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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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AFF1_chr4_86930011_87146039	86998080	AAG AAG	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02145.hp2 HG02280.hp1 HG02622.hp1 others(10): Show HG02145.hp2 HG02280.hp1 HG02622.hp1 HG02895.hp2 HG02897.hp1 HG02976.hp1 HG03130.hp1 HG03669.hp1 HG04184.hp1 HG06807.hp2 NA19043.hp1 NA19240.hp1 NA20805.hp2	a0001 a0001	a0001c0003 a0001c0007 a0001c0014 a0001c0003 a0001c0007 a0001c0014	a0001c0003t0001 a0001c0003t0003 a0001c0003t0007 others(5): Show a0001c0003t0001 a0001c0003t0003 a0001c0003t0007 a0001c0003t0020 a0001c0003t0062 a0001c0003t0066 a0001c0007t0008 a0001c0014t0005	a0001c0003t0001g0179 a0001c0003t0001g0180 a0001c0003t0003g0108 others(10): Show a0001c0003t0001g0179 a0001c0003t0001g0180 a0001c0003t0003g0108 a0001c0003t0007g0206 a0001c0003t0007g0235 a0001c0003t0020g0178 a0001c0003t0020g0183 a0001c0003t0062g0182 a0001c0003t0066g0207 a0001c0007t0008g0210 a0001c0007t0008g0211 a0001c0007t0008g0237 a0001c0014t0005g0181	13	294	0.0442	-2	c.39- others(19): Show c.39-48083_39-48082delAG	AFF1	ENSG00000172493.23	transcript	ENST00000395146.9	protein_coding	2/20		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr4	TogoVar
AFF1_chr4_86930011_87146039	86998098	CAA CAA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00639.hp2 HG00741.hp1 HG01884.hp2 others(22): Show HG00639.hp2 HG00741.hp1 HG01884.hp2 HG02055.hp1 HG02071.hp2 HG02257.hp1 HG02630.hp1 HG02717.hp2 HG02809.hp2 HG02896.hp1 HG02897.hp2 HG02970.hp1 HG03098.hp1 HG03139.hp1 HG03139.hp2 HG03195.hp1 HG03195.hp2 HG03225.hp2 HG03540.hp1 NA18906.hp1 NA18985.hp1 NA18992.hp2 NA19001.hp2 NA20129.hp1 NA20300.hp2	a0001 a0016 a0017 a0001 a0016 a0017	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0010 others(3): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0010 a0001c0025 a0016c0023 a0017c0026	a0001c0001t0001 a0001c0001t0008 a0001c0001t0011 others(15): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0008 a0001c0001t0011 a0001c0001t0015 a0001c0001t0016 a0001c0001t0017 a0001c0001t0028 a0001c0001t0032 a0001c0001t0033 a0001c0001t0045 a0001c0001t0051 a0001c0001t0057 a0001c0001t0068 a0001c0002t0049 a0001c0010t0054 a0001c0025t0003 a0016c0023t0015 a0017c0026t0036	a0001c0001t0001g0132 a0001c0001t0001g0138 a0001c0001t0001g0158 others(22): Show a0001c0001t0001g0132 a0001c0001t0001g0138 a0001c0001t0001g0158 a0001c0001t0001g0292 a0001c0001t0008g0112 a0001c0001t0011g0094 a0001c0001t0011g0266 a0001c0001t0011g0267 a0001c0001t0015g0259 a0001c0001t0016g0098 a0001c0001t0016g0099 a0001c0001t0017g0096 a0001c0001t0017g0101 a0001c0001t0028g0257 a0001c0001t0032g0092 a0001c0001t0033g0091 a0001c0001t0045g0093 a0001c0001t0051g0109 a0001c0001t0057g0102 a0001c0001t0068g0290 a0001c0002t0049g0258 a0001c0010t0054g0084 a0001c0025t0003g0111 a0016c0023t0015g0113 a0017c0026t0036g0260	25	294	0.0850	-2	c.39- others(19): Show c.39-48040_39-48039delAA	AFF1	ENSG00000172493.23	transcript	ENST00000395146.9	protein_coding	2/20		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr4	TogoVar
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