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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ABRAXAS2_chr10_124796819_124841667	124822791	CA CA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00323.hp1 HG01496.hp1 HG01884.hp1 others(25): Show HG00323.hp1 HG01496.hp1 HG01884.hp1 HG01884.hp2 HG01952.hp1 HG02055.hp2 HG02109.hp1 HG02257.hp2 HG02258.hp1 HG02280.hp2 HG02559.hp1 HG02647.hp1 HG02717.hp2 HG02723.hp2 HG02818.hp1 HG02886.hp2 HG02896.hp2 HG02897.hp1 HG02922.hp1 HG02922.hp2 HG03453.hp1 HG03579.hp2 HG04228.hp2 NA18522.hp1 NA18959.hp2 NA20129.hp2 NA20300.hp1 NA21309.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0006 others(2): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0006 a0001c0001t0017 a0001c0002t0001	a0001c0001t0001g0229 a0001c0001t0002g0009 a0001c0001t0002g0010 others(16): Show a0001c0001t0001g0229 a0001c0001t0002g0009 a0001c0001t0002g0010 a0001c0001t0002g0011 a0001c0001t0002g0017 a0001c0001t0002g0048 a0001c0001t0002g0049 a0001c0001t0002g0050 a0001c0001t0002g0051 a0001c0001t0002g0052 a0001c0001t0002g0053 a0001c0001t0002g0054 a0001c0001t0002g0055 a0001c0001t0002g0056 a0001c0001t0002g0057 a0001c0001t0006g0015 a0001c0001t0006g0243 a0001c0001t0017g0067 a0001c0002t0001g0148	28	350	0.0800	-1	c.267 others(9): Show c.267+3358delA	ABRAXAS2	ENSG00000165660.8	transcript	ENST00000298492.6	protein_coding	4/8		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr10	TogoVar
ABRAXAS2_chr10_124796819_124841667	124823442	GT GT	G G	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01884.hp1 HG02055.hp2 HG02109.hp1 others(18): Show HG01884.hp1 HG02055.hp2 HG02109.hp1 HG02257.hp2 HG02258.hp1 HG02280.hp2 HG02559.hp1 HG02647.hp1 HG02717.hp2 HG02723.hp2 HG02818.hp1 HG02886.hp2 HG02896.hp2 HG02897.hp1 HG02922.hp1 HG02922.hp2 HG03453.hp1 HG03579.hp2 NA18522.hp1 NA20129.hp2 NA20300.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0002 a0001c0001t0002	a0001c0001t0002g0009 a0001c0001t0002g0010 a0001c0001t0002g0011 others(11): Show a0001c0001t0002g0009 a0001c0001t0002g0010 a0001c0001t0002g0011 a0001c0001t0002g0017 a0001c0001t0002g0048 a0001c0001t0002g0049 a0001c0001t0002g0050 a0001c0001t0002g0051 a0001c0001t0002g0052 a0001c0001t0002g0053 a0001c0001t0002g0054 a0001c0001t0002g0055 a0001c0001t0002g0056 a0001c0001t0002g0057	21	350	0.0600	-1	c.268 others(9): Show c.268-3150delT	ABRAXAS2	ENSG00000165660.8	transcript	ENST00000298492.6	protein_coding	4/8		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr10	TogoVar
ABRAXAS2_chr10_124796819_124841667	124825317	CA CA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00280.hp2 HG00609.hp1 HG01069.hp1 others(60): Show HG00280.hp2 HG00609.hp1 HG01069.hp1 HG01074.hp2 HG01099.hp1 HG01168.hp2 HG01169.hp2 HG01175.hp2 HG01255.hp1 HG01261.hp1 HG01515.hp1 HG01517.hp2 HG01975.hp2 HG02015.hp2 HG02055.hp1 HG02071.hp2 HG02080.hp2 HG02083.hp2 HG02135.hp2 HG02155.hp1 HG02602.hp1 HG02683.hp2 HG02897.hp1 HG03139.hp2 HG03486.hp2 HG03540.hp1 HG03927.hp1 HG04184.hp2 NA18612.hp1 NA18942.hp1 NA18943.hp2 NA18945.hp2 NA18951.hp2 NA18957.hp1 NA18959.hp2 NA18960.hp2 NA18969.hp1 NA18970.hp1 NA18971.hp1 NA18971.hp2 NA18977.hp2 NA18978.hp2 NA18980.hp1 NA18982.hp2 NA18986.hp2 NA18988.hp2 NA18989.hp1 NA18990.hp2 NA18991.hp1 NA18997.hp1 NA18999.hp1 NA19058.hp2 NA19062.hp1 NA19063.hp2 NA19064.hp2 NA19066.hp2 NA19068.hp2 NA19070.hp2 NA19078.hp2 NA19085.hp1 NA19088.hp1 NA19089.hp2 NA19091.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0017 others(1): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0017 a0001c0001t0019	a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0014 a0001c0001t0001g0024 others(45): Show a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0014 a0001c0001t0001g0024 a0001c0001t0001g0025 a0001c0001t0001g0026 a0001c0001t0001g0027 a0001c0001t0001g0033 a0001c0001t0001g0039 a0001c0001t0001g0068 a0001c0001t0001g0144 a0001c0001t0001g0145 a0001c0001t0001g0159 a0001c0001t0001g0160 a0001c0001t0001g0161 a0001c0001t0001g0165 a0001c0001t0001g0166 a0001c0001t0001g0169 a0001c0001t0001g0170 a0001c0001t0001g0172 a0001c0001t0001g0173 a0001c0001t0001g0174 a0001c0001t0001g0175 a0001c0001t0001g0177 a0001c0001t0001g0178 a0001c0001t0001g0179 a0001c0001t0001g0180 a0001c0001t0001g0182 a0001c0001t0001g0183 a0001c0001t0001g0184 a0001c0001t0001g0185 a0001c0001t0001g0186 a0001c0001t0001g0189 a0001c0001t0001g0190 a0001c0001t0001g0191 a0001c0001t0001g0192 a0001c0001t0001g0193 a0001c0001t0001g0194 a0001c0001t0001g0195 a0001c0001t0001g0197 a0001c0001t0001g0198 a0001c0001t0001g0199 a0001c0001t0001g0217 a0001c0001t0001g0218 a0001c0001t0001g0238 a0001c0001t0001g0241 a0001c0001t0002g0049 a0001c0001t0017g0067 a0001c0001t0019g0146	63	350	0.1800	-1	c.268 others(9): Show c.268-1256delA	ABRAXAS2	ENSG00000165660.8	transcript	ENST00000298492.6	protein_coding	4/8		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr10	TogoVar
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