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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ACOT9_chrX_23696055_23748276	23734078	AC AC	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02055.hp1 HG02055.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0033 a0001c0001t0033	a0001c0001t0033g0095 a0001c0001t0033g0095	1	309	0.0032	-1	c.145 others(8): Show c.145+262delG	ACOT9	ENSG00000123130.17	transcript	ENST00000379303.10	protein_coding	3/15		chrX	TogoVar
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ACOT9_chrX_23696055_23748276	23734232	CA CA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	NA18981.hp1 NA18981.hp1	a0007 a0007	a0007c0005 a0007c0005	a0007c0005t0002 a0007c0005t0002	a0007c0005t0002g0236 a0007c0005t0002g0236	1	309	0.0032	-1	c.145 others(8): Show c.145+108delT	ACOT9	ENSG00000123130.17	transcript	ENST00000379303.10	protein_coding	3/15		chrX	TogoVar
ACOT9_chrX_23696055_23748276	23734441	CA CA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	NA18981.hp1 NA18981.hp1	a0007 a0007	a0007c0005 a0007c0005	a0007c0005t0002 a0007c0005t0002	a0007c0005t0002g0236 a0007c0005t0002g0236	1	309	0.0032	-1	c.119 others(7): Show c.119-75delT	ACOT9	ENSG00000123130.17	transcript	ENST00000379303.10	protein_coding	2/15		chrX	TogoVar
ACOT9_chrX_23696055_23748276	23734480	CA CA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	NA18981.hp1 NA18981.hp1	a0007 a0007	a0007c0005 a0007c0005	a0007c0005t0002 a0007c0005t0002	a0007c0005t0002g0236 a0007c0005t0002g0236	1	309	0.0032	-1	c.119 others(8): Show c.119-114delT	ACOT9	ENSG00000123130.17	transcript	ENST00000379303.10	protein_coding	2/15		chrX	TogoVar
ACOT9_chrX_23696055_23748276	23734981	CA CA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00140.hp1 HG00323.hp1 HG00408.hp1 others(129): Show HG00140.hp1 HG00323.hp1 HG00408.hp1 HG00423.hp1 HG00438.hp2 HG00639.hp2 HG00642.hp1 HG01074.hp1 HG01099.hp1 HG01106.hp1 HG01109.hp1 HG01169.hp1 HG01192.hp1 HG01257.hp2 HG01261.hp1 HG01346.hp1 HG01346.hp2 HG01433.hp1 HG01496.hp1 HG01496.hp2 HG01516.hp2 HG01884.hp1 HG01891.hp1 HG01891.hp2 HG01934.hp1 HG01975.hp2 HG01978.hp2 HG01981.hp1 HG02004.hp1 HG02004.hp2 HG02055.hp1 HG02074.hp1 HG02109.hp1 HG02109.hp2 HG02132.hp1 HG02145.hp1 HG02148.hp1 HG02148.hp2 HG02165.hp2 HG02257.hp1 HG02257.hp2 HG02258.hp1 HG02280.hp1 HG02280.hp2 HG02293.hp1 HG02451.hp1 HG02451.hp2 HG02559.hp1 HG02559.hp2 HG02572.hp1 HG02615.hp1 HG02630.hp2 HG02647.hp1 HG02698.hp1 HG02717.hp1 HG02723.hp1 HG02723.hp2 HG02809.hp1 HG02809.hp2 HG02818.hp1 HG02886.hp2 HG02895.hp1 HG02897.hp1 HG02897.hp2 HG02922.hp1 HG02922.hp2 HG02965.hp1 HG02970.hp2 HG02976.hp1 HG03041.hp1 HG03098.hp1 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