2 HG03017.hp1 HG03017.hp2 HG03041.hp1 HG03098.hp2 HG03130.hp2 HG03486.hp1 HG03491.hp1 HG03669.hp2 HG03688.hp1 HG03831.hp1 HG03942.hp1 HG04204.hp2 NA18939.hp1 NA18955.hp1 NA18955.hp2 NA18957.hp1 NA18980.hp2 NA18983.hp2 NA18989.hp1 NA18999.hp2 NA19000.hp2 NA19007.hp2 NA19074.hp2 NA21309.hp1 homoSapiens_chm13v2.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0001 a0001c0003	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(12): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0001t0006 a0001c0001t0007 a0001c0001t0009 a0001c0001t0011 a0001c0001t0021 a0001c0001t0022 a0001c0001t0024 a0001c0001t0026 a0001c0003t0005 a0001c0003t0006	a0001c0001t0001g0089 a0001c0001t0001g0091 a0001c0001t0001g0097 others(60): Show a0001c0001t0001g0089 a0001c0001t0001g0091 a0001c0001t0001g0097 a0001c0001t0001g0156 a0001c0001t0001g0171 a0001c0001t0001g0172 a0001c0001t0001g0185 a0001c0001t0001g0206 a0001c0001t0001g0209 a0001c0001t0001g0210 a0001c0001t0001g0235 a0001c0001t0001g0244 a0001c0001t0001g0254 a0001c0001t0001g0263 a0001c0001t0001g0284 a0001c0001t0001g0335 a0001c0001t0001g0336 a0001c0001t0002g0104 a0001c0001t0002g0120 a0001c0001t0002g0134 a0001c0001t0002g0137 a0001c0001t0002g0178 a0001c0001t0002g0179 a0001c0001t0002g0188 a0001c0001t0002g0189 a0001c0001t0002g0219 a0001c0001t0002g0220 a0001c0001t0002g0222 a0001c0001t0002g0266 a0001c0001t0002g0286 a0001c0001t0002g0288 a0001c0001t0002g0289 a0001c0001t0002g0293 a0001c0001t0002g0340 a0001c0001t0002g0341 a0001c0001t0003g0084 a0001c0001t0003g0088 a0001c0001t0003g0105 a0001c0001t0003g0106 a0001c0001t0003g0118 a0001c0001t0003g0130 a0001c0001t0003g0138 a0001c0001t0003g0153 a0001c0001t0003g0225 a0001c0001t0003g0228 a0001c0001t0003g0234 a0001c0001t0004g0267 a0001c0001t0004g0268 a0001c0001t0005g0021 a0001c0001t0006g0064 a0001c0001t0007g0046 a0001c0001t0007g0055 a0001c0001t0009g0223 a0001c0001t0011g0039 a0001c0001t0011g0043 a0001c0001t0011g0045 a0001c0001t0011g0057 a0001c0001t0021g0008 a0001c0001t0022g0022 a0001c0001t0024g0101 a0001c0001t0026g0318 a0001c0003t0005g0048 a0001c0003t0006g0044	63	354	0.1780	-1	c.735 others(8): Show c.735-414delC	ABCG1	ENSG00000160179.19	transcript	ENST00000398449.8	protein_coding	6/14		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr21	TogoVar
ABCG1_chr21_42214140_42302244	42295333	TA TA	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp2 HG00140.hp2 HG00280.hp2 others(13): Show HG00099.hp2 HG00140.hp2 HG00280.hp2 HG00621.hp2 HG00741.hp1 HG01074.hp1 HG01975.hp2 HG02071.hp1 HG02071.hp2 HG02273.hp2 HG02293.hp2 HG03490.hp1 HG03654.hp1 HG03704.hp1 NA18989.hp2 NA20129.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0005 a0001c0001 a0001c0003 a0001c0005	a0001c0001t0001 a0001c0001t0006 a0001c0001t0008 others(5): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0006 a0001c0001t0008 a0001c0001t0011 a0001c0001t0022 a0001c0001t0028 a0001c0003t0008 a0001c0005t0008	a0001c0001t0001g0128 a0001c0001t0001g0159 a0001c0001t0001g0186 others(13): Show a0001c0001t0001g0128 a0001c0001t0001g0159 a0001c0001t0001g0186 a0001c0001t0001g0192 a0001c0001t0001g0211 a0001c0001t0001g0290 a0001c0001t0001g0342 a0001c0001t0006g0034 a0001c0001t0006g0056 a0001c0001t0008g0194 a0001c0001t0011g0057 a0001c0001t0022g0022 a0001c0001t0028g0306 a0001c0003t0008g0117 a0001c0005t0008g0131 a0001c0005t0008g0314	16	354	0.0452	-1	c.177 others(9): Show c.1772+717delA	ABCG1	ENSG00000160179.19	transcript	ENST00000398449.8	protein_coding	14/14		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr21	TogoVar
ABCG1_chr21_42214140_42302244	42298511	CT CT	C C	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG02622.hp2 HG02886.hp1 NA19240.hp2 HG02622.hp2 HG02886.hp1 NA19240.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0012 a0001c0001 a0001c0012	a0001c0001t0004 a0001c0001t0014 a0001c0012t0004 a0001c0001t0004 a0001c0001t0014 a0001c0012t0004	a0001c0001t0004g0279 a0001c0001t0014g0062 a0001c0012t0004g0276 a0001c0001t0004g0279 a0001c0001t0014g0062 a0001c0012t0004g0276	3	354	0.0085	-1	c.21 others(6): Show c.2120delT	ABCG1	ENSG00000160179.19	transcript	ENST00000398449.8	protein_coding		1268		chr21	TogoVar
ABCG1_chr21_42214140_42302244	42298619	TG TG	T T	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG02622.hp2 HG02886.hp1 NA19240.hp2 HG02622.hp2 HG02886.hp1 NA19240.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0012 a0001c0001 a0001c0012	a0001c0001t0004 a0001c0001t0014 a0001c0012t0004 a0001c0001t0004 a0001c0001t0014 a0001c0012t0004	a0001c0001t0004g0279 a0001c0001t0014g0062 a0001c0012t0004g0276 a0001c0001t0004g0279 a0001c0001t0014g0062 a0001c0012t0004g0276	3	354	0.0085	-1	c.22 others(6): Show c.2228delG	ABCG1	ENSG00000160179.19	transcript	ENST00000398449.8	protein_coding		1376		chr21	TogoVar
ABCG1_chr21_42214140_42302244	42302050	GT GT	G G	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00140.hp1 HG00323.hp1 others(206): Show HG00099.hp1 HG00140.hp1 HG00323.hp1 HG00323.hp2 HG00408.hp1 HG00408.hp2 HG00423.hp1 HG00438.hp1 HG00438.hp2 HG00544.hp1 HG00544.hp2 HG00558.hp1 HG00558.hp2 HG00609.hp2 HG00621.hp1 HG00639.hp2 HG00642.hp1 HG00735.hp1 HG00735.hp2 HG00738.hp1 HG00741.hp2 HG01069.hp2 HG01071.hp2 HG01074.hp2 HG01081.hp2 HG01099.hp1 HG01099.hp2 HG01106.hp1 HG01106.hp2 HG01109.hp2 HG01123.hp1 HG01123.hp2 HG01167.hp2 HG01168.hp1 HG01168.hp2 HG01169.hp1 HG01169.hp2 HG01175.hp1 HG01192.hp2 HG01243.hp1 HG01255.hp1 HG01255.hp2 HG01256.hp1 HG01256.hp2 HG01257.hp1 HG01258.hp1 HG01258.hp2 HG01261.hp2 HG01346.hp1 HG01346.hp2 HG01433.hp1 HG01433.hp2 HG01496.hp1 HG01496.hp2 HG01515.hp1 HG01515.hp2 HG01516.hp2 HG01517.hp1 HG01517.hp2 HG01981.hp1 HG01981.hp2 HG01993.hp1 HG01993.hp2 HG02004.hp2 HG02015.hp1 HG02040.hp2 HG02055.hp1 HG02080.hp2 HG02109.hp1 HG02109.hp2 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