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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ABHD14B_chr3_51963515_51979049	51973505	GT GT	G G	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01175.hp2 HG01257.hp2 HG02258.hp1 others(11): Show HG01175.hp2 HG01257.hp2 HG02258.hp1 HG02572.hp2 HG02976.hp2 HG03710.hp1 HG03710.hp2 HG04184.hp1 NA18944.hp1 NA18992.hp1 NA18992.hp2 NA18995.hp2 NA18998.hp1 NA18998.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0006 a0001c0001t0001 a0001c0001t0006	a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0017 a0001c0001t0001g0052 others(1): Show a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0017 a0001c0001t0001g0052 a0001c0001t0006g0016	14	324	0.0432	-1	c.-29 others(8): Show c.-29+459delA	ABHD14B	ENSG00000114779.20	transcript	ENST00000361143.10	protein_coding	1/3			chr3	TogoVar
ABHD15_chr17_29555547_29572037	29558392	CT CT	C C	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG02486.hp2 HG02818.hp1 HG03540.hp2 others(1): Show HG02486.hp2 HG02818.hp1 HG03540.hp2 NA20300.hp1	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0005 others(1): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0005 a0002c0003	a0001c0001t0001 a0001c0002t0001 a0001c0005t0001 others(1): Show a0001c0001t0001 a0001c0002t0001 a0001c0005t0001 a0002c0003t0001	a0001c0001t0001g0019 a0001c0002t0001g0011 a0001c0005t0001g0018 others(1): Show a0001c0001t0001g0019 a0001c0002t0001g0011 a0001c0005t0001g0018 a0002c0003t0001g0014	4	418	0.0096	-1	c.41 others(6): Show c.4168delA	ABHD15	ENSG00000168792.5	transcript	ENST00000307201.5	protein_coding		2154		chr17	TogoVar
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