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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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regionname	pos	ref	alt	annotation	impact	samples	ahapids	achapids	acthapids	actghapids	ac	an	af	len	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	distance	status	chr	external
ACSS1_chr20_25001237_25063139	25053230	AT AT	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00323.hp1 HG00558.hp1 HG00558.hp2 others(74): Show HG00323.hp1 HG00558.hp1 HG00558.hp2 HG00609.hp2 HG00621.hp1 HG00642.hp1 HG01069.hp2 HG01070.hp2 HG01071.hp1 HG01081.hp1 HG01081.hp2 HG01106.hp1 HG01106.hp2 HG01123.hp2 HG01175.hp1 HG01255.hp2 HG01257.hp1 HG01258.hp2 HG01261.hp2 HG01496.hp2 HG01515.hp2 HG01516.hp1 HG01517.hp2 HG02027.hp1 HG02055.hp1 HG02083.hp2 HG02109.hp1 HG02145.hp1 HG02145.hp2 HG02148.hp1 HG02155.hp2 HG02257.hp2 HG02258.hp2 HG02273.hp2 HG02300.hp1 HG02559.hp2 HG02615.hp1 HG02630.hp1 HG02630.hp2 HG02647.hp2 HG02717.hp2 HG02738.hp1 HG02738.hp2 HG02809.hp2 HG02895.hp2 HG02896.hp2 HG02922.hp2 HG02976.hp2 HG03017.hp2 HG03130.hp1 HG03130.hp2 HG03139.hp1 HG03471.hp1 HG03471.hp2 HG03491.hp1 HG03579.hp1 HG03654.hp1 HG03669.hp2 HG03831.hp1 HG04184.hp1 HG04228.hp1 HG04228.hp2 HG06807.hp2 NA18522.hp1 NA18522.hp2 NA18948.hp1 NA18954.hp1 NA18973.hp2 NA18979.hp1 NA19030.hp1 NA19030.hp2 NA19043.hp1 NA19066.hp2 NA19074.hp2 NA19089.hp1 NA21309.hp2 homoSapiens_chm13v2.hp1	a0001 a0002 a0008 others(3): Show a0001 a0002 a0008 a0009 a0012 a0013	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 others(12): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0007 a0001c0030 a0002c0004 a0002c0005 a0002c0009 a0002c0012 a0002c0013 a0002c0026 a0008c0011 a0009c0017 a0012c0023 a0013c0024	a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0001c0002t0001 others(14): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0001c0002t0001 a0001c0002t0009 a0001c0003t0003 a0001c0007t0006 a0001c0030t0001 a0002c0004t0002 a0002c0005t0002 a0002c0009t0001 a0002c0012t0002 a0002c0013t0005 a0002c0026t0001 a0008c0011t0001 a0009c0017t0001 a0012c0023t0001 a0013c0024t0010	a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0014 a0001c0001t0001g0017 others(67): Show a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0014 a0001c0001t0001g0017 a0001c0001t0001g0018 a0001c0001t0001g0094 a0001c0001t0001g0143 a0001c0001t0001g0150 a0001c0001t0001g0151 a0001c0001t0001g0152 a0001c0001t0001g0153 a0001c0001t0001g0154 a0001c0001t0001g0155 a0001c0001t0001g0156 a0001c0001t0001g0157 a0001c0001t0001g0158 a0001c0001t0001g0168 a0001c0001t0001g0180 a0001c0001t0001g0182 a0001c0001t0001g0183 a0001c0001t0001g0184 a0001c0001t0001g0185 a0001c0001t0001g0186 a0001c0001t0001g0189 a0001c0001t0001g0190 a0001c0001t0001g0191 a0001c0001t0001g0192 a0001c0001t0001g0193 a0001c0001t0001g0198 a0001c0001t0001g0199 a0001c0001t0001g0200 a0001c0001t0001g0201 a0001c0001t0004g0092 a0001c0001t0004g0095 a0001c0001t0004g0096 a0001c0001t0004g0169 a0001c0001t0004g0177 a0001c0001t0004g0178 a0001c0001t0004g0179 a0001c0001t0004g0187 a0001c0001t0004g0188 a0001c0002t0001g0072 a0001c0002t0009g0077 a0001c0003t0003g0008 a0001c0003t0003g0013 a0001c0003t0003g0093 a0001c0003t0003g0128 a0001c0003t0003g0130 a0001c0003t0003g0131 a0001c0003t0003g0132 a0001c0003t0003g0146 a0001c0003t0003g0176 a0001c0007t0006g0194 a0001c0007t0006g0202 a0001c0030t0001g0208 a0002c0004t0002g0129 a0002c0004t0002g0133 a0002c0005t0002g0043 a0002c0009t0001g0148 a0002c0009t0001g0149 a0002c0009t0001g0166 a0002c0009t0001g0196 a0002c0012t0002g0181 a0002c0013t0005g0088 a0002c0013t0005g0197 a0002c0026t0001g0195 a0008c0011t0001g0004 a0008c0011t0001g0089 a0009c0017t0001g0087 a0012c0023t0001g0078 a0013c0024t0010g0165	77	244	0.3156	-1	c.334 others(9): Show c.334+4538delA	ACSS1	ENSG00000154930.15	transcript	ENST00000323482.9	protein_coding	1/13			chr20	TogoVar
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