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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ACAP2_chr3_195269745_195448020	195407200	TA TA	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00280.hp2 HG00323.hp1 HG00408.hp1 others(82): Show HG00280.hp2 HG00323.hp1 HG00408.hp1 HG00735.hp2 HG00738.hp1 HG01070.hp2 HG01074.hp1 HG01109.hp2 HG01168.hp1 HG01169.hp2 HG01256.hp1 HG01257.hp1 HG01258.hp2 HG01346.hp1 HG01433.hp1 HG01928.hp1 HG01934.hp1 HG01975.hp1 HG01981.hp2 HG02004.hp1 HG02055.hp1 HG02109.hp1 HG02129.hp1 HG02257.hp2 HG02258.hp1 HG02273.hp2 HG02280.hp2 HG02451.hp1 HG02486.hp2 HG02615.hp2 HG02622.hp2 HG02630.hp1 HG02717.hp2 HG02895.hp1 HG02895.hp2 HG02896.hp1 HG02896.hp2 HG02897.hp1 HG02897.hp2 HG02922.hp2 HG02976.hp1 HG03041.hp2 HG03098.hp1 HG03130.hp2 HG03195.hp2 HG03209.hp2 HG03225.hp1 HG03486.hp1 HG03486.hp2 HG03516.hp2 HG03540.hp1 HG03579.hp1 HG03669.hp2 HG03710.hp1 HG03831.hp1 HG03927.hp1 HG04184.hp2 HG04199.hp2 HG04228.hp1 HG06807.hp2 NA18522.hp2 NA18942.hp1 NA18949.hp1 NA18951.hp1 NA18955.hp2 NA18957.hp1 NA18959.hp1 NA18961.hp1 NA18965.hp2 NA18983.hp2 NA18984.hp2 NA18990.hp1 NA18993.hp1 NA19060.hp1 NA19085.hp1 NA19086.hp2 NA19090.hp2 NA19240.hp1 NA20300.hp2 NA20752.hp1 NA20752.hp2 NA20805.hp2 NA20905.hp1 NA21309.hp2 homoSapiens_chm13v2.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0006 a0001c0001 a0001c0006	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(12): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0006 a0001c0001t0007 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0011 a0001c0001t0012 a0001c0001t0014 a0001c0001t0024 a0001c0001t0032 a0001c0001t0034 a0001c0001t0036 a0001c0006t0007	a0001c0001t0001g0218 a0001c0001t0001g0219 a0001c0001t0002g0119 others(82): Show a0001c0001t0001g0218 a0001c0001t0001g0219 a0001c0001t0002g0119 a0001c0001t0002g0308 a0001c0001t0002g0309 a0001c0001t0002g0310 a0001c0001t0002g0311 a0001c0001t0002g0312 a0001c0001t0002g0317 a0001c0001t0002g0318 a0001c0001t0003g0008 a0001c0001t0003g0009 a0001c0001t0003g0010 a0001c0001t0003g0011 a0001c0001t0003g0013 a0001c0001t0003g0014 a0001c0001t0003g0015 a0001c0001t0003g0016 a0001c0001t0003g0017 a0001c0001t0003g0018 a0001c0001t0003g0107 a0001c0001t0003g0111 a0001c0001t0003g0112 a0001c0001t0003g0113 a0001c0001t0003g0114 a0001c0001t0003g0117 a0001c0001t0003g0118 a0001c0001t0003g0122 a0001c0001t0003g0123 a0001c0001t0003g0124 a0001c0001t0003g0125 a0001c0001t0003g0126 a0001c0001t0003g0127 a0001c0001t0003g0128 a0001c0001t0003g0129 a0001c0001t0003g0133 a0001c0001t0003g0135 a0001c0001t0003g0136 a0001c0001t0003g0140 a0001c0001t0003g0141 a0001c0001t0003g0142 a0001c0001t0003g0143 a0001c0001t0003g0144 a0001c0001t0003g0145 a0001c0001t0006g0091 a0001c0001t0006g0092 a0001c0001t0006g0093 a0001c0001t0006g0094 a0001c0001t0006g0095 a0001c0001t0006g0096 a0001c0001t0006g0097 a0001c0001t0006g0098 a0001c0001t0006g0100 a0001c0001t0006g0313 a0001c0001t0007g0147 a0001c0001t0007g0148 a0001c0001t0007g0307 a0001c0001t0007g0315 a0001c0001t0008g0101 a0001c0001t0008g0109 a0001c0001t0008g0115 a0001c0001t0008g0116 a0001c0001t0008g0131 a0001c0001t0008g0132 a0001c0001t0009g0102 a0001c0001t0009g0120 a0001c0001t0009g0121 a0001c0001t0009g0137 a0001c0001t0009g0139 a0001c0001t0011g0087 a0001c0001t0011g0088 a0001c0001t0011g0089 a0001c0001t0011g0090 a0001c0001t0011g0099 a0001c0001t0012g0108 a0001c0001t0012g0110 a0001c0001t0012g0134 a0001c0001t0014g0012 a0001c0001t0014g0106 a0001c0001t0014g0138 a0001c0001t0024g0003 a0001c0001t0032g0130 a0001c0001t0034g0020 a0001c0001t0036g0321 a0001c0006t0007g0314	85	324	0.2624	-1	c.54- others(9): Show c.54-15054delT	ACAP2	ENSG00000114331.16	transcript	ENST00000326793.11	protein_coding	1/22			chr3	TogoVar
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