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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ABLIM1_chr10_114426112_114663275	114641247	TA TA	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00280.hp2 HG00323.hp2 HG00733.hp2 others(8): Show HG00280.hp2 HG00323.hp2 HG00733.hp2 HG00735.hp1 HG01109.hp2 HG02451.hp1 HG02451.hp2 HG03471.hp2 HG03540.hp2 NA18941.hp2 NA18964.hp2	a0001 a0004 a0001 a0004	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 others(1): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0004c0023	a0001c0001t0083 a0001c0001t0087 a0001c0001t0154 others(7): Show a0001c0001t0083 a0001c0001t0087 a0001c0001t0154 a0001c0002t0003 a0001c0002t0006 a0001c0002t0036 a0001c0002t0158 a0001c0003t0001 a0001c0003t0035 a0004c0023t0012	a0001c0001t0083g0017 a0001c0001t0087g0019 a0001c0001t0154g0069 others(8): Show a0001c0001t0083g0017 a0001c0001t0087g0019 a0001c0001t0154g0069 a0001c0002t0003g0151 a0001c0002t0003g0206 a0001c0002t0006g0221 a0001c0002t0036g0096 a0001c0002t0158g0014 a0001c0003t0001g0207 a0001c0003t0035g0140 a0004c0023t0012g0134	11	256	0.0430	-1	c.244 others(10): Show c.244+16709delT	ABLIM1	ENSG00000099204.22	transcript	ENST00000533213.7	protein_coding	1/22		chr10	TogoVar
ABLIM1_chr10_114426112_114663275	114642063	AT AT	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02040.hp2 HG02055.hp2 HG02258.hp2 others(7): Show HG02040.hp2 HG02055.hp2 HG02258.hp2 HG02451.hp1 HG02630.hp1 HG02886.hp2 HG02970.hp1 HG03041.hp2 HG03225.hp2 HG03453.hp1	a0001 a0004 a0001 a0004	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0004 others(3): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0004 a0001c0007 a0001c0021 a0004c0023	a0001c0001t0006 a0001c0001t0111 a0001c0002t0008 others(7): Show a0001c0001t0006 a0001c0001t0111 a0001c0002t0008 a0001c0002t0020 a0001c0002t0038 a0001c0002t0098 a0001c0004t0011 a0001c0007t0019 a0001c0021t0106 a0004c0023t0012	a0001c0001t0006g0090 a0001c0001t0111g0150 a0001c0002t0008g0131 others(7): Show a0001c0001t0006g0090 a0001c0001t0111g0150 a0001c0002t0008g0131 a0001c0002t0020g0133 a0001c0002t0038g0120 a0001c0002t0098g0119 a0001c0004t0011g0011 a0001c0007t0019g0132 a0001c0021t0106g0149 a0004c0023t0012g0134	10	256	0.0391	-1	c.244 others(10): Show c.244+15893delA	ABLIM1	ENSG00000099204.22	transcript	ENST00000533213.7	protein_coding	1/22		chr10	TogoVar
ABLIM1_chr10_114426112_114663275	114644280	CA CA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00544.hp2 HG02015.hp1 HG02040.hp1 others(25): Show HG00544.hp2 HG02015.hp1 HG02040.hp1 HG02071.hp2 HG02080.hp1 HG02083.hp1 HG02135.hp2 HG02523.hp1 HG03654.hp1 HG03704.hp1 HG06807.hp1 NA18612.hp1 NA18939.hp1 NA18944.hp2 NA18966.hp1 NA18970.hp2 NA18973.hp2 NA18979.hp2 NA18989.hp1 NA18995.hp2 NA19043.hp1 NA19060.hp2 NA19063.hp2 NA19065.hp1 NA19068.hp2 NA19079.hp1 NA19085.hp2 NA19090.hp1	a0001 a0002 a0008 a0001 a0002 a0008	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 others(3): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0019 a0002c0005 a0008c0020	a0001c0001t0005 a0001c0001t0006 a0001c0001t0010 others(25): Show a0001c0001t0005 a0001c0001t0006 a0001c0001t0010 a0001c0001t0013 a0001c0001t0017 a0001c0001t0022 a0001c0001t0030 a0001c0001t0049 a0001c0001t0064 a0001c0001t0073 a0001c0001t0086 a0001c0001t0145 a0001c0002t0006 a0001c0002t0029 a0001c0002t0060 a0001c0003t0002 a0001c0003t0014 a0001c0003t0017 a0001c0003t0053 a0001c0003t0055 a0001c0003t0102 a0001c0003t0124 a0001c0003t0128 a0001c0003t0136 a0001c0003t0147 a0001c0019t0016 a0002c0005t0045 a0008c0020t0044	a0001c0001t0005g0038 a0001c0001t0006g0026 a0001c0001t0010g0036 others(25): Show a0001c0001t0005g0038 a0001c0001t0006g0026 a0001c0001t0010g0036 a0001c0001t0013g0034 a0001c0001t0017g0047 a0001c0001t0022g0030 a0001c0001t0030g0188 a0001c0001t0049g0035 a0001c0001t0064g0051 a0001c0001t0073g0046 a0001c0001t0086g0029 a0001c0001t0145g0024 a0001c0002t0006g0056 a0001c0002t0029g0043 a0001c0002t0060g0049 a0001c0003t0002g0041 a0001c0003t0014g0044 a0001c0003t0017g0055 a0001c0003t0053g0042 a0001c0003t0055g0025 a0001c0003t0102g0027 a0001c0003t0124g0032 a0001c0003t0128g0048 a0001c0003t0136g0045 a0001c0003t0147g0022 a0001c0019t0016g0039 a0002c0005t0045g0061 a0008c0020t0044g0040	28	256	0.1094	-1	c.244 others(10): Show c.244+13676delT	ABLIM1	ENSG00000099204.22	transcript	ENST00000533213.7	protein_coding	1/22		chr10	TogoVar
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