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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ABR_chr17_998519_1184981	1135875	CA CA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00140.hp1 HG00140.hp2 HG00408.hp1 others(136): Show HG00140.hp1 HG00140.hp2 HG00408.hp1 HG00408.hp2 HG00544.hp1 HG00597.hp1 HG00597.hp2 HG00621.hp1 HG00642.hp1 HG00642.hp2 HG00673.hp1 HG00673.hp2 HG00733.hp1 HG00735.hp1 HG00735.hp2 HG00741.hp1 HG01070.hp1 HG01070.hp2 HG01071.hp1 HG01071.hp2 HG01074.hp1 HG01081.hp1 HG01099.hp1 HG01106.hp1 HG01109.hp1 HG01123.hp2 HG01175.hp1 HG01192.hp1 HG01243.hp1 HG01257.hp1 HG01257.hp2 HG01258.hp1 HG01261.hp1 HG01346.hp1 HG01358.hp1 HG01358.hp2 HG01433.hp1 HG01517.hp2 HG01928.hp1 HG01928.hp2 HG01934.hp1 HG01952.hp1 HG01975.hp1 HG01975.hp2 HG01978.hp2 HG02056.hp1 HG02056.hp2 HG02071.hp1 HG02071.hp2 HG02080.hp1 HG02083.hp1 HG02083.hp2 HG02109.hp1 HG02109.hp2 HG02129.hp2 HG02132.hp2 HG02135.hp1 HG02135.hp2 HG02145.hp1 HG02155.hp1 HG02155.hp2 HG02165.hp1 HG02165.hp2 HG02273.hp1 HG02280.hp2 HG02293.hp1 HG02300.hp2 HG02486.hp2 HG02615.hp1 HG02615.hp2 HG02647.hp1 HG02735.hp1 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ABR_chr17_998519_1184981	1135957	AT AT	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00280.hp1 HG00280.hp2 HG00323.hp1 others(184): Show HG00280.hp1 HG00280.hp2 HG00323.hp1 HG00323.hp2 HG00438.hp1 HG00438.hp2 HG00609.hp1 HG00609.hp2 HG00621.hp2 HG00639.hp1 HG00639.hp2 HG00733.hp2 HG00738.hp1 HG00738.hp2 HG00741.hp1 HG00741.hp2 HG01074.hp2 HG01081.hp2 HG01099.hp2 HG01106.hp2 HG01109.hp2 HG01123.hp1 HG01167.hp1 HG01167.hp2 HG01169.hp1 HG01169.hp2 HG01175.hp2 HG01192.hp2 HG01243.hp1 HG01243.hp2 HG01258.hp2 HG01261.hp2 HG01346.hp2 HG01361.hp1 HG01361.hp2 HG01433.hp2 HG01496.hp1 HG01496.hp2 HG01517.hp1 HG01884.hp1 HG01891.hp2 HG01934.hp2 HG01943.hp1 HG01943.hp2 HG01952.hp1 HG01952.hp2 HG01978.hp1 HG02015.hp1 HG02015.hp2 HG02040.hp1 HG02040.hp2 HG02055.hp1 HG02055.hp2 HG02074.hp1 HG02074.hp2 HG02080.hp2 HG02109.hp2 HG02129.hp1 HG02132.hp1 HG02135.hp1 HG02145.hp1 HG02145.hp2 HG02258.hp2 HG02273.hp2 HG02280.hp1 HG02280.hp2 HG02293.hp2 HG02300.hp1 HG02523.hp1 HG02523.hp2 HG02572.hp2 HG02615.hp2 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