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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ACBD4_chr17_45130687_45149176	45149110	TC TC	T T	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00140.hp2 HG00408.hp1 others(79): Show HG00099.hp1 HG00140.hp2 HG00408.hp1 HG00438.hp1 HG00544.hp2 HG00609.hp1 HG00642.hp2 HG00673.hp2 HG00735.hp2 HG00741.hp1 HG01069.hp1 HG01106.hp1 HG01175.hp1 HG01243.hp1 HG01243.hp2 HG01256.hp1 HG01257.hp2 HG01258.hp1 HG01358.hp2 HG01361.hp2 HG01515.hp1 HG01517.hp2 HG01884.hp2 HG01928.hp2 HG01975.hp2 HG02004.hp1 HG02027.hp2 HG02132.hp2 HG02148.hp2 HG02155.hp1 HG02257.hp1 HG02273.hp1 HG02602.hp1 HG02615.hp1 HG02735.hp2 HG02738.hp2 HG02809.hp1 HG02896.hp1 HG03017.hp1 HG03139.hp1 HG03490.hp2 HG03654.hp1 HG03669.hp2 HG03688.hp1 HG03704.hp2 HG03834.hp1 HG04184.hp2 HG04204.hp2 NA18940.hp2 NA18942.hp1 NA18943.hp2 NA18948.hp1 NA18954.hp1 NA18955.hp1 NA18956.hp2 NA18959.hp2 NA18965.hp2 NA18967.hp1 NA18971.hp2 NA18974.hp2 NA18985.hp1 NA18986.hp2 NA18989.hp1 NA18990.hp2 NA19005.hp2 NA19009.hp2 NA19010.hp2 NA19043.hp2 NA19054.hp2 NA19055.hp2 NA19062.hp1 NA19063.hp2 NA19065.hp1 NA19067.hp2 NA19081.hp2 NA19082.hp2 NA19084.hp1 NA19087.hp2 NA19090.hp1 NA20129.hp1 NA20752.hp1 NA20805.hp2	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0002c0002 a0001c0001 a0002c0002	a0001c0001t0001 a0002c0002t0001 a0001c0001t0001 a0002c0002t0001	a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0005 others(26): Show a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0005 a0001c0001t0001g0015 a0001c0001t0001g0020 a0001c0001t0001g0025 a0001c0001t0001g0031 a0001c0001t0001g0043 a0001c0001t0001g0045 a0001c0001t0001g0046 a0001c0001t0001g0047 a0001c0001t0001g0050 a0001c0001t0001g0058 a0001c0001t0001g0099 a0001c0001t0001g0101 a0001c0001t0001g0102 a0001c0001t0001g0103 a0001c0001t0001g0104 a0001c0001t0001g0105 a0001c0001t0001g0106 a0001c0001t0001g0107 a0001c0001t0001g0108 a0001c0001t0001g0109 a0001c0001t0001g0112 a0001c0001t0001g0116 a0001c0001t0001g0117 a0001c0001t0001g0125 a0001c0001t0001g0130 a0002c0002t0001g0010	82	452	0.1814	-1	c.55 others(6): Show c.5540delC	ACBD4	ENSG00000181513.15	transcript	ENST00000321854.13	protein_coding		4935	chr17	TogoVar
ACBD5_chr10_27190214_27245797	27192247	CT CT	C C	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00099.hp2 HG00423.hp1 HG00438.hp2 others(124): Show HG00099.hp2 HG00423.hp1 HG00438.hp2 HG00544.hp2 HG00609.hp1 HG00673.hp2 HG00738.hp2 HG00741.hp1 HG00741.hp2 HG01069.hp1 HG01070.hp2 HG01071.hp1 HG01099.hp1 HG01106.hp2 HG01168.hp1 HG01175.hp2 HG01192.hp2 HG01243.hp1 HG01255.hp1 HG01257.hp1 HG01258.hp1 HG01346.hp1 HG01891.hp2 HG01928.hp1 HG01934.hp2 HG01943.hp1 HG01952.hp2 HG01978.hp1 HG01981.hp1 HG01993.hp2 HG02004.hp1 HG02040.hp2 HG02055.hp1 HG02056.hp1 HG02071.hp2 HG02074.hp1 HG02080.hp1 HG02083.hp1 HG02083.hp2 HG02148.hp2 HG02155.hp1 HG02273.hp1 HG02293.hp2 HG02300.hp2 HG02486.hp1 HG02523.hp1 HG02615.hp2 HG02735.hp1 HG02735.hp2 HG02965.hp1 HG03139.hp2 HG03239.hp2 HG03486.hp1 HG03490.hp2 HG03491.hp1 HG03491.hp2 HG03492.hp1 HG03492.hp2 HG03516.hp2 HG03669.hp1 HG03710.hp1 HG03831.hp1 HG03927.hp2 HG04115.hp1 HG04199.hp2 HG04204.hp1 HG04204.hp2 HG06807.hp2 NA18747.hp1 NA18747.hp2 NA18939.hp2 NA18940.hp1 NA18943.hp2 NA18945.hp1 NA18945.hp2 NA18949.hp1 NA18950.hp1 NA18961.hp2 NA18962.hp2 NA18965.hp2 NA18967.hp1 NA18969.hp2 NA18971.hp2 NA18973.hp2 NA18975.hp2 NA18984.hp1 NA18984.hp2 NA18988.hp1 NA18988.hp2 NA18990.hp1 NA18991.hp2 NA18992.hp2 NA18993.hp1 NA18995.hp1 NA18998.hp1 NA18998.hp2 NA19001.hp1 NA19004.hp1 NA19005.hp2 NA19007.hp2 NA19009.hp2 NA19056.hp1 NA19058.hp2 NA19060.hp2 NA19062.hp2 NA19064.hp1 NA19064.hp2 NA19066.hp1 NA19067.hp1 NA19074.hp1 NA19075.hp2 NA19077.hp1 NA19077.hp2 NA19079.hp1 NA19082.hp1 NA19082.hp2 NA19084.hp1 NA19088.hp2 NA19090.hp1 NA19091.hp1 NA19240.hp1 NA20129.hp1 NA20752.hp2 NA20805.hp1 NA20905.hp1 NA21309.hp2 homoSapiens_chm13v2.hp1	a0001 a0004 a0001 a0004	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 others(2): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0005 a0004c0007	a0001c0001t0001 a0001c0002t0001 a0001c0002t0011 others(5): Show a0001c0001t0001 a0001c0002t0001 a0001c0002t0011 a0001c0002t0012 a0001c0002t0013 a0001c0003t0001 a0001c0005t0002 a0004c0007t0001	a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0052 a0001c0001t0001g0060 others(114): Show a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0052 a0001c0001t0001g0060 a0001c0001t0001g0080 a0001c0001t0001g0083 a0001c0001t0001g0089 a0001c0001t0001g0111 a0001c0001t0001g0218 a0001c0001t0001g0237 a0001c0001t0001g0238 a0001c0001t0001g0240 a0001c0001t0001g0251 a0001c0001t0001g0263 a0001c0001t0001g0273 a0001c0001t0001g0281 a0001c0001t0001g0283 a0001c0001t0001g0294 a0001c0001t0001g0295 a0001c0001t0001g0308 a0001c0002t0001g0003 a0001c0002t0001g0010 a0001c0002t0001g0011 a0001c0002t0001g0012 a0001c0002t0001g0013 a0001c0002t0001g0214 a0001c0002t0001g0215 a0001c0002t0001g0216 a0001c0002t0001g0219 a0001c0002t0001g0220 a0001c0002t0001g0221 a0001c0002t0001g0222 a0001c0002t0001g0223 a0001c0002t0001g0226 a0001c0002t0001g0227 a0001c0002t0001g0229 a0001c0002t0001g0230 a0001c0002t0001g0231 a0001c0002t0001g0232 a0001c0002t0001g0233 a0001c0002t0001g0234 a0001c0002t0001g0235 a0001c0002t0001g0236 a0001c0002t0001g0239 a0001c0002t0001g0241 a0001c0002t0001g0244 a0001c0002t0001g0245 a0001c0002t0001g0246 a0001c0002t0001g0247 a0001c0002t0001g0248 a0001c0002t0001g0249 a0001c0002t0001g0250 a0001c0002t0001g0252 a0001c0002t0001g0253 a0001c0002t0001g0254 a0001c0002t0001g0255 a0001c0002t0001g0256 a0001c0002t0001g0258 a0001c0002t0001g0259 a0001c0002t0001g0260 a0001c0002t0001g0262 a0001c0002t0001g0264 a0001c0002t0001g0265 a0001c0002t0001g0266 a0001c0002t0001g0267 a0001c0002t0001g0268 a0001c0002t0001g0269 a0001c0002t0001g0270 a0001c0002t0001g0271 a0001c0002t0001g0272 a0001c0002t0001g0274 a0001c0002t0001g0275 a0001c0002t0001g0277 a0001c0002t0001g0278 a0001c0002t0001g0279 a0001c0002t0001g0280 a0001c0002t0001g0282 a0001c0002t0001g0284 a0001c0002t0001g0285 a0001c0002t0001g0286 a0001c0002t0001g0287 a0001c0002t0001g0288 a0001c0002t0001g0289 a0001c0002t0001g0290 a0001c0002t0001g0291 a0001c0002t0001g0292 a0001c0002t0001g0293 a0001c0002t0001g0296 a0001c0002t0001g0297 a0001c0002t0001g0298 a0001c0002t0001g0299 a0001c0002t0001g0300 a0001c0002t0001g0301 a0001c0002t0001g0303 a0001c0002t0001g0304 a0001c0002t0001g0305 a0001c0002t0001g0306 a0001c0002t0001g0307 a0001c0002t0001g0309 a0001c0002t0011g0224 a0001c0002t0011g0225 a0001c0002t0012g0015 a0001c0002t0013g0257 a0001c0003t0001g0004 a0001c0003t0001g0014 a0001c0003t0001g0314 a0001c0003t0001g0315 a0001c0003t0001g0332 a0001c0003t0001g0333 a0001c0003t0001g0334 a0001c0003t0001g0335 a0001c0003t0001g0337 a0001c0003t0001g0338 a0001c0003t0001g0339 a0001c0003t0001g0364 a0001c0005t0002g0119 a0004c0007t0001g0276 a0004c0007t0001g0302	127	384	0.3307	-1	c.51 others(6): Show c.5182delA	ACBD5	ENSG00000107897.20	transcript	ENST00000396271.8	protein_coding		2966	chr10	TogoVar
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