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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ACSF3_chr16_89088852_89161233	89131127	CT CT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01168.hp2 HG01515.hp2 HG02897.hp1 others(5): Show HG01168.hp2 HG01515.hp2 HG02897.hp1 HG02922.hp1 HG02965.hp1 HG03041.hp1 NA18939.hp1 NA21309.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0005 a0001c0001 a0001c0005	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0013 others(1): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0013 a0001c0005t0011	a0001c0001t0001g0270 a0001c0001t0001g0275 a0001c0001t0001g0354 others(5): Show a0001c0001t0001g0270 a0001c0001t0001g0275 a0001c0001t0001g0354 a0001c0001t0001g0355 a0001c0001t0002g0174 a0001c0001t0002g0182 a0001c0001t0013g0043 a0001c0005t0011g0321	8	368	0.0217	-1	c.124 others(10): Show c.1240-1985delT	ACSF3	ENSG00000176715.17	transcript	ENST00000614302.5	protein_coding	7/10		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr16	TogoVar
ACSF3_chr16_89088852_89161233	89135071	GT GT	G G	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00408.hp1 HG00408.hp2 others(136): Show HG00099.hp1 HG00408.hp1 HG00408.hp2 HG00423.hp1 HG00438.hp1 HG00438.hp2 HG00544.hp1 HG00544.hp2 HG00558.hp1 HG00558.hp2 HG00621.hp1 HG00621.hp2 HG00642.hp2 HG00673.hp1 HG00673.hp2 HG00741.hp1 HG01256.hp2 HG01257.hp2 HG01258.hp2 HG01515.hp2 HG01891.hp2 HG01928.hp1 HG01978.hp1 HG02015.hp2 HG02040.hp1 HG02055.hp2 HG02056.hp1 HG02071.hp1 HG02071.hp2 HG02074.hp1 HG02074.hp2 HG02080.hp1 HG02083.hp1 HG02083.hp2 HG02129.hp1 HG02129.hp2 HG02132.hp2 HG02155.hp1 HG02155.hp2 HG02273.hp2 HG02300.hp1 HG02602.hp1 HG02602.hp2 HG02647.hp2 HG02683.hp2 HG02738.hp1 HG02886.hp1 HG02976.hp2 HG03017.hp1 HG03017.hp2 HG03139.hp1 HG03490.hp2 HG03491.hp1 HG03491.hp2 HG03654.hp1 HG03669.hp1 HG03704.hp1 HG03710.hp2 HG03927.hp1 HG03927.hp2 HG03942.hp1 HG03942.hp2 HG04184.hp1 HG04184.hp2 HG04199.hp2 NA18522.hp2 NA18612.hp1 NA18747.hp1 NA18940.hp1 NA18941.hp1 NA18941.hp2 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