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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ABTB3_chr12_107313434_107664642	107623358	CT CT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00140.hp1 HG00423.hp1 others(76): Show HG00099.hp1 HG00140.hp1 HG00423.hp1 HG00609.hp2 HG00621.hp2 HG01074.hp1 HG01074.hp2 HG01081.hp1 HG01099.hp2 HG01109.hp1 HG01169.hp1 HG01175.hp2 HG01256.hp1 HG01256.hp2 HG01257.hp1 HG01361.hp1 HG01433.hp2 HG01496.hp1 HG01943.hp1 HG01978.hp1 HG01993.hp1 HG02015.hp2 HG02055.hp2 HG02074.hp1 HG02135.hp1 HG02135.hp2 HG02155.hp1 HG02155.hp2 HG02257.hp1 HG02280.hp2 HG02451.hp1 HG02486.hp1 HG02602.hp2 HG02615.hp1 HG02622.hp1 HG02698.hp1 HG02698.hp2 HG02735.hp1 HG02738.hp2 HG02809.hp2 HG02922.hp1 HG02922.hp2 HG02965.hp2 HG03017.hp2 HG03041.hp1 HG03225.hp1 HG03492.hp1 HG03492.hp2 HG03710.hp1 HG03834.hp1 HG03942.hp1 HG03942.hp2 HG04204.hp2 NA18747.hp1 NA18747.hp2 NA18942.hp1 NA18942.hp2 NA18946.hp1 NA18946.hp2 NA18954.hp2 NA18964.hp1 NA18964.hp2 NA18979.hp1 NA18981.hp2 NA18983.hp2 NA18989.hp2 NA18999.hp1 NA18999.hp2 NA19002.hp1 NA19002.hp2 NA19065.hp1 NA19087.hp1 NA20129.hp1 NA20129.hp2 NA20300.hp1 NA20300.hp2 NA20752.hp1 NA20905.hp1 NA20905.hp2	a0001 a0002 a0003 others(6): Show a0001 a0002 a0003 a0005 a0007 a0008 a0010 a0011 a0018	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0012 others(16): Show a0001c0001 a0001c0003 a0001c0012 a0002c0002 a0002c0009 a0002c0015 a0002c0018 a0003c0004 a0003c0006 a0003c0008 a0003c0021 a0003c0029 a0005c0007 a0005c0016 a0007c0010 a0008c0013 a0010c0017 a0011c0026 a0018c0027	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(43): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0006 a0001c0001t0021 a0001c0001t0024 a0001c0001t0028 a0001c0003t0002 a0001c0003t0005 a0001c0003t0035 a0001c0012t0001 a0001c0012t0004 a0001c0012t0027 a0002c0002t0001 a0002c0002t0003 a0002c0002t0004 a0002c0002t0007 a0002c0002t0010 a0002c0002t0012 a0002c0002t0018 a0002c0009t0001 a0002c0009t0003 a0002c0015t0001 a0002c0018t0020 a0003c0004t0001 a0003c0004t0003 a0003c0004t0004 a0003c0006t0002 a0003c0006t0005 a0003c0008t0001 a0003c0008t0002 a0003c0008t0011 a0003c0021t0006 a0003c0029t0002 a0005c0007t0001 a0005c0007t0003 a0005c0007t0007 a0005c0007t0026 a0005c0016t0003 a0007c0010t0003 a0007c0010t0005 a0008c0013t0008 a0008c0013t0019 a0010c0017t0003 a0011c0026t0001 a0018c0027t0001	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0006 a0001c0001t0001g0008 others(76): Show a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0006 a0001c0001t0001g0008 a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0011 a0001c0001t0001g0016 a0001c0001t0001g0026 a0001c0001t0001g0034 a0001c0001t0001g0037 a0001c0001t0002g0088 a0001c0001t0003g0027 a0001c0001t0003g0032 a0001c0001t0006g0074 a0001c0001t0021g0025 a0001c0001t0024g0056 a0001c0001t0028g0054 a0001c0003t0002g0134 a0001c0003t0002g0138 a0001c0003t0002g0141 a0001c0003t0002g0145 a0001c0003t0002g0146 a0001c0003t0005g0143 a0001c0003t0035g0142 a0001c0012t0001g0047 a0001c0012t0004g0039 a0001c0012t0027g0023 a0002c0002t0001g0109 a0002c0002t0001g0117 a0002c0002t0001g0125 a0002c0002t0003g0062 a0002c0002t0004g0127 a0002c0002t0007g0172 a0002c0002t0007g0174 a0002c0002t0007g0176 a0002c0002t0007g0178 a0002c0002t0007g0186 a0002c0002t0010g0181 a0002c0002t0012g0180 a0002c0002t0018g0183 a0002c0009t0001g0067 a0002c0009t0003g0064 a0002c0015t0001g0043 a0002c0018t0020g0168 a0003c0004t0001g0024 a0003c0004t0003g0035 a0003c0004t0003g0038 a0003c0004t0003g0165 a0003c0004t0004g0002 a0003c0004t0004g0003 a0003c0006t0002g0129 a0003c0006t0002g0139 a0003c0006t0005g0130 a0003c0006t0005g0132 a0003c0006t0005g0137 a0003c0006t0005g0144 a0003c0006t0005g0149 a0003c0008t0001g0021 a0003c0008t0001g0049 a0003c0008t0001g0052 a0003c0008t0002g0087 a0003c0008t0002g0092 a0003c0008t0011g0153 a0003c0021t0006g0151 a0003c0029t0002g0131 a0005c0007t0001g0122 a0005c0007t0003g0072 a0005c0007t0003g0113 a0005c0007t0007g0169 a0005c0007t0026g0123 a0005c0016t0003g0063 a0005c0016t0003g0161 a0007c0010t0003g0162 a0007c0010t0005g0090 a0007c0010t0005g0150 a0008c0013t0008g0073 a0008c0013t0019g0185 a0010c0017t0003g0111 a0011c0026t0001g0036 a0018c0027t0001g0045	79	186	0.4247	-1	c.263 others(10): Show c.2631+3220delT	ABTB3	ENSG00000151136.15	transcript	ENST00000280758.10	protein_coding	11/16		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr12	TogoVar
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ABTB3_chr12_107313434_107664642	107635850	AC AC	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00140.hp1 others(103): Show HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00140.hp1 HG00140.hp2 HG00280.hp1 HG00280.hp2 HG00609.hp1 HG00609.hp2 HG00621.hp1 HG01074.hp1 HG01074.hp2 HG01081.hp2 HG01099.hp2 HG01109.hp2 HG01168.hp1 HG01168.hp2 HG01169.hp1 HG01169.hp2 HG01175.hp1 HG01243.hp1 HG01243.hp2 HG01256.hp1 HG01256.hp2 HG01257.hp1 HG01257.hp2 HG01361.hp1 HG01433.hp1 HG01884.hp1 HG01884.hp2 HG01943.hp2 HG02015.hp1 HG02015.hp2 HG02056.hp2 HG02109.hp1 HG02109.hp2 HG02155.hp2 HG02451.hp1 HG02451.hp2 HG02486.hp2 HG02559.hp2 HG02622.hp2 HG02630.hp1 HG02630.hp2 HG02698.hp1 HG02717.hp1 HG02717.hp2 HG02723.hp2 HG02735.hp1 HG02735.hp2 HG02809.hp1 HG02809.hp2 HG02818.hp2 HG02895.hp2 HG02896.hp1 HG02896.hp2 HG02965.hp1 HG02970.hp1 HG02970.hp2 HG02976.hp1 HG02976.hp2 HG03017.hp1 HG03017.hp2 HG03041.hp2 HG03139.hp1 HG03453.hp1 HG03453.hp2 HG03471.hp1 HG03471.hp2 HG03486.hp1 HG03486.hp2 HG03492.hp2 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