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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ABR_chr17_998519_1184981	1083123	CA CA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00280.hp1 HG00544.hp1 HG00544.hp2 others(109): Show HG00280.hp1 HG00544.hp1 HG00544.hp2 HG00609.hp1 HG00639.hp1 HG00639.hp2 HG00733.hp2 HG01071.hp2 HG01074.hp1 HG01074.hp2 HG01081.hp2 HG01099.hp2 HG01106.hp1 HG01106.hp2 HG01109.hp2 HG01175.hp1 HG01192.hp1 HG01192.hp2 HG01243.hp2 HG01258.hp2 HG01346.hp1 HG01361.hp2 HG01433.hp1 HG01496.hp1 HG01517.hp1 HG01884.hp1 HG01884.hp2 HG01891.hp2 HG01943.hp2 HG01975.hp2 HG01978.hp2 HG02040.hp1 HG02071.hp1 HG02074.hp1 HG02080.hp1 HG02080.hp2 HG02083.hp1 HG02129.hp2 HG02135.hp1 HG02155.hp1 HG02273.hp1 HG02280.hp1 HG02280.hp2 HG02615.hp1 HG02647.hp1 HG02735.hp1 HG02735.hp2 HG02738.hp1 HG02738.hp2 HG02809.hp1 HG02896.hp2 HG02897.hp2 HG02965.hp1 HG02970.hp1 HG03017.hp1 HG03017.hp2 HG03041.hp2 HG03098.hp2 HG03130.hp1 HG03209.hp1 HG03225.hp1 HG03453.hp2 HG03471.hp1 HG03490.hp2 HG03491.hp1 HG03516.hp2 HG03654.hp1 HG03654.hp2 HG03669.hp1 HG03669.hp2 HG03688.hp1 HG03688.hp2 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