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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ACKR2_chr3_42804445_42872286	42828091	TA TA	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00639.hp2 HG02109.hp1 HG02723.hp1 others(2): Show HG00639.hp2 HG02109.hp1 HG02723.hp1 HG02965.hp1 HG03579.hp2	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0002c0003 a0001c0001 a0002c0003	a0001c0001t0006 a0001c0001t0011 a0001c0001t0018 others(1): Show a0001c0001t0006 a0001c0001t0011 a0001c0001t0018 a0002c0003t0005	a0001c0001t0006g0326 a0001c0001t0011g0207 a0001c0001t0011g0212 others(2): Show a0001c0001t0006g0326 a0001c0001t0011g0207 a0001c0001t0011g0212 a0001c0001t0018g0206 a0002c0003t0005g0197	5	342	0.0146	-1	c.-38 others(9): Show c.-38+8381delA	ACKR2	ENSG00000144648.16	transcript	ENST00000422265.6	protein_coding	2/2			chr3	TogoVar
ACKR2_chr3_42804445_42872286	42830643	GC GC	G G	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00735.hp2 HG01358.hp1 HG01928.hp2 others(5): Show HG00735.hp2 HG01358.hp1 HG01928.hp2 HG01934.hp2 NA18968.hp1 NA18994.hp2 NA19011.hp1 NA19088.hp2	a0002 a0002	a0002c0002 a0002c0002	a0002c0002t0002 a0002c0002t0002	a0002c0002t0002g0287 a0002c0002t0002g0288 a0002c0002t0002g0289 others(5): Show a0002c0002t0002g0287 a0002c0002t0002g0288 a0002c0002t0002g0289 a0002c0002t0002g0290 a0002c0002t0002g0291 a0002c0002t0002g0292 a0002c0002t0002g0293 a0002c0002t0002g0317	8	342	0.0234	-1	c.-38 others(10): Show c.-38+10934delC	ACKR2	ENSG00000144648.16	transcript	ENST00000422265.6	protein_coding	2/2		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr3	TogoVar
ACKR2_chr3_42804445_42872286	42840259	CA CA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01167.hp1 HG01169.hp1 HG02109.hp1 others(8): Show HG01167.hp1 HG01169.hp1 HG02109.hp1 HG02622.hp2 HG02723.hp2 HG02897.hp2 HG02965.hp1 HG02976.hp2 HG03139.hp1 HG03486.hp1 NA18906.hp1	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0002c0002 a0002c0003 a0001c0001 a0002c0002 a0002c0003	a0001c0001t0006 a0002c0002t0002 a0002c0002t0004 others(3): Show a0001c0001t0006 a0002c0002t0002 a0002c0002t0004 a0002c0002t0012 a0002c0003t0005 a0002c0003t0015	a0001c0001t0006g0065 a0001c0001t0006g0326 a0002c0002t0002g0001 others(6): Show a0001c0001t0006g0065 a0001c0001t0006g0326 a0002c0002t0002g0001 a0002c0002t0002g0023 a0002c0002t0002g0060 a0002c0002t0004g0028 a0002c0002t0012g0003 a0002c0003t0005g0197 a0002c0003t0015g0184	11	342	0.0322	-1	c.-38 others(10): Show c.-38+20574delA	ACKR2	ENSG00000144648.16	transcript	ENST00000422265.6	protein_coding	2/2		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr3	TogoVar
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