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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ABHD2_chr15_89083456_89207355	89130872	TA TA	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01106.hp1 HG02451.hp2 HG02965.hp2 others(5): Show HG01106.hp1 HG02451.hp2 HG02965.hp2 HG03130.hp1 HG03195.hp1 HG03486.hp1 HG03516.hp2 NA18522.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0004	a0001c0001t0001g0018 a0001c0001t0001g0019 a0001c0001t0001g0091 others(5): Show a0001c0001t0001g0018 a0001c0001t0001g0019 a0001c0001t0001g0091 a0001c0001t0001g0148 a0001c0001t0002g0219 a0001c0001t0004g0003 a0001c0001t0004g0092 a0001c0001t0004g0093	8	234	0.0342	-1	c.194 others(10): Show c.194+14354delA	ABHD2	ENSG00000140526.18	transcript	ENST00000352732.10	protein_coding	3/10		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr15	TogoVar
ABHD2_chr15_89083456_89207355	89133834	AT AT	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00741.hp1 HG01109.hp1 HG01256.hp1 others(20): Show HG00741.hp1 HG01109.hp1 HG01256.hp1 HG01258.hp2 HG02451.hp2 HG02572.hp2 HG02602.hp1 HG02602.hp2 HG02630.hp2 HG02735.hp1 HG02922.hp1 HG03041.hp2 HG03490.hp1 HG03492.hp2 HG03688.hp2 HG03927.hp2 HG04115.hp2 HG04204.hp2 HG04228.hp1 NA18975.hp1 NA18984.hp1 NA18992.hp2 NA19240.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0008 a0001c0009 a0001c0001 a0001c0008 a0001c0009	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 others(9): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 a0001c0001t0011 a0001c0001t0019 a0001c0001t0029 a0001c0001t0031 a0001c0001t0032 a0001c0001t0042 a0001c0001t0043 a0001c0008t0001 a0001c0009t0012	a0001c0001t0001g0028 a0001c0001t0001g0052 a0001c0001t0001g0060 others(20): Show a0001c0001t0001g0028 a0001c0001t0001g0052 a0001c0001t0001g0060 a0001c0001t0001g0087 a0001c0001t0001g0117 a0001c0001t0001g0146 a0001c0001t0001g0198 a0001c0001t0001g0213 a0001c0001t0001g0221 a0001c0001t0002g0161 a0001c0001t0004g0092 a0001c0001t0011g0138 a0001c0001t0011g0171 a0001c0001t0011g0208 a0001c0001t0019g0063 a0001c0001t0019g0064 a0001c0001t0029g0122 a0001c0001t0031g0229 a0001c0001t0032g0034 a0001c0001t0042g0057 a0001c0001t0043g0137 a0001c0008t0001g0228 a0001c0009t0012g0027	23	234	0.0983	-1	c.194 others(10): Show c.194+17333delT	ABHD2	ENSG00000140526.18	transcript	ENST00000352732.10	protein_coding	3/10		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr15	TogoVar
ABHD2_chr15_89083456_89207355	89136092	AT AT	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01243.hp2 HG01884.hp1 HG02145.hp2 others(7): Show HG01243.hp2 HG01884.hp1 HG02145.hp2 HG02258.hp1 HG02559.hp1 HG03098.hp1 HG03098.hp2 HG03471.hp2 NA18522.hp2 NA20300.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0004 a0001c0001 a0001c0002 a0001c0004	a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0001c0001t0008 others(4): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0001c0001t0008 a0001c0001t0010 a0001c0001t0016 a0001c0002t0017 a0001c0004t0012	a0001c0001t0001g0006 a0001c0001t0001g0098 a0001c0001t0004g0083 others(7): Show a0001c0001t0001g0006 a0001c0001t0001g0098 a0001c0001t0004g0083 a0001c0001t0008g0102 a0001c0001t0010g0007 a0001c0001t0010g0035 a0001c0001t0016g0147 a0001c0002t0017g0005 a0001c0002t0017g0008 a0001c0004t0012g0001	10	234	0.0427	-1	c.195 others(10): Show c.195-15570delT	ABHD2	ENSG00000140526.18	transcript	ENST00000352732.10	protein_coding	3/10		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr15	TogoVar
ABHD2_chr15_89083456_89207355	89138854	CT CT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01109.hp1 HG01952.hp1 HG02109.hp1 others(14): Show HG01109.hp1 HG01952.hp1 HG02109.hp1 HG02622.hp1 HG02622.hp2 HG02809.hp1 HG02896.hp2 HG02965.hp2 HG02970.hp1 HG03130.hp1 HG03195.hp2 HG03453.hp2 HG03516.hp2 HG06807.hp2 NA18522.hp1 NA19030.hp1 NA20129.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0008 a0001c0001 a0001c0002 a0001c0008	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 others(4): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 a0001c0001t0008 a0001c0001t0010 a0001c0002t0007 a0001c0008t0001	a0001c0001t0001g0068 a0001c0001t0001g0091 a0001c0001t0001g0097 others(14): Show a0001c0001t0001g0068 a0001c0001t0001g0091 a0001c0001t0001g0097 a0001c0001t0001g0099 a0001c0001t0001g0148 a0001c0001t0001g0149 a0001c0001t0001g0183 a0001c0001t0002g0151 a0001c0001t0004g0003 a0001c0001t0004g0016 a0001c0001t0004g0093 a0001c0001t0004g0150 a0001c0001t0008g0011 a0001c0001t0010g0012 a0001c0002t0007g0020 a0001c0002t0007g0153 a0001c0008t0001g0228	17	234	0.0727	-1	c.195 others(10): Show c.195-12812delT	ABHD2	ENSG00000140526.18	transcript	ENST00000352732.10	protein_coding	3/10		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr15	TogoVar
ABHD2_chr15_89083456_89207355	89140972	CT CT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00140.hp1 HG00280.hp1 HG00738.hp2 others(45): Show HG00140.hp1 HG00280.hp1 HG00738.hp2 HG00741.hp1 HG01081.hp2 HG01099.hp1 HG01256.hp1 HG01258.hp2 HG01361.hp2 HG01517.hp1 HG02004.hp1 HG02040.hp2 HG02602.hp1 HG02602.hp2 HG02622.hp2 HG02630.hp2 HG02735.hp1 HG02738.hp1 HG02965.hp2 HG03130.hp1 HG03239.hp1 HG03453.hp2 HG03490.hp1 HG03492.hp2 HG03516.hp2 HG03688.hp1 HG03688.hp2 HG03704.hp1 HG03831.hp2 HG03927.hp2 HG04115.hp2 HG04204.hp2 HG04228.hp1 HG04228.hp2 HG06807.hp1 NA18522.hp1 NA18975.hp1 NA18975.hp2 NA18984.hp1 NA18990.hp2 NA18992.hp2 NA19000.hp2 NA19030.hp1 NA19030.hp2 NA19065.hp2 NA20129.hp2 NA20752.hp2 NA21309.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(12): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0001t0009 a0001c0001t0011 a0001c0001t0014 a0001c0001t0019 a0001c0001t0020 a0001c0001t0029 a0001c0001t0031 a0001c0001t0042 a0001c0001t0043 a0001c0002t0007	a0001c0001t0001g0015 a0001c0001t0001g0046 a0001c0001t0001g0052 others(45): Show a0001c0001t0001g0015 a0001c0001t0001g0046 a0001c0001t0001g0052 a0001c0001t0001g0060 a0001c0001t0001g0068 a0001c0001t0001g0075 a0001c0001t0001g0087 a0001c0001t0001g0091 a0001c0001t0001g0117 a0001c0001t0001g0146 a0001c0001t0001g0148 a0001c0001t0001g0158 a0001c0001t0001g0160 a0001c0001t0001g0172 a0001c0001t0001g0181 a0001c0001t0001g0183 a0001c0001t0001g0198 a0001c0001t0001g0213 a0001c0001t0001g0221 a0001c0001t0002g0039 a0001c0001t0002g0050 a0001c0001t0002g0053 a0001c0001t0002g0054 a0001c0001t0002g0055 a0001c0001t0002g0071 a0001c0001t0002g0107 a0001c0001t0002g0161 a0001c0001t0002g0169 a0001c0001t0002g0210 a0001c0001t0003g0061 a0001c0001t0003g0230 a0001c0001t0004g0003 a0001c0001t0004g0016 a0001c0001t0004g0093 a0001c0001t0005g0037 a0001c0001t0009g0081 a0001c0001t0011g0076 a0001c0001t0011g0138 a0001c0001t0011g0208 a0001c0001t0014g0059 a0001c0001t0019g0063 a0001c0001t0019g0064 a0001c0001t0020g0058 a0001c0001t0029g0122 a0001c0001t0031g0229 a0001c0001t0042g0057 a0001c0001t0043g0137 a0001c0002t0007g0020	48	234	0.2051	-1	c.195 others(10): Show c.195-10693delT	ABHD2	ENSG00000140526.18	transcript	ENST00000352732.10	protein_coding	3/10		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr15	TogoVar
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