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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ACOT7_chr1_6259272_6398767	6344763	CA CA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00738.hp2 HG01106.hp1 HG01256.hp2 others(24): Show HG00738.hp2 HG01106.hp1 HG01256.hp2 HG01346.hp2 HG02055.hp2 HG02109.hp2 HG02622.hp2 HG02647.hp1 HG02818.hp2 HG02922.hp2 HG02970.hp2 HG03017.hp1 HG03098.hp2 HG03225.hp2 HG03453.hp2 HG03471.hp2 HG03516.hp2 HG03579.hp2 HG06807.hp2 NA18522.hp1 NA18906.hp2 NA18946.hp2 NA18977.hp2 NA18991.hp2 NA18998.hp1 NA19085.hp1 NA20300.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 others(4): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0006 a0001c0001t0010 a0001c0002t0003 a0001c0002t0004	a0001c0001t0001g0013 a0001c0001t0001g0014 a0001c0001t0001g0038 others(24): Show a0001c0001t0001g0013 a0001c0001t0001g0014 a0001c0001t0001g0038 a0001c0001t0001g0054 a0001c0001t0001g0084 a0001c0001t0003g0162 a0001c0001t0003g0168 a0001c0001t0003g0172 a0001c0001t0003g0173 a0001c0001t0003g0175 a0001c0001t0003g0176 a0001c0001t0003g0180 a0001c0001t0003g0181 a0001c0001t0003g0182 a0001c0001t0003g0183 a0001c0001t0003g0184 a0001c0001t0003g0186 a0001c0001t0004g0198 a0001c0001t0004g0221 a0001c0001t0004g0232 a0001c0001t0006g0210 a0001c0001t0010g0163 a0001c0002t0003g0147 a0001c0002t0003g0164 a0001c0002t0003g0178 a0001c0002t0003g0187 a0001c0002t0004g0200	27	240	0.1125	-1	c.261 others(9): Show c.261+4985delT	ACOT7	ENSG00000097021.21	transcript	ENST00000361521.9	protein_coding	2/8		chr1	TogoVar
ACOT7_chr1_6259272_6398767	6346472	GC GC	G G	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02622.hp2 HG02818.hp2 HG02922.hp2 others(3): Show HG02622.hp2 HG02818.hp2 HG02922.hp2 HG03098.hp2 HG03453.hp2 NA18522.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0006 others(2): Show a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0006 a0001c0001t0010 a0001c0002t0003	a0001c0001t0003g0162 a0001c0001t0003g0186 a0001c0001t0004g0198 others(3): Show a0001c0001t0003g0162 a0001c0001t0003g0186 a0001c0001t0004g0198 a0001c0001t0006g0210 a0001c0001t0010g0163 a0001c0002t0003g0178	6	240	0.0250	-1	c.261 others(9): Show c.261+3276delG	ACOT7	ENSG00000097021.21	transcript	ENST00000361521.9	protein_coding	2/8		chr1	TogoVar
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