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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ABHD12B_chr14_50867053_50909970	50909570	AC AC	A A	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00609.hp2 HG01884.hp2 HG01981.hp1 others(18): Show HG00609.hp2 HG01884.hp2 HG01981.hp1 HG01993.hp1 HG02004.hp1 HG02300.hp2 HG03669.hp2 HG03927.hp2 NA18942.hp2 NA18944.hp2 NA18979.hp1 NA18989.hp1 NA18990.hp1 NA19007.hp1 NA19043.hp2 NA19057.hp2 NA19074.hp1 NA19074.hp2 NA19079.hp1 NA19087.hp2 NA20300.hp2	a0001 a0009 a0001 a0009	a0001c0005 a0001c0011 a0009c0017 a0001c0005 a0001c0011 a0009c0017	a0001c0005t0004 a0001c0005t0007 a0001c0005t0008 others(2): Show a0001c0005t0004 a0001c0005t0007 a0001c0005t0008 a0001c0011t0007 a0009c0017t0006	a0001c0005t0004g0017 a0001c0005t0004g0126 a0001c0005t0004g0132 others(16): Show a0001c0005t0004g0017 a0001c0005t0004g0126 a0001c0005t0004g0132 a0001c0005t0004g0137 a0001c0005t0004g0159 a0001c0005t0004g0252 a0001c0005t0004g0261 a0001c0005t0004g0264 a0001c0005t0004g0312 a0001c0005t0004g0328 a0001c0005t0004g0333 a0001c0005t0004g0341 a0001c0005t0004g0343 a0001c0005t0004g0347 a0001c0005t0004g0352 a0001c0005t0007g0005 a0001c0005t0008g0215 a0001c0011t0007g0114 a0009c0017t0006g0224	21	376	0.0559	-1	c.52 others(6): Show c.5205delC	ABHD12B	ENSG00000131969.15	transcript	ENST00000337334.7	protein_coding		4601		chr14	TogoVar
ABHD12_chr20_25295214_25395835	25298268	TG TG	T T	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00140.hp2 HG00280.hp2 others(161): Show HG00099.hp1 HG00140.hp2 HG00280.hp2 HG00423.hp1 HG00423.hp2 HG00438.hp1 HG00438.hp2 HG00544.hp2 HG00597.hp1 HG00597.hp2 HG00609.hp1 HG00609.hp2 HG00621.hp1 HG00621.hp2 HG00639.hp2 HG00642.hp1 HG00735.hp2 HG00741.hp2 HG01069.hp1 HG01069.hp2 HG01071.hp1 HG01071.hp2 HG01081.hp1 HG01106.hp2 HG01109.hp2 HG01123.hp1 HG01167.hp2 HG01192.hp1 HG01256.hp2 HG01257.hp1 HG01258.hp1 HG01346.hp2 HG01358.hp2 HG01361.hp1 HG01496.hp2 HG01891.hp1 HG01934.hp1 HG01943.hp1 HG01978.hp1 HG01981.hp2 HG01993.hp2 HG02004.hp1 HG02027.hp2 HG02040.hp1 HG02040.hp2 HG02055.hp1 HG02056.hp1 HG02056.hp2 HG02083.hp2 HG02109.hp1 HG02129.hp1 HG02129.hp2 HG02132.hp1 HG02132.hp2 HG02145.hp1 HG02148.hp2 HG02155.hp1 HG02155.hp2 HG02165.hp1 HG02165.hp2 HG02257.hp1 HG02258.hp1 HG02280.hp2 HG02300.hp1 HG02300.hp2 HG02451.hp1 HG02523.hp2 HG02572.hp1 HG02602.hp1 HG02647.hp1 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