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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ACER3_chr11_76855918_77031797	76891115	TA TA	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp2 HG00544.hp1 HG00621.hp1 others(80): Show HG00099.hp2 HG00544.hp1 HG00621.hp1 HG00642.hp1 HG00673.hp2 HG00741.hp2 HG01070.hp2 HG01074.hp1 HG01099.hp1 HG01106.hp1 HG01109.hp1 HG01167.hp1 HG01168.hp1 HG01175.hp1 HG01255.hp1 HG01256.hp2 HG01257.hp1 HG01258.hp2 HG01261.hp1 HG01346.hp1 HG01358.hp1 HG01361.hp2 HG01496.hp2 HG01517.hp1 HG01891.hp2 HG01981.hp1 HG02015.hp1 HG02056.hp2 HG02148.hp1 HG02257.hp2 HG02273.hp1 HG02300.hp1 HG02523.hp2 HG02602.hp2 HG02615.hp2 HG02683.hp1 HG02735.hp1 HG03017.hp1 HG03491.hp2 HG03516.hp1 HG03654.hp2 HG03704.hp1 NA18942.hp2 NA18943.hp2 NA18950.hp2 NA18952.hp1 NA18957.hp1 NA18960.hp2 NA18961.hp2 NA18968.hp2 NA18973.hp1 NA18979.hp1 NA18980.hp1 NA18981.hp1 NA18982.hp1 NA18983.hp1 NA18989.hp2 NA18990.hp2 NA18991.hp1 NA18994.hp1 NA18999.hp2 NA19000.hp1 NA19001.hp1 NA19003.hp1 NA19005.hp1 NA19054.hp2 NA19056.hp2 NA19058.hp1 NA19060.hp1 NA19068.hp2 NA19074.hp2 NA19080.hp1 NA19082.hp2 NA19085.hp1 NA19087.hp1 NA19088.hp2 NA19090.hp2 NA19091.hp1 NA20129.hp1 NA20805.hp2 NA20905.hp2 NA21309.hp1 homoSapiens_chm13v2.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0008 others(35): Show a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0008 a0001c0001t0013 a0001c0001t0018 a0001c0001t0022 a0001c0001t0023 a0001c0001t0030 a0001c0001t0031 a0001c0001t0032 a0001c0001t0033 a0001c0001t0034 a0001c0001t0035 a0001c0001t0036 a0001c0001t0038 a0001c0001t0062 a0001c0001t0065 a0001c0001t0066 a0001c0001t0067 a0001c0001t0068 a0001c0001t0069 a0001c0001t0072 a0001c0001t0076 a0001c0001t0077 a0001c0001t0078 a0001c0001t0079 a0001c0001t0080 a0001c0001t0081 a0001c0001t0082 a0001c0001t0083 a0001c0001t0084 a0001c0001t0085 a0001c0001t0091 a0001c0001t0092 a0001c0001t0093 a0001c0001t0127 a0001c0001t0128 a0001c0001t0129	a0001c0001t0003g0020 a0001c0001t0003g0021 a0001c0001t0003g0023 others(80): Show a0001c0001t0003g0020 a0001c0001t0003g0021 a0001c0001t0003g0023 a0001c0001t0003g0026 a0001c0001t0003g0027 a0001c0001t0003g0028 a0001c0001t0003g0029 a0001c0001t0003g0032 a0001c0001t0003g0036 a0001c0001t0003g0038 a0001c0001t0003g0039 a0001c0001t0003g0055 a0001c0001t0003g0068 a0001c0001t0003g0085 a0001c0001t0003g0096 a0001c0001t0003g0097 a0001c0001t0004g0030 a0001c0001t0004g0034 a0001c0001t0004g0037 a0001c0001t0004g0045 a0001c0001t0004g0047 a0001c0001t0004g0056 a0001c0001t0004g0073 a0001c0001t0004g0074 a0001c0001t0004g0077 a0001c0001t0004g0078 a0001c0001t0004g0091 a0001c0001t0008g0042 a0001c0001t0008g0057 a0001c0001t0008g0058 a0001c0001t0008g0062 a0001c0001t0008g0084 a0001c0001t0008g0090 a0001c0001t0013g0016 a0001c0001t0013g0019 a0001c0001t0018g0043 a0001c0001t0018g0049 a0001c0001t0018g0089 a0001c0001t0018g0094 a0001c0001t0022g0080 a0001c0001t0022g0081 a0001c0001t0022g0088 a0001c0001t0023g0063 a0001c0001t0023g0064 a0001c0001t0023g0095 a0001c0001t0030g0015 a0001c0001t0031g0040 a0001c0001t0031g0048 a0001c0001t0032g0065 a0001c0001t0032g0066 a0001c0001t0033g0024 a0001c0001t0033g0061 a0001c0001t0034g0092 a0001c0001t0034g0098 a0001c0001t0035g0069 a0001c0001t0035g0070 a0001c0001t0036g0022 a0001c0001t0036g0044 a0001c0001t0038g0050 a0001c0001t0038g0093 a0001c0001t0062g0031 a0001c0001t0065g0082 a0001c0001t0066g0017 a0001c0001t0067g0059 a0001c0001t0068g0025 a0001c0001t0069g0079 a0001c0001t0072g0076 a0001c0001t0076g0051 a0001c0001t0077g0052 a0001c0001t0078g0033 a0001c0001t0079g0041 a0001c0001t0080g0086 a0001c0001t0081g0018 a0001c0001t0082g0053 a0001c0001t0083g0054 a0001c0001t0084g0060 a0001c0001t0085g0035 a0001c0001t0091g0075 a0001c0001t0092g0087 a0001c0001t0093g0083 a0001c0001t0127g0046 a0001c0001t0128g0072 a0001c0001t0129g0071	83	346	0.2399	-1	c.103 others(10): Show c.103+30048delA	ACER3	ENSG00000078124.13	transcript	ENST00000532485.6	protein_coding	1/10		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr11	TogoVar
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