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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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regionname	pos	ref	alt	annotation	impact	samples	ahapids	achapids	acthapids	actghapids	ac	an	af	len	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	distance	status	chr	external
ABHD3_chr18_21645901_21709774	21700952	CA CA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00140.hp2 HG00323.hp2 HG00408.hp2 others(118): Show HG00140.hp2 HG00323.hp2 HG00408.hp2 HG00438.hp1 HG00621.hp1 HG00639.hp1 HG00673.hp2 HG01069.hp2 HG01070.hp1 HG01081.hp2 HG01106.hp1 HG01106.hp2 HG01109.hp1 HG01123.hp2 HG01167.hp1 HG01167.hp2 HG01256.hp1 HG01256.hp2 HG01257.hp1 HG01358.hp1 HG01358.hp2 HG01884.hp1 HG01884.hp2 HG01891.hp1 HG01943.hp1 HG01952.hp1 HG01952.hp2 HG01981.hp1 HG01981.hp2 HG02004.hp1 HG02015.hp2 HG02027.hp1 HG02027.hp2 HG02040.hp2 HG02056.hp2 HG02074.hp2 HG02083.hp2 HG02132.hp2 HG02148.hp2 HG02165.hp2 HG02258.hp1 HG02258.hp2 HG02280.hp1 HG02451.hp1 HG02451.hp2 HG02622.hp2 HG02647.hp2 HG02683.hp1 HG02717.hp2 HG02723.hp2 HG02738.hp1 HG02809.hp1 HG02818.hp1 HG02818.hp2 HG02896.hp2 HG02897.hp2 HG02922.hp1 HG02922.hp2 HG03098.hp2 HG03130.hp1 HG03139.hp2 HG03195.hp1 HG03225.hp2 HG03239.hp1 HG03239.hp2 HG03471.hp1 HG03486.hp1 HG03492.hp1 HG03492.hp2 HG03540.hp1 HG03654.hp2 HG03704.hp2 HG03710.hp2 HG03831.hp1 HG03927.hp1 HG04115.hp1 HG04115.hp2 HG04184.hp1 HG04204.hp1 HG04228.hp1 HG04228.hp2 NA18522.hp2 NA18612.hp1 NA18612.hp2 NA18906.hp2 NA18939.hp1 NA18941.hp2 NA18946.hp2 NA18954.hp1 NA18957.hp2 NA18959.hp2 NA18964.hp1 NA18967.hp2 NA18968.hp2 NA18971.hp2 NA18973.hp1 NA18974.hp1 NA18974.hp2 NA18979.hp1 NA18979.hp2 NA18980.hp2 NA18986.hp1 NA18986.hp2 NA18994.hp2 NA19002.hp2 NA19003.hp1 NA19005.hp2 NA19030.hp1 NA19030.hp2 NA19043.hp1 NA19054.hp1 NA19056.hp1 NA19064.hp1 NA19067.hp2 NA19070.hp2 NA19079.hp2 NA19085.hp2 NA19086.hp1 NA20129.hp1 NA20300.hp1 NA20905.hp2	a0001 a0003 a0001 a0003	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0008 others(1): Show a0001c0001 a0001c0003 a0001c0008 a0003c0006	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(14): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0001t0006 a0001c0001t0007 a0001c0001t0009 a0001c0001t0011 a0001c0001t0013 a0001c0001t0014 a0001c0001t0015 a0001c0001t0016 a0001c0003t0002 a0001c0003t0011 a0001c0008t0002 a0003c0006t0002	a0001c0001t0001g0006 a0001c0001t0001g0008 a0001c0001t0001g0013 others(117): Show a0001c0001t0001g0006 a0001c0001t0001g0008 a0001c0001t0001g0013 a0001c0001t0001g0014 a0001c0001t0001g0015 a0001c0001t0001g0036 a0001c0001t0001g0037 a0001c0001t0001g0038 a0001c0001t0001g0039 a0001c0001t0001g0040 a0001c0001t0001g0041 a0001c0001t0001g0042 a0001c0001t0001g0043 a0001c0001t0001g0044 a0001c0001t0001g0045 a0001c0001t0001g0047 a0001c0001t0001g0048 a0001c0001t0001g0049 a0001c0001t0001g0050 a0001c0001t0001g0051 a0001c0001t0001g0134 a0001c0001t0001g0135 a0001c0001t0001g0136 a0001c0001t0002g0005 a0001c0001t0002g0140 a0001c0001t0002g0141 a0001c0001t0002g0142 a0001c0001t0002g0143 a0001c0001t0002g0144 a0001c0001t0002g0147 a0001c0001t0002g0148 a0001c0001t0002g0149 a0001c0001t0002g0150 a0001c0001t0002g0152 a0001c0001t0002g0153 a0001c0001t0002g0155 a0001c0001t0002g0156 a0001c0001t0002g0157 a0001c0001t0002g0158 a0001c0001t0002g0159 a0001c0001t0002g0161 a0001c0001t0002g0162 a0001c0001t0002g0163 a0001c0001t0002g0172 a0001c0001t0002g0174 a0001c0001t0002g0175 a0001c0001t0002g0176 a0001c0001t0002g0177 a0001c0001t0002g0178 a0001c0001t0002g0179 a0001c0001t0002g0180 a0001c0001t0002g0181 a0001c0001t0002g0182 a0001c0001t0002g0183 a0001c0001t0002g0184 a0001c0001t0002g0185 a0001c0001t0002g0186 a0001c0001t0002g0187 a0001c0001t0002g0188 a0001c0001t0002g0189 a0001c0001t0002g0190 a0001c0001t0002g0192 a0001c0001t0002g0193 a0001c0001t0002g0195 a0001c0001t0002g0196 a0001c0001t0002g0199 a0001c0001t0002g0200 a0001c0001t0002g0201 a0001c0001t0002g0203 a0001c0001t0002g0204 a0001c0001t0002g0206 a0001c0001t0002g0207 a0001c0001t0002g0208 a0001c0001t0002g0209 a0001c0001t0002g0210 a0001c0001t0002g0212 a0001c0001t0002g0213 a0001c0001t0002g0214 a0001c0001t0002g0215 a0001c0001t0002g0216 a0001c0001t0002g0217 a0001c0001t0002g0218 a0001c0001t0002g0226 a0001c0001t0003g0251 a0001c0001t0003g0253 a0001c0001t0003g0254 a0001c0001t0003g0255 a0001c0001t0003g0257 a0001c0001t0003g0263 a0001c0001t0003g0264 a0001c0001t0003g0265 a0001c0001t0003g0266 a0001c0001t0003g0267 a0001c0001t0003g0268 a0001c0001t0003g0269 a0001c0001t0004g0252 a0001c0001t0004g0256 a0001c0001t0004g0272 a0001c0001t0005g0276 a0001c0001t0005g0277 a0001c0001t0006g0151 a0001c0001t0006g0154 a0001c0001t0006g0198 a0001c0001t0007g0285 a0001c0001t0007g0286 a0001c0001t0007g0287 a0001c0001t0009g0160 a0001c0001t0009g0202 a0001c0001t0011g0289 a0001c0001t0013g0012 a0001c0001t0014g0139 a0001c0001t0015g0211 a0001c0001t0016g0164 a0001c0003t0002g0173 a0001c0003t0002g0191 a0001c0003t0002g0194 a0001c0003t0002g0197 a0001c0003t0011g0288 a0001c0008t0002g0250 a0003c0006t0002g0205	121	304	0.3980	-1	c.509 others(9): Show c.509+1363delT	ABHD3	ENSG00000158201.10	transcript	ENST00000289119.7	protein_coding	3/8			chr18	TogoVar
ABHD3_chr18_21645901_21709774	21703218	AC AC	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01952.hp2 HG02451.hp1 HG02451.hp2 others(13): Show HG01952.hp2 HG02451.hp1 HG02451.hp2 HG02523.hp1 HG02559.hp1 HG02723.hp2 HG02818.hp2 HG02922.hp1 HG03041.hp2 HG03130.hp1 HG03139.hp2 HG03471.hp1 HG03486.hp2 HG03540.hp1 NA19030.hp1 NA20129.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0001 a0001c0003	a0001c0001t0002 a0001c0001t0005 a0001c0001t0007 others(4): Show a0001c0001t0002 a0001c0001t0005 a0001c0001t0007 a0001c0001t0010 a0001c0001t0011 a0001c0001t0017 a0001c0003t0011	a0001c0001t0002g0140 a0001c0001t0002g0141 a0001c0001t0002g0142 others(13): Show a0001c0001t0002g0140 a0001c0001t0002g0141 a0001c0001t0002g0142 a0001c0001t0002g0143 a0001c0001t0002g0226 a0001c0001t0002g0227 a0001c0001t0005g0276 a0001c0001t0005g0277 a0001c0001t0007g0285 a0001c0001t0007g0286 a0001c0001t0007g0287 a0001c0001t0010g0274 a0001c0001t0010g0275 a0001c0001t0011g0289 a0001c0001t0017g0284 a0001c0003t0011g0288	16	304	0.0526	-1	c.326 others(8): Show c.326+365delG	ABHD3	ENSG00000158201.10	transcript	ENST00000289119.7	protein_coding	2/8			chr18	TogoVar
ABHD3_chr18_21645901_21709774	21709315	CA CA	C C	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG00140.hp1 HG00140.hp2 HG00280.hp1 others(283): Show HG00140.hp1 HG00140.hp2 HG00280.hp1 HG00280.hp2 HG00323.hp1 HG00323.hp2 HG00408.hp1 HG00408.hp2 HG00438.hp1 HG00438.hp2 HG00544.hp1 HG00544.hp2 HG00558.hp1 HG00558.hp2 HG00621.hp1 HG00621.hp2 HG00639.hp1 HG00639.hp2 HG00673.hp1 HG00673.hp2 HG00735.hp1 HG00735.hp2 HG00741.hp2 HG01069.hp1 HG01069.hp2 HG01070.hp1 HG01070.hp2 HG01074.hp1 HG01074.hp2 HG01081.hp1 HG01081.hp2 HG01106.hp1 HG01106.hp2 HG01109.hp1 HG01109.hp2 HG01123.hp1 HG01123.hp2 HG01167.hp1 HG01167.hp2 HG01243.hp1 HG01256.hp1 HG01256.hp2 HG01257.hp1 HG01257.hp2 HG01261.hp1 HG01261.hp2 HG01358.hp1 HG01358.hp2 HG01361.hp1 HG01361.hp2 HG01515.hp1 HG01515.hp2 HG01884.hp1 HG01884.hp2 HG01891.hp1 HG01891.hp2 HG01928.hp1 HG01928.hp2 HG01934.hp1 HG01934.hp2 HG01943.hp1 HG01943.hp2 HG01952.hp1 HG01952.hp2 HG01975.hp1 HG01975.hp2 HG01978.hp2 HG01981.hp2 HG02004.hp1 HG02004.hp2 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