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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ACAP2_chr3_195269745_195448020	195285327	AT AT	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00438.hp2 HG00673.hp1 HG01346.hp2 others(34): Show HG00438.hp2 HG00673.hp1 HG01346.hp2 HG01358.hp2 HG01361.hp1 HG01928.hp2 HG01934.hp2 HG01943.hp2 HG01975.hp2 HG01978.hp1 HG01981.hp1 HG02015.hp2 HG02040.hp2 HG02056.hp1 HG02074.hp2 HG02132.hp2 HG02165.hp2 HG02273.hp1 HG02523.hp2 HG02698.hp2 HG02735.hp2 HG03239.hp2 HG03490.hp1 HG03492.hp1 HG04184.hp1 NA18747.hp2 NA18942.hp2 NA18944.hp2 NA18948.hp1 NA18951.hp2 NA18974.hp2 NA18998.hp1 NA19000.hp2 NA19003.hp2 NA19006.hp1 NA19078.hp2 NA19091.hp2	a0001 a0001	a0001c0002 a0001c0002	a0001c0002t0004 a0001c0002t0015 a0001c0002t0025 others(1): Show a0001c0002t0004 a0001c0002t0015 a0001c0002t0025 a0001c0002t0035	a0001c0002t0004g0004 a0001c0002t0004g0024 a0001c0002t0004g0025 others(34): Show a0001c0002t0004g0004 a0001c0002t0004g0024 a0001c0002t0004g0025 a0001c0002t0004g0026 a0001c0002t0004g0027 a0001c0002t0004g0028 a0001c0002t0004g0030 a0001c0002t0004g0031 a0001c0002t0004g0032 a0001c0002t0004g0033 a0001c0002t0004g0034 a0001c0002t0004g0035 a0001c0002t0004g0036 a0001c0002t0004g0040 a0001c0002t0004g0041 a0001c0002t0004g0042 a0001c0002t0004g0044 a0001c0002t0004g0045 a0001c0002t0004g0046 a0001c0002t0004g0047 a0001c0002t0004g0048 a0001c0002t0004g0049 a0001c0002t0004g0050 a0001c0002t0004g0051 a0001c0002t0004g0052 a0001c0002t0004g0053 a0001c0002t0004g0054 a0001c0002t0004g0055 a0001c0002t0004g0056 a0001c0002t0004g0057 a0001c0002t0004g0205 a0001c0002t0004g0319 a0001c0002t0015g0029 a0001c0002t0015g0038 a0001c0002t0015g0039 a0001c0002t0025g0037 a0001c0002t0035g0058	37	324	0.1142	-1	c.223 others(9): Show c.2236+468delA	ACAP2	ENSG00000114331.16	transcript	ENST00000326793.11	protein_coding	22/22	chr3	TogoVar
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