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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ABL2_chr1_179094330_179234677	179098363	CA CA	C C	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00597.hp2 HG01070.hp1 HG01071.hp1 others(39): Show HG00597.hp2 HG01070.hp1 HG01071.hp1 HG01106.hp1 HG01243.hp2 HG01433.hp2 HG01496.hp1 HG01884.hp1 HG01891.hp1 HG01934.hp1 HG01952.hp2 HG02071.hp1 HG02109.hp1 HG02109.hp2 HG02132.hp2 HG02165.hp2 HG02258.hp2 HG02559.hp1 HG02572.hp1 HG02615.hp2 HG02647.hp2 HG02886.hp1 HG02965.hp1 HG02976.hp2 HG03130.hp1 HG03239.hp2 HG03453.hp1 HG03453.hp2 HG03486.hp1 HG03486.hp2 HG03540.hp2 HG03579.hp1 NA18943.hp2 NA18964.hp1 NA18979.hp1 NA18991.hp1 NA18998.hp2 NA19065.hp2 NA19079.hp2 NA19086.hp2 NA20805.hp2 NA21309.hp1	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0004 others(1): Show a0001c0001 a0001c0003 a0001c0004 a0002c0005	a0001c0001t0034 a0001c0001t0036 a0001c0001t0041 others(25): Show a0001c0001t0034 a0001c0001t0036 a0001c0001t0041 a0001c0001t0042 a0001c0001t0077 a0001c0001t0078 a0001c0001t0079 a0001c0001t0080 a0001c0001t0081 a0001c0001t0099 a0001c0003t0023 a0001c0003t0028 a0001c0003t0029 a0001c0003t0030 a0001c0003t0046 a0001c0003t0047 a0001c0003t0048 a0001c0003t0049 a0001c0003t0050 a0001c0003t0051 a0001c0003t0052 a0001c0003t0053 a0001c0003t0054 a0001c0004t0024 a0001c0004t0031 a0001c0004t0058 a0001c0004t0111 a0002c0005t0022	a0001c0001t0034g0213 a0001c0001t0034g0219 a0001c0001t0036g0229 others(39): Show a0001c0001t0034g0213 a0001c0001t0034g0219 a0001c0001t0036g0229 a0001c0001t0041g0250 a0001c0001t0041g0251 a0001c0001t0042g0249 a0001c0001t0042g0252 a0001c0001t0077g0142 a0001c0001t0078g0143 a0001c0001t0079g0212 a0001c0001t0080g0217 a0001c0001t0081g0218 a0001c0001t0099g0301 a0001c0003t0023g0009 a0001c0003t0023g0010 a0001c0003t0023g0011 a0001c0003t0028g0001 a0001c0003t0028g0016 a0001c0003t0029g0008 a0001c0003t0029g0018 a0001c0003t0030g0005 a0001c0003t0030g0006 a0001c0003t0046g0019 a0001c0003t0047g0013 a0001c0003t0048g0003 a0001c0003t0049g0014 a0001c0003t0050g0007 a0001c0003t0051g0017 a0001c0003t0052g0015 a0001c0003t0053g0002 a0001c0003t0054g0004 a0001c0004t0024g0023 a0001c0004t0024g0024 a0001c0004t0024g0025 a0001c0004t0031g0021 a0001c0004t0031g0022 a0001c0004t0058g0028 a0001c0004t0111g0347 a0002c0005t0022g0253 a0002c0005t0022g0275 a0002c0005t0022g0276 a0002c0005t0022g0277	42	350	0.1200	-1	c.93 others(6): Show c.9354delT	ABL2	ENSG00000143322.22	transcript	ENST00000502732.6	protein_coding		966	chr1	TogoVar
ABL2_chr1_179094330_179234677	179101377	CT CT	C C	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG01884.hp1 HG02109.hp1 HG02523.hp2 others(3): Show HG01884.hp1 HG02109.hp1 HG02523.hp2 HG02572.hp1 HG03130.hp1 HG03486.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0041 a0001c0001t0042 a0001c0001t0066 others(1): Show a0001c0001t0041 a0001c0001t0042 a0001c0001t0066 a0001c0001t0099	a0001c0001t0041g0250 a0001c0001t0041g0251 a0001c0001t0042g0249 others(3): Show a0001c0001t0041g0250 a0001c0001t0041g0251 a0001c0001t0042g0249 a0001c0001t0042g0252 a0001c0001t0066g0036 a0001c0001t0099g0301	6	350	0.0171	-1	c.63 others(6): Show c.6340delA	ABL2	ENSG00000143322.22	transcript	ENST00000502732.6	protein_coding	12/12	6340	chr1	TogoVar
ABL2_chr1_179094330_179234677	179101996	CT CT	C C	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG00099.hp2 HG00280.hp2 HG00558.hp2 others(29): Show HG00099.hp2 HG00280.hp2 HG00558.hp2 HG00741.hp1 HG01071.hp2 HG01169.hp2 HG01346.hp1 HG01516.hp2 HG01943.hp2 HG01975.hp2 HG02015.hp2 HG02080.hp2 HG02132.hp1 HG02257.hp2 HG02523.hp2 HG03017.hp2 HG03490.hp2 HG03491.hp2 HG03492.hp2 HG03831.hp2 HG03927.hp1 NA18612.hp1 NA18962.hp2 NA18980.hp1 NA18983.hp1 NA18986.hp2 NA19004.hp2 NA19054.hp2 NA19077.hp1 NA19079.hp1 NA19085.hp2 NA19088.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0004 a0001c0001t0013 a0001c0001t0026 others(6): Show a0001c0001t0004 a0001c0001t0013 a0001c0001t0026 a0001c0001t0043 a0001c0001t0062 a0001c0001t0064 a0001c0001t0066 a0001c0001t0070 a0001c0001t0074	a0001c0001t0004g0040 a0001c0001t0004g0046 a0001c0001t0004g0048 others(29): Show a0001c0001t0004g0040 a0001c0001t0004g0046 a0001c0001t0004g0048 a0001c0001t0004g0049 a0001c0001t0004g0050 a0001c0001t0004g0073 a0001c0001t0004g0076 a0001c0001t0004g0077 a0001c0001t0004g0082 a0001c0001t0004g0083 a0001c0001t0004g0085 a0001c0001t0004g0088 a0001c0001t0004g0090 a0001c0001t0004g0099 a0001c0001t0004g0100 a0001c0001t0004g0106 a0001c0001t0004g0110 a0001c0001t0013g0061 a0001c0001t0013g0065 a0001c0001t0013g0105 a0001c0001t0013g0107 a0001c0001t0013g0108 a0001c0001t0026g0041 a0001c0001t0026g0044 a0001c0001t0026g0120 a0001c0001t0043g0259 a0001c0001t0043g0260 a0001c0001t0062g0068 a0001c0001t0064g0053 a0001c0001t0066g0036 a0001c0001t0070g0078 a0001c0001t0074g0123	32	350	0.0914	-1	c.57 others(6): Show c.5721delA	ABL2	ENSG00000143322.22	transcript	ENST00000502732.6	protein_coding	12/12	5721	chr1	TogoVar
ABL2_chr1_179094330_179234677	179109927	CA CA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00140.hp2 HG00280.hp1 others(216): Show HG00099.hp1 HG00140.hp2 HG00280.hp1 HG00408.hp2 HG00438.hp1 HG00438.hp2 HG00558.hp1 HG00597.hp1 HG00597.hp2 HG00621.hp2 HG00673.hp1 HG00733.hp1 HG00735.hp1 HG00735.hp2 HG00741.hp2 HG01081.hp1 HG01081.hp2 HG01099.hp1 HG01099.hp2 HG01106.hp1 HG01109.hp1 HG01167.hp2 HG01168.hp1 HG01168.hp2 HG01169.hp1 HG01175.hp1 HG01243.hp1 HG01243.hp2 HG01256.hp1 HG01257.hp1 HG01261.hp2 HG01346.hp2 HG01361.hp2 HG01433.hp2 HG01496.hp1 HG01516.hp1 HG01884.hp1 HG01884.hp2 HG01891.hp1 HG01928.hp1 HG01934.hp1 HG01943.hp1 HG01952.hp2 HG01975.hp1 HG01981.hp1 HG01993.hp2 HG02040.hp2 HG02055.hp1 HG02055.hp2 HG02071.hp1 HG02071.hp2 HG02080.hp1 HG02083.hp1 HG02109.hp1 HG02132.hp2 HG02145.hp1 HG02145.hp2 HG02165.hp2 HG02257.hp1 HG02258.hp1 HG02258.hp2 HG02451.hp1 HG02451.hp2 HG02486.hp1 HG02486.hp2 HG02523.hp1 HG02559.hp2 HG02572.hp1 HG02572.hp2 HG02602.hp2 HG02615.hp1 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