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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ABI1_chr10_26741596_26865958	26853300	CT CT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00323.hp1 HG00408.hp2 others(77): Show HG00099.hp1 HG00323.hp1 HG00408.hp2 HG00544.hp1 HG00558.hp1 HG00639.hp1 HG00642.hp1 HG00673.hp2 HG01069.hp2 HG01081.hp2 HG01106.hp2 HG01109.hp2 HG01169.hp2 HG01192.hp2 HG01261.hp2 HG01358.hp1 HG01981.hp1 HG02015.hp2 HG02040.hp1 HG02132.hp1 HG02135.hp2 HG02257.hp1 HG02523.hp2 HG02630.hp1 HG02698.hp2 HG02723.hp1 HG02738.hp1 HG02895.hp1 HG02897.hp2 HG02965.hp1 HG03017.hp1 HG03041.hp1 HG03130.hp2 HG03195.hp2 HG03491.hp1 HG03491.hp2 HG03492.hp1 HG03579.hp2 HG03669.hp2 HG03704.hp1 HG03927.hp1 HG04184.hp1 HG04184.hp2 HG04204.hp2 NA18906.hp2 NA18939.hp2 NA18941.hp1 NA18942.hp2 NA18946.hp2 NA18957.hp2 NA18960.hp1 NA18963.hp1 NA18964.hp1 NA18967.hp2 NA18969.hp2 NA18974.hp1 NA18977.hp1 NA18978.hp1 NA18978.hp2 NA18994.hp1 NA18999.hp1 NA19000.hp2 NA19004.hp2 NA19005.hp1 NA19011.hp1 NA19012.hp1 NA19030.hp1 NA19043.hp1 NA19043.hp2 NA19056.hp2 NA19058.hp2 NA19070.hp2 NA19074.hp1 NA19078.hp2 NA19080.hp1 NA19086.hp2 NA19090.hp2 NA20129.hp2 NA20300.hp2 NA20805.hp2	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0002c0003 a0001c0001 a0002c0003	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(6): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0007 a0001c0001t0010 a0001c0001t0012 a0001c0001t0014 a0002c0003t0004	a0001c0001t0001g0103 a0001c0001t0001g0104 a0001c0001t0001g0105 others(77): Show a0001c0001t0001g0103 a0001c0001t0001g0104 a0001c0001t0001g0105 a0001c0001t0001g0106 a0001c0001t0001g0107 a0001c0001t0001g0108 a0001c0001t0001g0109 a0001c0001t0001g0110 a0001c0001t0001g0111 a0001c0001t0001g0112 a0001c0001t0001g0113 a0001c0001t0001g0114 a0001c0001t0001g0115 a0001c0001t0001g0116 a0001c0001t0001g0117 a0001c0001t0001g0118 a0001c0001t0001g0119 a0001c0001t0001g0120 a0001c0001t0001g0121 a0001c0001t0001g0122 a0001c0001t0001g0123 a0001c0001t0001g0124 a0001c0001t0001g0125 a0001c0001t0001g0126 a0001c0001t0001g0127 a0001c0001t0001g0128 a0001c0001t0001g0129 a0001c0001t0001g0134 a0001c0001t0001g0135 a0001c0001t0001g0136 a0001c0001t0001g0137 a0001c0001t0001g0138 a0001c0001t0001g0139 a0001c0001t0001g0140 a0001c0001t0001g0141 a0001c0001t0001g0142 a0001c0001t0001g0143 a0001c0001t0001g0239 a0001c0001t0001g0240 a0001c0001t0001g0318 a0001c0001t0002g0151 a0001c0001t0002g0191 a0001c0001t0003g0003 a0001c0001t0003g0004 a0001c0001t0003g0005 a0001c0001t0003g0006 a0001c0001t0003g0007 a0001c0001t0003g0008 a0001c0001t0003g0009 a0001c0001t0003g0321 a0001c0001t0003g0335 a0001c0001t0004g0075 a0001c0001t0004g0077 a0001c0001t0004g0078 a0001c0001t0004g0079 a0001c0001t0004g0080 a0001c0001t0004g0081 a0001c0001t0004g0082 a0001c0001t0004g0084 a0001c0001t0004g0085 a0001c0001t0004g0086 a0001c0001t0004g0087 a0001c0001t0004g0088 a0001c0001t0004g0090 a0001c0001t0004g0091 a0001c0001t0004g0093 a0001c0001t0004g0094 a0001c0001t0004g0095 a0001c0001t0004g0096 a0001c0001t0004g0097 a0001c0001t0004g0098 a0001c0001t0004g0100 a0001c0001t0007g0076 a0001c0001t0007g0083 a0001c0001t0007g0089 a0001c0001t0007g0101 a0001c0001t0010g0068 a0001c0001t0012g0344 a0001c0001t0014g0099 a0002c0003t0004g0358	80	358	0.2235	-1	c.117 others(9): Show c.117+7446delA	ABI1	ENSG00000136754.18	transcript	ENST00000376140.4	protein_coding	1/10			chr10	TogoVar
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