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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ABTB2_chr11_34145987_34363010	34250920	GT GT	G G	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG03688.hp1 NA18994.hp1 NA19000.hp1 HG03688.hp1 NA18994.hp1 NA19000.hp1	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0002c0002 a0001c0001 a0002c0002	a0001c0001t0001 a0002c0002t0002 a0001c0001t0001 a0002c0002t0002	a0001c0001t0001g0088 a0001c0001t0001g0103 a0002c0002t0002g0196 a0001c0001t0001g0088 a0001c0001t0001g0103 a0002c0002t0002g0196	3	246	0.0122	-1	c.884 others(10): Show c.884-46231delA	ABTB2	ENSG00000166016.6	transcript	ENST00000435224.3	protein_coding	1/16			chr11	TogoVar
ABTB2_chr11_34145987_34363010	34253393	CA CA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00642.hp1 HG02630.hp2 HG02809.hp1 others(1): Show HG00642.hp1 HG02630.hp2 HG02809.hp1 HG03471.hp2	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0001c0004 a0002c0002 a0001c0001 a0001c0004 a0002c0002	a0001c0001t0001 a0001c0004t0001 a0002c0002t0002 a0001c0001t0001 a0001c0004t0001 a0002c0002t0002	a0001c0001t0001g0152 a0001c0004t0001g0101 a0001c0004t0001g0135 others(1): Show a0001c0001t0001g0152 a0001c0004t0001g0101 a0001c0004t0001g0135 a0002c0002t0002g0195	4	246	0.0163	-1	c.884 others(10): Show c.884-48704delT	ABTB2	ENSG00000166016.6	transcript	ENST00000435224.3	protein_coding	1/16			chr11	TogoVar
ABTB2_chr11_34145987_34363010	34253675	CA CA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp2 HG00621.hp2 HG00642.hp1 others(63): Show HG00099.hp2 HG00621.hp2 HG00642.hp1 HG00733.hp1 HG01070.hp1 HG01175.hp2 HG01192.hp1 HG01243.hp1 HG01243.hp2 HG01256.hp1 HG01257.hp1 HG01258.hp1 HG01258.hp2 HG01358.hp2 HG01496.hp2 HG01891.hp1 HG01891.hp2 HG02109.hp2 HG02129.hp1 HG02132.hp2 HG02280.hp1 HG02559.hp2 HG02602.hp2 HG02615.hp1 HG02630.hp2 HG02647.hp1 HG02809.hp1 HG02809.hp2 HG02886.hp1 HG02922.hp1 HG02970.hp2 HG03017.hp2 HG03098.hp1 HG03130.hp2 HG03139.hp1 HG03453.hp2 HG03471.hp2 HG03486.hp1 HG03654.hp1 HG03688.hp1 HG03831.hp1 HG04184.hp1 NA18522.hp1 NA18906.hp1 NA18944.hp2 NA18962.hp1 NA18962.hp2 NA18968.hp2 NA18970.hp2 NA18971.hp1 NA18980.hp1 NA18992.hp1 NA18994.hp1 NA18999.hp2 NA19000.hp1 NA19003.hp1 NA19003.hp2 NA19010.hp1 NA19043.hp2 NA19056.hp2 NA19084.hp2 NA19085.hp1 NA19085.hp2 NA19240.hp1 NA20300.hp2 NA21309.hp2	a0001 a0002 a0003 others(1): Show a0001 a0002 a0003 a0004	a0001c0001 a0001c0004 a0001c0005 others(4): Show a0001c0001 a0001c0004 a0001c0005 a0001c0012 a0002c0002 a0003c0003 a0004c0006	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 others(13): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 a0001c0001t0006 a0001c0001t0007 a0001c0001t0016 a0001c0001t0020 a0001c0001t0023 a0001c0004t0001 a0001c0004t0003 a0001c0005t0004 a0001c0012t0001 a0002c0002t0002 a0003c0003t0008 a0003c0003t0010 a0004c0006t0012	a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0012 a0001c0001t0001g0019 others(63): Show a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0012 a0001c0001t0001g0019 a0001c0001t0001g0029 a0001c0001t0001g0051 a0001c0001t0001g0052 a0001c0001t0001g0054 a0001c0001t0001g0056 a0001c0001t0001g0068 a0001c0001t0001g0081 a0001c0001t0001g0088 a0001c0001t0001g0089 a0001c0001t0001g0091 a0001c0001t0001g0103 a0001c0001t0001g0107 a0001c0001t0001g0119 a0001c0001t0001g0120 a0001c0001t0001g0122 a0001c0001t0001g0123 a0001c0001t0001g0125 a0001c0001t0001g0130 a0001c0001t0001g0132 a0001c0001t0001g0136 a0001c0001t0001g0140 a0001c0001t0001g0146 a0001c0001t0001g0151 a0001c0001t0001g0152 a0001c0001t0001g0153 a0001c0001t0003g0163 a0001c0001t0003g0170 a0001c0001t0003g0171 a0001c0001t0003g0172 a0001c0001t0003g0176 a0001c0001t0003g0177 a0001c0001t0003g0182 a0001c0001t0003g0183 a0001c0001t0005g0018 a0001c0001t0006g0020 a0001c0001t0007g0039 a0001c0001t0016g0141 a0001c0001t0020g0160 a0001c0001t0023g0188 a0001c0004t0001g0101 a0001c0004t0001g0135 a0001c0004t0001g0148 a0001c0004t0003g0175 a0001c0005t0004g0069 a0001c0005t0004g0116 a0001c0012t0001g0044 a0002c0002t0002g0191 a0002c0002t0002g0193 a0002c0002t0002g0194 a0002c0002t0002g0195 a0002c0002t0002g0196 a0002c0002t0002g0202 a0002c0002t0002g0206 a0002c0002t0002g0210 a0002c0002t0002g0215 a0002c0002t0002g0216 a0002c0002t0002g0219 a0002c0002t0002g0224 a0002c0002t0002g0231 a0002c0002t0002g0233 a0003c0003t0008g0150 a0003c0003t0010g0161 a0004c0006t0012g0244	66	246	0.2683	-1	c.884 others(10): Show c.884-48986delT	ABTB2	ENSG00000166016.6	transcript	ENST00000435224.3	protein_coding	1/16			chr11	TogoVar
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